基于LSTM的核小体序列可分类性分析 |
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作者姓名: | 刘建丽 周德良 靳文 |
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作者单位: | 1. 中国地质大学(北京)水资源与环境学院;3. 内蒙古自治区人民医院 |
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基金项目: | 国家自然科学基金(42007289); |
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摘 要: | 核小体是染色体的基本结构单元。将核小体序列和非核小体序列预处理为时间序列数据,利用LSTM(long short-term memory network)进行迭代训练和长、短程特征学习,得到的LSTM模型可以实现核小体序列92.67%的识别准确率。研究表明,核小体序列与非核小体序列具有不同的特征,并且核小体序列具有高度可分类性。基于核小体序列的高度可分类性,可以实现核小体序列与非核小体序列的判断识别,这对于核小体定位及其动态性、基因转录调控、DNA复制与修复和DNA序列的功能及进化等的研究具有一定的生物学意义和价值。
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关 键 词: | 核小体 核小体序列 LSTM 可分类性 核小体定位 |
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