| 基于多种群差分进化算法的分子动力学模拟体系中局部晶体结构识别 |
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| 引用本文： | 张作恒,周蕾蕾,何思渊,李艳,马宝财,顾宁.基于多种群差分进化算法的分子动力学模拟体系中局部晶体结构识别[J].东南大学学报(自然科学版),2022,52(1):189-195. |
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| 作者姓名： | 张作恒 周蕾蕾 何思渊 李艳 马宝财 顾宁 |
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| 作者单位： | 东南大学生物科学与医学工程学院,南京210096;南京市第一医院医学影像科,南京210006 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目（11572087,51832001,61821002,61420106012）；;国家重大研发计划资助项目（2017YFA0104301）； |
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| 摘 要： | 为了研究晶体形成的相变过程,提出了一种基于多种群差分进化算法的分子动力学模拟体系中局部晶体结构识别算法.首先,结合模拟体系原子/离子间连通性及其与晶体结构的几何相似度,构造出表示两者间重合程度的目标函数.然后,利用多种群差分进化算法获得目标函数最优解,进而确定模拟体系中排列方式与晶体结构相似的原子/离子.最后,利用Al、Mg、Fe、α-Fe2O3、Fe3O4、α-FeOOH、Fe（OH）2七个聚集体对该算法进行验证.结果表明,所提算法不仅能够从模拟体系中识别出面心立方、密排六方、体心立方等简单晶体结构,还可识别出排布较为复杂的晶体结构,并可将聚集体直接分割为数个取向不同的晶体区域,适用于晶体成核、生长及相变过程的分子动力学模拟研究.
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| 关 键 词： | 局部结构识别 多种群差分进化 分子动力学模拟 晶体结构 |
Local crystal structure identification in molecular dynamics simulation system based on differential evolution with multi-population |
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| Zhang Zuoheng,Zhou Leilei,He Siyuan,Li Yan,Ma Baocai,Gu Ning.Local crystal structure identification in molecular dynamics simulation system based on differential evolution with multi-population[J].Journal of Southeast University(Natural Science Edition),2022,52(1):189-195. |
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| Authors: | Zhang Zuoheng Zhou Leilei He Siyuan Li Yan Ma Baocai Gu Ning |
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