埃博拉病毒研究获突破

2014年在西非爆发的埃博拉病毒(Zai re ebolavirus,ZEBOV)疫情,到目前已造成2万多人感染,超过9000人死亡,是历史上规模最大、疫情最严重的一次爆发。尽管现在疫情得到了一定的控制,但再次爆发的风险仍然存在。中国科学院武汉病毒研究所研究员张波课题组对历年来所有埃博拉疫情中的ZEBOV进行了分子系统进化和全基因组选择压力的综合分析,在2014年西非爆发的ZEBOV分子进化研究中取     

凝胶阻滞试验分析铜绿假单胞菌LexA蛋白与其靶位点的特异性结合

目的：分析铜绿假单胞菌（pseudomonas aeruginosa，PA）的LexA与其靶位点的特异性结合的特性。方法：以PCR法扩增PA的LexA基因，将其克隆于原核表达载体pET-22b（＋），转化大肠埃希菌BL21（DE3），IPTG诱导表达，采用镍离子亲合柱层析和Superdex-75凝胶过滤层析分离和纯化目的蛋白，以含推定LexA结合位点的片段CTGTN27ACAG为探针，用凝胶阻滞试验检测LexA蛋白与探针序列结合的能力及特异性。结果：构建了pET22bLexA重组质粒，IPTG诱导目的蛋白表达率约为25％，获得纯度大于95％的目的蛋白；CTGTN27ACAG能与LexA蛋白发生特异性结合。结论：推定LexA结合位点CTGTN27ACAG能与PA的LexA蛋白特异性结合，可能是LexA蛋白的结合靶位点。     

金属离子与血清白蛋白结合反应研究进展

综述了金属离子与血清白蛋白结合反应的研究进展，简要介绍了研究中常用的紫外－可见光谱法、荧光光谱法以及平衡透析法。根据已发表的研究结果，对某些金属离子与血清白蛋白结合的位点、络合物的空间构型、结合数和稳定常数进行了总结，对金属离子与血清白蛋白之间的强结合位点进行了分类。最后讨论了此类研究中存在的问题和研究方向。     

转基因满江红鱼腥藻细胞内颗粒体的变化

用透射电镜观察NPTⅡ(新霉索磷酸转穆酶Ⅱ eomycin phosphotransferase Ⅱ)在满江红鱼腥藻染色体gI-LA(谷氨酰氪合成酶基因)位点定点整合后藻细胞内颗粒体的变化．转基因后的满江红鱼腥藻细胞内的代谢发生了很大的变化，为了快速适应和自我调节这一变化．细胞内的储藏颗粒处在积聚与解积聚的动态转化过程中．通过了解储藏颗粒的结构变化，可为研究转基因藻细胞光合同氮及生理生化的变化提供物质结构方面的信息．     

一个面向数控加工的曲面数字化模型

提出了新的曲面数字化模型，该模型的精度控制准则消除了现有刀位点计算误差分析中的不可靠因素．基于该模型，提出了一个新的参数曲面数控加工刀位点生成方法，有效地提高了刀位点生成速度     

二氢杨梅素印迹聚合物的表面行为

应用前沿分析技术测定了二氢杨梅素印迹聚合物块的实验吸附等温线，并用Langmuir方程、Bi-Langmuir方程和Freundlich方程进行拟合，从最佳拟合求得了印迹聚合物的表面位点分布、吸附常数和饱和吸附量.测定了不同温度和不同流动相组成时分子印迹聚合物固定相的吸附等温线.结果表明：双朗格缪尔模型和福伦登里西模型均能给出较好的拟合效果.当20 ℃、四氢呋喃为流动相时，从Bi-Langmuir方程的最佳拟合参数得到第1类键合位点的键合常数和饱和吸附量分别为0.39 mL·mg^-1和133.23 mg·mL^-1，第2类键合位点的键合常数和饱和吸附量分别是135.07 mL·mg^-1和0.071 mg·mL^-1.     

利用病例-父母设计的候选疾病易感基因的LOD值排除分析

已有的一种LOD值排除方法,可在随机群体样本中反过来检测引起复杂疾病和数量特征的候选基因的重要性.LOD值排除方法是常规关联分析的有效补充.虽然与传统的关联分析相比,方法更加保守,但是仍然受到群体分层的影响.为了控制群体异质性所带来的混杂影响,文中通过病例-父母设计,发展了一种LOD值排除分析方法.这种方法与连锁分析中的排除分析是相似的.观测到的核心家系数据的似然函数可以构建多项分布式:L=n!/Ⅱi,j nij! Ⅱi,j(pij)nij.其中nij是父母配对类型为i而受累子代的基因型为j的家庭个数,pij为有一个受累子代的核心家庭中父母配对类型是i而受累子代的基因型为j的核心家庭的条件概率.这个似然值是基因频率和被检测遗传标记的相对风险的函数.在这种方法中,能够分析候选基因的特定遗传效应和遗传模型.如果LOD值≤-2.0,检测位点没有含有比特定位点更大的效应而被排除.我们进行了模拟研究来检测排除分析中遗传效应和遗传模型的功效.模拟表明,这种方法有一定的合理功效来排除一个具很小遗传效应的候选基因.与核心家系中传递不平衡检验(TDT)关联分析相似的是,该排除分析一般不受群体混层的影响.排除分析可以作为排除不含有或者含很小遗传效应的候选基因的TDT分析方法的补充.这种方法已经被用来检测维生素D受体对骨质疏松症的重要性.     

基于 LibSVM 的 CKSAAP 蛋白特征提取预测水稻蛋白质磷酸化位点

本文从swiss-prot中选取经过试验验证的水稻蛋白质磷酸化位点数据作为训练集合，应用蛋白质序列特征提取方法Composition of k-spaced residues pairs （CKSAAP），为利用SVM算法构建专门针对水稻蛋白质磷酸化位点的预测工具做准备。 CKSAAP方法利用在序列片断中残基的K个间隔距离的组成，进一步反映了残基之间的相关性。本文利用LibSVM软件包对已通过改进过得CKSAAP方法特征提取出来的数值特征对磷酸化位点进行预测，从而为之后构建水稻蛋白质磷酸化位点的预测工具做准备。结果表明，本文基于SVM和CKSAAP方法的水稻蛋白质磷酸化位点预测在丝氨酸，苏氨酸和酪氨酸的平均预测准确性为80．638％，马修斯系数为0．611。与PlantPhos和Musite的预测性能的对比结果显示，在磷酸化各氨基酸位点的预测性能高于PlantPhos及Musite。     

小麦中与低脱氧雪腐镰刀菌烯醇含量关联的抗性基因类似物

脱氧雪腐镰刀菌烯醇(Deoxynivalenol,DON)是小麦遭受赤霉病危害后由赤霉病菌———禾谷镰刀菌产生的一种真菌毒素,这种毒素对人类和家畜的健康产生危害,严重地影响小麦的利用价值.种植低DON含量的品种是减少这种毒素危害的有效措施,而分子标记辅助育种技术能加速低DON品种的选育进程.在采用AFLP、SSR分子标记的基础上,进一步利用抗性基因类似物(RGA)对‘宁7840’(低DON含量的品种)和‘Clark’(高DON含量的品种)建立的133个重组自交系进行了DON含量的遗传特性分析.研究结果发现两个DON含量的数量特性位点(QTL),它们中含有4个与低DON含量密切相关RGAs,其中三个RGAs(RGA14-1,RGA16-1,RGA18-1)座落在染色体1A的长臂上,另一个(RGA14-2)座落在染色体5B的长臂上.座落在1AL和5BL上的QTL分别解释16.81%和7.84%的DON含量变异.DNA序列分析表明这些RGAs均与现已发现的抗性基因同源/类似,它们可能在小麦的低DON含量和赤霉病抗性上扮演着重要的角色.     

RS-GA-KNN算法识别灵长类动物DNA序列剪接位点

以灵长类动物DNA序列的剪接位点识别资料为研究对象,将选定样本序列中各碱基编码作为原始变量数据,用粗糙集方法和遗传算法对原始变量数据进行变量筛选,即以粗糙集方法选取的变量为基础,用遗传算法进行变量的二次搜索,从样本序列各碱基中挑选出保守性强的碱基对应的变量构成变量集,采用最近邻聚类识别灵长类动物DNA序列剪接位点类型,总识别准确率达90．66％,明显高于直接使用原始变量数据或将粗糙集理论方法和遗传算法单独用于变量选取的识别结果．