范畴_R~M_S~M的复形及同调模

本文讨论了范畴RMSM中的复形与同调模,证明了下列结果:设OMM′→LL′→KK′→O是一个短正合列,则对任何RS一模AA′有长正合列O→HR(A,M)Hs(A′,M′)→HR(A,L)Hs(A′,L′)→H_R(A,K)Hs(A′,K′)→Ext′(AA′,LL′)→…→Ext~n(AA′,MM′),Ext~n(AA′,L)L′)→Ext~n(AA′,KK′)→…同时给出了AA′是投射RS-模的几个等价命题。     

多巴胺D3R蛋白同源模建及其应用

以分辨率为2.2的牛视紫红质蛋白的晶体结构为模板,采用同源模建方法,建立D3R模蛋白。对接D3R模蛋白与刺桐属配体分子,在对接的D3R蛋白的结合腔中选定一个以药物分子为质心,以半径为6的空间范围,计算此空间范围内的所有氨基酸残基与配体分子的作用能量,即残基/配体的结合能或排斥能,据此得到配体分子与受体蛋白的活性结合位点。     

同源建模方法预测蛋白质突变结构的适用性分析

通过从Protein Data Bank(PDB)结构数据库中提取单氨基酸突变的晶体结构,构建了一组无冗余的测试数据集,对目前应用最广泛的两款同源建模预测软件(SWISS-MODEL和MODELLER)进行了测试分析,发现它们对蛋白质的整体结构预测效果良好,均方根偏差小于0.5埃(RMSD0.5),但在突变导致结构显著变化(RMSD1.5)的情况下却均不能得到准确结果.分类统计显示,发生在蛋白质结构内部和极性氨基酸之间的突变结构变化小,两款软件预测效果较好(RMSD1.0).突变导致结构显著变化的可能性不高(5%),但它对蛋白质功能的影响不可忽视,因此应用同源建模方法对于蛋白质突变的模拟并不完全适用,还需要开发新方法来提高准确性.     

Design and optimization of a linker for fusion protein construction

Bivalent, bispecific single-chain antibody fusion protein construction appears to be a promising tool for tumor therapy. One of its drawbacks is that the function and activity of the fusion proteins have varied affinity and/or anti-tumor activity compared with the original molecules from which they are derived. A more optimized linker for fusion proteins would confer more favorable biological activities upon bispecific single-chain antibodies. Thus, it is critical to design and optimize an inter-peptide linker. With different functional domains and optimized linkers, fusion proteins provide a solid base for targeted immune therapy for malignancies. In this paper, we review the inter-peptide linker studies and the design of an optimized linker using genetic algorithms. The spatial structure of the fusion protein can be predicted by using genetic and bioinformatics research. Based on current research, the future focus will be on different correlation models to perform simulations of spatial structures and drug molecule design.     

谱序列及其对偶

本文讨论了利用通常的滤系所确定的双复形M的全复形的谱序列同它的对偶谱序列之间的同构关系。对Künneth谱序列与Grothendieck谱序列考虑了类似的情况。并利用这些关系来计算同调群。     

小麦高分子量麦谷蛋白亚基1By15N端区同源建模与分子动力学模拟

通过二级结构预测、折叠识别、同源建模和分子动力学模拟的方法,获得三个小麦高分子量麦谷蛋白亚基1By15 N端区的三维结构模型.模型分析发现,y 型高分子量麦谷蛋白亚基N端的5个半胱氨酸具有两种成键模式,一种是Cys22和Cys44之间形成一个链内二硫键,N端剩余的三个半胱氨酸Cys10,45和55都是自由半胱氨酸用于形成链间二硫键;另一种是Cys22和Cys44,Cys10和Cys55之间形成两对链内二硫键,剩余一个Cys45作为自由半胱氨酸用于形成链间二硫键.     

基于动态行为指纹的恶意代码同源性分析

针对恶意代码在网络空间中呈爆发式增长,但多数是已有代码变种的情况。通过研究恶意代码行为特征,提出一套新的判别恶意代码同源性的方法.从恶意代码行为入手,提取恶意代码行为指纹,通过指纹匹配算法来分析恶意样本是否是已知样本的变种.经研究分析,最终筛选3种特征来描绘恶意软件的动态行为指纹:一是字符串的命名特征;二是注册表的变化特征;三是围绕关键API函数的调用顺序的特征.通过指纹匹配算法计算不同恶意代码之间的相似性度量,进行同源性分析.实验结果表明,该方法能够有效地对不同恶意代码及其变种进行同源性分析.     

线粒体蛋白转运系统的序列相似性分析

通过在27个不同进化层次物种的基因组和蛋白组中搜索酵母线粒体蛋白转运系统亚基的同源序列, 并进一步分析了同源亚基序列相似性与其所在线粒体位置的关系. 结果表明, 位于线粒体相同位置的模块有类似的序列相似性曲线, 相似性曲线在模块内部一般有波峰和波谷. 从线粒体外膜到基质, 序列相似性整体升高. 线粒体蛋白转运系统亚基与一些功能不相关的蛋白也表现出序列相似关系, 且这些亚基多集中在线粒体的内膜和外膜.     

(i,p)-同调逆和群同调逆

在点标拓扑空间范畴中引进了(i,p)-同调逆和群同调逆的概念,并讨论了它们存在的条件和性质. 由此得到比文献[3]更一般的结果.