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| 基于多级优化的真核生物基因结构预测 | |
| 引用本文： | 周艳红,杨雷,王卉,陆枫,万宏辉.基于多级优化的真核生物基因结构预测[J].科学通报,2004,49(2):140-145. |
| 作者姓名： | 周艳红 杨雷 王卉 陆枫 万宏辉 |
| 作者单位： | 1. 华中科技大学计算机科学与技术学院,武汉 430074;华中科技大学生命科学与技术学院,武汉 430074 2. 华中科技大学计算机科学与技术学院,武汉 430074 3. 华中科技大学生命科学与技术学院,武汉 430074 4. Laboratory of Bioinformatics, Maryland Institute of Dynamic Genomics, Silver Spring, MD 20906, USA |
| 基金项目： | 本工作为国家自然科学基金(批准号: 90203011)和湖北省自然科学基金(批准号: 2002AC014)资助项目. |
| 摘 要： | 基因结构预测对于发现新基因、了解基因组结构规律具有重要作用, 是各类基因组计划的重要内容. 但对于真核生物, 现有基因预测方法的效果仍不理想. 为探讨多级优化的真核生物基因结构预测方法, 在将复杂的多基因结构预测问题划分为基因级(单外显子基因、多外显子基因)、元件级(外显子、内含子等)和特征级(功能位点信号、密码子使用偏好等)等多个层次上的一系列较简单子问题的基础上, 通过从简单到复杂进行逐级优化的策略, 建立了基因结构预测的多级模型, 设计了基因结构寻优的动态规划算法, 开发了真核生物基因结构预测系统GeneKey(1.0). 用广泛采用的数据集对该系统进行测试的结果表明, GeneKey(1.0)的预测精度在核苷酸、外显子和基因水平上均高于著名系统GENSCAN. GeneKey(1.0)已提供网上服务(http://infosci.hust.edu.cn). |
| 关 键 词： | 真核生物 DNA序列 基因结构预测 蛋白质编码区预测 多级优化 |
| 收稿时间： | 2003-07-14 |
| 修稿时间： | 2003-12-29 |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ | |
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