| Single-cell RNA sequencing的正则化方法 |
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| 引用本文： | Han Henry,刘文斌.Single-cell RNA sequencing的正则化方法[J].广州大学学报(自然科学版),2019,18(2). |
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| 作者姓名： | Han Henry 刘文斌 |
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| 作者单位： | Fordham University计算机系,New Nork,10023;广州大学计算科技研究院,广东广州 53006 |
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| 摘 要： | 正则化是scRNA-seq数据分析的核心并影响决定下游分析的质量.相比bulk RNA-seq,由于scRNA-seq的zero inflation,其正则化是一个尚未解决的问题.本研究给出了一个bias analysis framework对现有的scRNA-seq正则化方法进行评估比较.这个bias analysis framework对scRNA-seq正则化提供了理论基础.同时作者比较了广为使用的bulk RNA-seq正则化方法,以及专为scRNA-seq设计的正则化方法在scRNA-seq基准数据聚类中的作用.
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| 关 键 词： | bulk RNA-seq scRNA-seq 正则化 bias analysis dropout zero inflation |
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