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寻找物种基因组中k-mer频数分布的特征,对大肠杆菌、枯草杆菌、甲烷球菌、疟原虫(部分)等四个典型物种的基因组全序列进行了统计分析.引入"字"域、"频数"域的信息熵,并研究这两种信息熵与变量k之间的关系.发现它们之间具有很好的线性关系,并且"频数"域的信息熵与k的线性关系在物种间具有普适性. 相似文献
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寻找物种基因组中k-m er频数分布的特征,对几个典型物种的基因组序列进行了统计分析.区分“字”域和“频数”域,运用两种求信息熵的方法Shannon信息熵和F isher信息熵,定义了五种k-m er频数的泛函.发现对于每一物种,由Shannon信息熵定义的四种泛函与k之间都具有很好的线性关系,并且这种线性关系在所研究的物种间具有普适性. 相似文献
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用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1) 假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2) k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3) 关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关. 相似文献
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