刺纹车轮虫 18S rDNA 克隆与序列分析

首次对刺纹车轮虫(TrichodinacentrostrigataBasson,VanAs & Paperna, 1983)进行了 18S rDNA 的克隆测序并分析，研究结果显示：刺纹车轮虫是一种具有辐射状中央颗粒的淡水车轮虫，具有相对较高的 GC 含量而位于分子系统树的顶枝，它与海水环境中的车轮虫具有较高的序列相似性及较近的遗传距离从而聚为一枝。研究提示刺纹车轮虫具有较强的宿主适应性，在系统进化中分化较晚并与海水种类具有较近的亲缘关系；此外，车轮虫的同源性与 18S rDNA序列相似性、遗传距离具明显相关性，GC 含量与分子支序树分枝具有明显相关性。
     

诺赛基因：强强联合，提升国际市场竞争力

企业简介：北京诺赛基因组研究中心有限公司（简称：诺赛基因）是国有股份制高科技企业。1998年9月成立，当年10月经国家科技部批准，在诺赛基因的基础上成立国家人类基因组北方研究中心，成为国家级的研究基地。作为人类基因组研究和开发的国家级研究单位，诺赛基因参与并完成了1％国际人类基因组测序项目。     

水稻苯达松敏感致死基因的RAPD标记的克隆及测序

用3S Spin DNA Agarose Gel Purification Kit试剂盒将与水稻苯达松敏感致死基因相连锁的RAPD遗传标记S20—420和S316—600回收纯化，连接于pGEM—T载体并克隆测序，得到了S20—420和S316—600的全序列，其长度分别为423bp、606bp．将两端序列设计特异PCR扩增引物可用于检测水稻苯达松敏感致死基因和标记辅助育种．     

健康与患黑胫病烟株根内AMF多样性和群落结构差异分析

丛枝菌根真菌（arbuscular mycorrhizal fungi,AMF）在烟草生长生理、抗病抗逆等方面具有积极作用.为探明烟株患黑胫病后对根内AMF多样性和群落结构的影响,分别以烟草K326和云烟87健康、感染黑胫病烟株的根部及根际土壤作为研究对象,应用Illumina Miseq高通量测序技术探明烟草根部AMF多样性,采用显微形态观察烟草根内AMF侵染水平和根际土壤孢子密度,并分析土壤理化性质和AMF侵染特征的相关性.高通量测序结果表明在烟草根部共检测出1 655个AMF-OTUs,隶属于1纲4目5科6属,其中,Glomus为云烟87健康烟株根内AMF的优势属,其余样品优势属均为Paraglomus.聚类分析表明两个品种健康烟株根内AMF群落相似性较高,患病植株间根内AMF群落比较类似.侵染结果显示,患病烟株AMF侵染状况与土壤孢子密度均低于健康烟株根际土壤. RDA分析结果表明,全钾是影响AMF孢子密度和侵染状况的主要驱动因子,其次为速效磷和全磷;土壤p H值为烟株根内AMF多样性的主要影响因素,且两者呈负相关;此外,土壤中钾含量对烟草根内AMF群落组成的影响最为明显.研究...     

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻．本简称：东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序．并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本简称：CCMP株系)的同源序列进行分析比较。结果表明，两710bp的LSUrDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异．遗传相似度高达99．01％．遗传差异为0．99％．进一步与Genebank其他3种原甲藻即P．mezicanum、P．mieans和P．minimum的同源序列进行比较，发现其他3种原甲藻两两问的种间遗传相似度在91．1％～95．5％之间．而P.micans和P．minimum种内不同株系的遗传相似度为99．4％～99．9％．均为99％以上．综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0．99％的遗传差异应视为种内差异．原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种．因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P．deantatum)的原甲藻同为一种的观点。     

B7-1和新型隐球菌DHA1基因嵌合重组质粒的构建

目的构建包含新型隐球菌细胞免疫主要相关基因-迟发超敏反应抗原基因(delayed-type hypersentivity antigen 1，DHA1)与小鼠共刺激分子B7-1的嵌合重组质粒。方法设计合成两对寡核苷酸引物。用PCR法分别从pUCmB7-1TM和新型隐球菌重组质粒pcDNA3-DHA1中特异扩增出编码B7-1和DHA1的基因片段(921和984bp)。分别用HindⅢ、EeoRⅠ、XbaⅠ酶切后。逐个定向连接到质粒pcDNA3中，转化宿主菌DH-5α．分别用上述内切酶酶切及DNA测序鉴定重组质粒。结果酶切鉴定示所切下的片段大小均与预计相符，测序结果与献报道序列及预计结果一致。证实符合表达框架。结论本实验成功构建了新型隐球菌嵌合重组质粒pcDNA3-B7-1-DHA1。为进一步研究新型隐球菌DNA免疫奠定了基础。     

螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04菌株的分子鉴定

对1株螺旋状专性化能自养铁氧化细菌ML-04的16S rDNA基因PCR扩增产物进行了序列分析，并以16Sr DNA序列同源性为基础构建系统发育树，结果表明，ML-04菌株与氧化亚铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferrooxidans)具有较大的差异性，而与嗜铁钩端螺旋菌(Leptospirillum ferriphilum)的相似度达99．7％以上，属于同一类群．     

汉江中下游硅藻群落时空分布及其影响因素研究

为研究汉江中下游水体和沉积物硅藻的时空分布特征及其影响因素, 于2014年春、秋两季对汉江中下游5个监测断面的硅藻群落进行监测。基于18S rRNA Illumina Miseq高通量测序技术的鉴定结果, 共得到硅藻3纲28目49科111属160种, 其中沉积物硅藻占98.6%。物种丰度显著多于已有研究的结果, 体现了高通量测序技术在硅藻物种鉴定上的优势。水体和沉积物硅藻群落组成和优势种有显著差异, 水体中硅藻优势种为Pinnularia, Cyclotella和Nitzschia, 沉积物中硅藻优势种为Pinnularia, Nitzschia和Navicula。汉江中下游硅藻群落多样性的时空差异明显, 硅藻多样性存在空间异质性, 且沉积物硅藻比水体硅藻多样性丰富; 在季节影响方面, 表现为秋季硅藻物种多样性比春季丰富。总氮、氨氮、硝态氮和总磷等环境因素对硅藻群落组成影响较大, 因此氮磷控制对避免汉江中下游硅藻水华发生具有重要意义。     

4株水果采后链格孢属真菌的rDNA ITS区序列与碳源代谢指纹图谱差异性分析

从采后贮藏过程中发病的冬枣、樱桃、杏及蓝莓果实中分离到4株丝状病原真菌231#、320#、322#和333#。由形态学特征观察可确定4株病原菌均为链格孢属真菌(Alternaria Nees),rDNA ITS区序列进化树分析结果表明樱桃320#和杏322#与A. alternata (AY625056.1)处于同一分枝,置信度达100%;而蓝莓333#与A. tenuissima (KP324980.1)处于同一分枝,冬枣231#与蓝莓333#和A. tenuissima (KP324980.1)的亲缘性很近,在同一分支上的置信度达100%。对95种碳源的代谢指纹图谱分析的结果表明,4株链格孢属真菌对吐温80、N-乙酰-D-葡萄糖胺、N-乙酰-β-D-甘露糖胺等86种碳源的代谢特征相同,包括78种最适碳源和8种不可利用碳源,其中冬枣231#与A. alternata (Fr.) Keissl的代谢指纹图谱最为相近。4株链格孢属真菌的ITS区序列系统进化树分类与碳源代谢聚类分析结果存在一定差异。     

河南鲁山五大温泉古细菌多样性分析

河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qiime等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析物种的丰度和多样性.上汤、中汤、温汤、下汤和碱汤分别获得87 993、67 326、44400、48 611、48 495条有效reads,聚类为520、280、678、451、437个OUTs.古细菌分类分析表明,河南鲁山五大温泉的古细菌可以归入11个门,其中奇古菌门(Thaumarchaeota)占95.25%,是优势菌群;在属分类阶元上,上汤、中汤和温汤的优势菌属为Candidatus-Nitrosocaldus; unidentified-Thaumarchaeota是下汤和碱汤的优势菌属.对河南鲁山五大温泉开展古细菌多样性的研究发现,温泉水中含有较高的参与氨氧化过程的奇古菌门,为后续深入研究和利用河南鲁山五大温泉水中的古细菌资源提供了基础资料.