| 人IDE基因启动子生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 鲍思元,金科华,陈红霞,陈娇娥,胡旺平. 人IDE基因启动子生物信息学分析[J]. 华中师范大学学报(自然科学版), 2018, 52(4): 525-531 |
| |
| 作者姓名： | 鲍思元 金科华 陈红霞 陈娇娥 胡旺平 |
| |
| 作者单位： | 1.湖北科技学院糖尿病心脑血管病变湖北省重点实验室， 湖北 咸宁 437100；2.湖北科技学院基础医学院， 湖北 咸宁 437100 |
| |
| 摘 要： | 对人IDE基因启动子进行生物信息学分析以获得人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点特征.从UCSC基因组数据库成功获得人IDE基因5’调控区2 000 bp序列.Promoter 2.0、FPROM、NNPP预测人IDE基因分别有3个、2个、6个启动子.Relative profile score threshold选择80%、85%、90%、95%、100%时，JASPAR预测该序列存在5170、1771、454、87和5个可能的转录因子结合位点.Relative profile score threshold选择80%，搜索到6个潜在的TCF7L2转录因子结合位点.采用进化足迹法，LAGAN预测方法获得位于人和小鼠同源IDE基因启动子保守区域相同位置的转录因子结合位点为14个，包含转录因子SPI-1、cap、c-FOS、FREAC-3、c-ETS、Cdxa、HSF2等.发现一个CpG岛，位于1 303～1 705 bp 之间，大小为403 bp.人IDE基因启动子、CpG岛及转录因子结合位点的生物学信息学分析，为下一步基因表达调控实验奠定了基础.
|
| 关 键 词： | 生物信息学分析 IDE基因 5’调控区 转录因子 启动子 |
| 收稿时间： | 2018-07-11 |
Bioinformafics analysis of human IDE gene promoter region |
| |
| BAO Siyuan,JIN Kehua,CHEN Hongxia,CHEN Jiaoe,HU Wangping. Bioinformafics analysis of human IDE gene promoter region[J]. Journal of Central China Normal University(Natural Sciences), 2018, 52(4): 525-531 |
| |
| Authors: | BAO Siyuan JIN Kehua CHEN Hongxia CHEN Jiaoe HU Wangping |
| |
| Affiliation: | 1.Hubei Key Laboratory of Cardiovascular， Cerebrovascular and Metabolic Disorders， Hubei University of Science and Technology， Xianning， Hubei 437100， China；2.School of Basic Medicine Sciences， Hubei University of Science and Technology， Xianning， Hubei 437100， China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《华中师范大学学报(自然科学版)》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《华中师范大学学报(自然科学版)》下载全文 |
