| 山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 戚文华,严超超,肖国生,张婉清,岳碧松. 山羊和藏羚羊全基因组微卫星分布规律及其生物信息学分析[J]. 四川大学学报(自然科学版), 2016, 53(4): 937-944 |
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| 作者姓名： | 戚文华 严超超 肖国生 张婉清 岳碧松 |
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| 作者单位： | 重庆三峡学院,四川大学,重庆三峡学院,四川大学 |
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| 基金项目： | 重庆市教委科学技术研究项目（No.KJ1401004）; 重庆市万州区科技计划项目（No.201403068）; 重庆三峡学院人才引进项目（No.12RC03）和青年项目（No.13QN12） |
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| 摘 要： | 本文利用生物信息学方法搜索和统计了山羊和藏羚羊全基因组中完整型SSRs序列,并对其生物信息学特征进行比较分析.山羊和藏羚羊全基因组中SSRs总数量分别为920 300个和913 059个,占其全基因组长度的比例分别为5.56‰和5.39‰.山羊和藏羚羊全基因组SSRs六种重复类型的数量、比例、丰度和密度分布模式如下:单核苷酸SSRs二核苷酸SSRs三核苷酸SSRs五核苷酸SSRs四核苷酸SSRs六核苷酸SSRs,这六种重复类型SSRs特征相互比较有显著差异,而相同重复类型SSRs特征基本一致.山羊基因5′端非翻译区和外显子区均是三核苷酸SSR丰最丰富,其次依次是单核苷酸、二核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸;而其3′端非翻译区和内含子区均是单核苷酸SSR最丰富,其次依次是二核苷酸、四核苷酸、三核苷酸、五核苷酸和六核苷酸.山羊第1条染色体上SSRs数量最多,其次依次是第2条、X染色体、第6条、第4条和第8条染色体,而较少的是第25、28条染色体,所有染色体上SSRs丰度不存在显著差异.山羊和藏羚羊全基因组各重复类型优势SSRs序列基本一致,并与牛、绵羊全基因组中不同重复类型SSRs优势序列相一致.
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| 关 键 词： | 山羊； 藏羚羊；基因组；微卫星序列；生物信息学 |
| 收稿时间： | 2015-04-23 |
| 修稿时间： | 2015-05-26 |
Distribution Regularities and Bioinformatics Analysis of Microsatellite in the Whole Genomes of goat and Tibetan antelope |
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| QI Wen-Hu,YAN Chao-Chao,XIAO Guo-Sheng,ZHANG Wan-Qing and YUE Bi-Song. Distribution Regularities and Bioinformatics Analysis of Microsatellite in the Whole Genomes of goat and Tibetan antelope[J]. Journal of Sichuan University (Natural Science Edition), 2016, 53(4): 937-944 |
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| Authors: | QI Wen-Hu YAN Chao-Chao XIAO Guo-Sheng ZHANG Wan-Qing YUE Bi-Song |
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| Affiliation: | College of Life Science and Engineering, Chongqing Three Gorges University,Sichuan Key Laboratory of Conservation Biology on Endangered Wildlife, College of Life Sciences, Sichuan University,College of Life Science and Engineering, Chongqing Three Gorges University,College of Life Science and Engineering, Chongqing Three Gorges University and Sichuan Key Laboratory of Conservation Biology on Endangered Wildlife, College of Life Sciences, Sichuan University |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Goat Tibetan antelope genome microsatellite sequence bioinformatics |
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