| 相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估 |
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| 引用本文： | 刘雪梅,李文,黄管大,黄天来,叶宇中,徐国皓.相异度算法结合邻接法构建系统进化树的评估[J].华南理工大学学报(自然科学版),2019,47(6). |
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| 作者姓名： | 刘雪梅 李文 黄管大 黄天来 叶宇中 徐国皓 |
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| 作者单位： | 华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640;华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640;华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640;华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640;华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640;华南理工大学物理与光电学院,广东广州,510640 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;广东省科技计划 |
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| 摘 要： | 在系统发育学中,构建系统进化树的算法是研究进化关系的基础.本文探讨并验证了基于k-mer的相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树的可行性,对两种进化情景下的12个16S rRNA和36个噬菌体分子序列构建了系统进化树(其中k=4,6,8,10),3类16S rRNA很清晰的按照古菌、细菌和真核生物分类开来,效果和Woese目录基本一致;同时可把4种类型的噬菌体按原来的进化关系区分开,而且受参数k影响小,分类效果非常好.这展现了相异度算法d2S结合邻接法NJ强大的功能.使用相异度算法d2S结合邻接法NJ构建系统进化树,将为系统进化关系提供新的算法和思路.
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| 关 键 词： | 相异度算法d2S 邻接法(NJ) k-mer 16S rRNA 噬菌体 |
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