| 网格环境下蛋白质多重结构比对的架构及其实现 |
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| 引用本文： | 刘鹏飞,董守斌,曹以诚,杜正平.网格环境下蛋白质多重结构比对的架构及其实现[J].华中科技大学学报(自然科学版),2007,35(Z2):72-75. |
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| 作者姓名： | 刘鹏飞 董守斌 曹以诚 杜正平 |
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| 作者单位： | 1. 华南理工大学,广东省计算机网络重点实验室,广东,广州,510640
2. 华南理工大学,生物科学与工程学院,广东,广州,510640 |
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| 基金项目： | 科技部科技基础条件平台建设计划
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国家发改委CNGI项目 |
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| 摘 要： | 针对蛋白质多重结构比对需要大量运算的问题,基于渐进式成对结构比对策略,设计了并行化的蛋白质多重结构比对架构及其在网格计算环境下的实现机制.实验结果表明并行算法大大提高了比对效率,减少了比对时间,提高了重用性.该并行蛋白质多重结构比对架构及实现方法可应用于其他的多重结构比对.
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| 关 键 词： | 并行化 多重结构比对 成对结构比对 网格 网格环境 蛋白质 多重结构 架构 environment grid alignment structural multiple parallel implementation 应用 方法 并行算法 重用 时间 效率 结果 实验 机制 |
| 文章编号： | 1671-4512(2007)S2-0072-04 |
| 修稿时间： | 2007年7月1日 |
The architecture and implementation of parallel multiple structural alignment on the grid environment |
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| Liu Pengfei,Dong Shoubin,Cao Yicheng,Du Zhengping.The architecture and implementation of parallel multiple structural alignment on the grid environment[J].JOURNAL OF HUAZHONG UNIVERSITY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY.NATURE SCIENCE,2007,35(Z2):72-75. |
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| Authors: | Liu Pengfei Dong Shoubin Cao Yicheng Du Zhengping |
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| Abstract: | This paper aims at the computing-intensive problem of multiple structural alignment.After conducting analysis on progressive pairwise alignment strategy that most of the popular multiple structural alignment based on,the paper design a parallel multiple structural alignment architecture and put it in practice.The experimental results show that this parallel architecture can obtain good results that greatly promote the computing efficiency and reusability.The parallelization method can provide helpful reference for other multiple structure alignment tools. |
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| Keywords: | parallelization multiple structural alignment pairwise structural alignment grid |
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