| 原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质BPTI水溶液的分子动力学模拟 |
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| 作者姓名： | 管清梅 崔宝秋 赵东霞 宫利东 杨忠志 |
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| 作者单位： | 辽宁师范大学化学化工学院,大连116029;辽宁师范大学化学化工学院,大连116029;辽宁师范大学化学化工学院,大连116029;辽宁师范大学化学化工学院,大连116029;辽宁师范大学化学化工学院,大连116029 |
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| 基金项目： | 国家自然科学重点基金资助项目（批准号：20633050和20403007）.致谢 感谢Jay William Ponder教授提供Tinker程序. |
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| 摘 要： | 利用ABEEM/MM浮动电荷模型对蛋白质BPTI分子的水溶液进行了分子动力学模拟, 验证了模拟参数(包括ABEEM参数和力场参数)的正确性以及可转移性. 结果表明, 对蛋白质BPTI水溶液模拟所得的蛋白质中各类非氢原子的位置与实验晶体结构相比的均方根位移偏差较小, 即模拟所得的BPTI结构与实验晶体结构具有较好的一致性; 计算得到的径向分布函数表明, ABEEM/MM模型很好地体现了蛋白质和周围水分子的静电极化, 并且溶质与溶剂之间强烈的氢键作用使溶液中BPTI分子的体积变大.
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| 关 键 词： | ABEEM/MM 浮动电荷模型 BPTI水溶液 均方根位移偏差 径向分布函数 |
| 收稿时间： | 2007-04-10 |
| 修稿时间： | 2007-04-10 |
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