| 质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法 |
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| 引用本文： | 邹权,郭茂祖,刘扬. 质心法:受类别驱动的RNA二级结构预测方法[J]. 南京大学学报(自然科学版), 2009, 0(5) |
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| 作者姓名： | 邹权 郭茂祖 刘扬 |
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| 作者单位： | 哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院; |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(60671011,60741001,60871092);;黑龙江省杰出青年科学基金(JC200611);;黑龙江省自然科学基金(ZJG0705) |
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| 摘 要： | RNA二级结构预测问题是计算分子生物学中的一个重要问题.目前的RNA二级结构预测模型和算法都是把待测结构RNA的一级序列作为输入,仅根据输入的序列预测其二级结构.这样做丢失了待测RNA的类别信息,进而无法利用同类别RNA二级结构的保守性.在实际的生物学研究中,对于关心二级结构的RNA,其类别往往是已知的.本文提出一种新的RNA二级结构预测思路:结合类别信息、根据已知的近似形状细化RNA的二级结构.这种方法尤其适用于长度较短、保守性好的非编码RNA.该方法的一个关键问题是如何将一个序列按照近似的形状进行折叠.为此本文首次提出了茎区的"质心"和"质心距"的概念,并且给出了一个结合了Hopfield网络和类别信息的RNA二级结构预测算法.实验表明本文提出的方法在所测试ncRNA分子上效果好于目前的方法.
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| 关 键 词： | RNA二级结构 茎区 质心 D函数 生物信息 |
Centroid:RNA secondary structure prediction approach based on class information |
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| Zou Quan,Guo Mao-Zu,Liu Yang. Centroid:RNA secondary structure prediction approach based on class information[J]. Journal of Nanjing University: Nat Sci Ed, 2009, 0(5) |
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| Authors: | Zou Quan Guo Mao-Zu Liu Yang |
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| Affiliation: | Department of Computer Science and Technology;Harbin Insititute of Technology;Harbin;150001;China |
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| Abstract: | It is one of the most important problems in computational biology to predict RNA secondary structure.Current algorithms,which only take sequences as input,ignore the class information.As is known to all,RNA is conservative on secondary structure for one class and the class information is always known and useful when RNA sequences are folded.Therefore,we propose a new approach to predict RNA secondary structure,which can utilize the class information and estimate the approximate structure,and then fold exact... |
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| Keywords: | RNA secondary structure stem centroid of helix D-function bioinformatics |
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