基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析 |
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引用本文: | 王熙尧,陈生熬,李瑶瑶,刘一萌,隋智海,全先庆,崔东,刘云国.基于线粒体基因组全序列的鳅科(Cobitidae)鱼类进化关系分析[J].烟台大学学报(自然科学与工程版),2024(2):180-187. |
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作者姓名: | 王熙尧 陈生熬 李瑶瑶 刘一萌 隋智海 全先庆 崔东 刘云国 |
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作者单位: | 1. 伊犁师范大学生物与地理科学学院;2. 临沂大学生命科学学院;3. 塔里木大学动物科学学院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金资助项目(32072979); |
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摘 要: | 为了解鳅科(Cobitidae)鱼类线粒体全基因组序列的结构特征和系统发育信息,利用生物信息学方法对已知的40种鳅科鱼类线粒体全基因组进行比对分析,用邻接法(NJ)构建系统发育树。结果显示:(1)鳅科鱼类线粒体基因组全序列长度在16 553~16 937 bp之间,基因组的结构特征及基因排列顺序与其他硬骨鱼类一致。(2)鳅科鱼类线粒体全基因组一致序列长度为17 483 bp,变异位点数为8039(45.9%),Kimura双参数平均遗传距离为0.19。在13个蛋白质编码基因中,ND2的变异程度(58.9%)和平均遗传距离(0.28)最大,变异程度最小的是12S rRNA(30.5%),tRNA拼接序列的平均遗传距离最小(0.07)。(3)Cox1、ND5、Cytb基因是进行鳅科鱼类系统发育分析较为理想的分子标记,NJ系统发育树显示,条鳅亚科(Noemacheilinae)是最早分化出来的一枝群系,位于祖先位置,沙鳅亚科(Botiinae)和花鳅亚科(Cobitinae)亲缘关系更近,互为姐妹群系。本研究为鳅科鱼类进化学研究和分子标记的选取提供参考依据。
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关 键 词: | 鳅科鱼类 线粒体基因组 系统发育 结构特征 |
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