阿尔茨海默病PS-1基因突变的研究

采用聚合酶链反应及基因测序技术探讨阿尔茨海默病（Alzheimer病，AD）早老素-1（Presenilin-1，PS-1）基因第3、4、5、8外显子的突变特点，对13例散发性Alzheimer病（sporadic Alzheimer＇s disease，SAD）患者、12例血管性痴呆（vascular demendia，VD）患者及31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子片段进行扩增与序列分析．编号为SAD5的患者PS-1基因第3外显子扩增片段上存在1个缺失突变位点，编号为SAD3的患者PS-1基因第8外显子扩增片段的近3’端处发现2个插入突变位点．12例VD患者与31名正常老年人的PS-1基因第3、4、5、8外显子均未发现突变．实验结果表明，SAD患者PS-1基因中存在第3、第8外显子的突变．     

内含子序列“三碱基组”的信息分析

在对编码序列的碱基分布作大量统计分析的基础上，对内含子序列中Ｇ、Ｃ的分布作了统计分析．发现内含子在“三碱基组”的意义下，第一位上（Ｇ＋Ｃ）含量占优势．如果将同一基因的外显子三联密码和内含子“三碱基组”做比较，发现在内含子中出现而外显子中没有的那些三碱基组，它们大多属于Ｌｉó所列出的“非偏爱”密码     

毛冠鹿p16^INK4基因第二外显子序列分析

采用PCR扩增技术首次克隆毛冠鹿p16^INK4基因第二外显子，DNA杂交和序列分析发现，在307个碱基的第二外显子中仅有5个碱基的差异，同源性达98．4％，p16^INK4基因的第二外显子是高度保守的区域，在其功能中起重要作用。     

基因预测中外显子分值的转化

多数基因预测算法都会给出预测外显子的分值,但这些分值大多没有意义,很难给使用者带来有用的信息.作者以基因预测程序Fgenes为例,分别用4种方法将外显子的分值转换成概率分值,通过计算机模拟,4种方法都取得了良好的效果,其中以局部多项式估计效果最好.     

PCR—SSCP研究肝癌原发灶和转移灶中P16^INK4exon2的突变

用两步ＰＣＲ法，成功地从石蜡包埋组织ＤＮＡ中扩增了Ｐ＾１６ＩＮＸＫ４ｅｘｏｎ２片段；并用单链构象多态分析ＰＣＲ产物的差异。     

Identification of true EST alignments and exon regions of gene sequences

Expressed sequence tags (ESTs), which have piled up considerably so far, provide a valuable resource for finding new genes, disease-relevant genes, and for recognizing alternative splicing variants, SNP sites, etc. The prerequisite for carrying out these researches is to correctly ascertain the gene-sequence-related ESTs. Based on analysis of the alignment results between some known gene sequences and ESTs in public database, several measures including Identity Check, Gap Check, Inclusion Check and Length Check have been introduced to judge whether an EST alignment is related to a gene sequence or not. A computational program EDSAcl.0 has been developed to identify true EST alignments and exon regions of query gene sequences. When tested with human gene sequences in the standard dataset HMR195 and evaluated with the standard measures of gene prediction performance, EDSAel.0 can identify proteincoding regions with specificity of 0.997 and sensitivity of 0.88 at the nucleotide level, which outperform that of the counterpart TAP. A web server of EDSAcl.0 is available at http://infosci.hust.edu.cn.     

基于隐马尔可夫模型的DNA序列识别

利用隐马尔可夫模型训练中不同结构的DNA序列的L值分布范围不同的特点,对传统多类投票模型进行改进,提出一种优于传统算法的快速训练算法,该算法只需训练出一类隐马尔可夫模型参数.对DNA内含子和外显子序列进行识别,平均识别率达到了90.8%.与支持向量机相比,隐马尔可夫模型在解决多分类问题方面具有优势,不但计算时间少,而且识别率高.     

线虫基因组外显子与内含子序列特征研究

根据外显子在密码子三个位点上的分布不均匀性 ,引入非均匀指标 H I,来研究线虫基因外显子与内含子的序列特征 .通过推广 H I参数 ,定义干涉指标 R,对外显子和内含子的多个片段的特征进行研究 ,得到了 R值分布以及与外显子和内含子片段的关系 .     

不同人群中绿色觉基因常见多态的差别分布

为了解视网膜色素变性患者与正常人群中绿色觉基因外显子 5常见多态在正常色视人群中的分布 ,收集了 10 8例正常色视男性的白细胞基因组DNA [其中视网膜色素变性 (RP)男性 6 1名、非RP正常色视男性 4 7名 ],PCR扩增每例绿色觉基因外显子 5 ,异源双链_SSCP分析PCR产物。用已知序列的绿色觉基因产物作标准 ,确定待检个体绿色觉基因外显子 5的组成。结果表明 ,就基因频率而言 (g p之比 ) ,RP患者为 2 9,而非RP正常色视者为 4 0 ;就基因型频率而言 (g gp p之比 ) ,RP患者为 5 4 1 3 1,非RP正常色视者为 5 3 0 4 1。在RP患者与非RP患者这两种正常色视的人群中 ,绿色觉基因外显子 5常见多态存在着偏差分布