中国部分地方牛种mtDNA D-loop区全序列的遗传多样性与系统进化分析

利用PCR测序及生物信息学分析技术,对我国5个地方黄牛品种、5个地方水牛品种及2个地方牦牛品种的mtDNA D-loop区全序列进行PCR扩增以及核苷酸多样度、单倍型多样度分析,发现中国地方黄牛、水牛与牦牛具有丰富的遗传多样性.对试验牛mtDNA D-loop区全序列与牛亚科代表性物种黄牛、水牛、家牦牛、野牦牛、欧洲普通牛、印度瘤牛以及摩拉水牛相应序列进行系统发育分析.结果显示:黄牛与牦牛的亲缘关系较近,它们与水牛的亲缘关系较远;中国水牛属于沼泽型水牛,也有少量江河型水牛渐渗入中国水牛群体;中国黄牛为普通牛和瘤牛的混合母系起源;进化树显示高原牦牛与野牦牛的亲缘关系较近,环湖牦牛与家牦牛的亲缘关系较近.     

4个群体西太公鱼mtDNAD—loop区段的限制性片段长度多态性分析

应用PCR技术对天津市于桥水库、北京市密云水库、日本北海道和日本青森县4个群体共151尾西太公鱼（Hypomesusnipponensis）的mtDNAD-loop区段进行扩增,得到长度约为1．8kbp的扩增片段．扩增出的DNA片段使用13种核酸内切限制酶进行酶切,其中8种核酸内切限制酶（AluI、DraI、HaeⅢ、Hindm、HinfI、MboI、TaqI和XspI）有酶切位点,5种核酸内切限制酶（AluI、HinfI、MboI、TaqI和XspI）个体间存在变异．不同酶切结果组合后,共得到28种单倍型,于桥水库、密云水库、北海道和青森西太公鱼均以单倍型6为主,分别为36．36％、38．30％、43．33％和26．67％;于桥水库、密云水库、北海道及青森西太公鱼单倍型多样性指数（危）分别为0．8171、0．8141、0．7793和0．8828;核苷酸多样性指数Or）分别为0．007918、0．007326、0．007255和0．009710．于桥水库西太公鱼与密云水库西太公鱼之间的Rogers遗传距离最小,为0．1499;于桥水库西太公鱼与日本青森西太公鱼之间的Rogers遗传距离最大,为0．2215;日本北海道西太公鱼与密云水库西太公鱼之间的遗传距离为0．1511,大于于桥水库西太公鱼与密云西太公鱼之间的遗传距离,但小于日本境内北海道西太公鱼与青森西太公鱼之间的遗传距离．     

一种简便高效的古代动物毛皮DNA提取方法

采用试剂盒QIAamp DNA Mini Kit从距今4000年前新疆小河墓地出土的黄牛毛皮中提取出古DNA,并对黄牛线粒体D-loop区部分片段进行了PCR扩增和序列测定.结果表明:所提取的古DNA真实可信;且该方法简便、高效,适用于古代动物毛皮DNA的提取.     

成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)mtDNA D-1oop序列多态性研究

采用mtDNA多态性标记对成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)D-loop序列多态性进行分析.结果表明,供试山羊品种(群体)mtDNA片段长度为16kb左右,mtDNA D-loop片段长度为1210～1212bp,共检测到10种单倍型,群体间共有多态座位83个,单一多态座位23个,简约信息座位24个,平均核苷酸歧异度为0.001510,D-loop序列多态性较贫乏.经聚类,成都麻羊与四川各地黑山羊品种(群体)分为两大类,成都麻羊首先与金堂黑山羊(D=0.203)聚在一起后,再依次与乐至黑山羊(D=0.223)、建昌黑山羊(D=0.477)、白玉黑山羊(D=0.593)形成一大类;合江黑山羊与江安黑山羊(D=0.231)先聚在一起后,再与自贡黑山羊(D=0.337)聚为1类,营山黑山羊与嘉陵黑山羊(D=0.242)聚为1类,2类形成另一大类.最后两个大类聚在一起.聚类结果与供试山羊品种(群体)来源和生态地理分布相一致.     

西藏马线粒体DNA D-loop区的遗传多样性

对西藏拉萨和泽当两个地区23匹西藏马的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分片段进行序列分析, 检测出16个单倍型, 包括32个核苷酸多态性位点(其中转换位点31个, 缺失位点1个), 占所分析位点总数的9.27%. 单倍型多样性(h)和核苷酸多样性(π)分别为0.93±0.04和2.51%±0.16%, 表明西藏马的遗传多样性较丰富. 基于23匹西藏马序列以及现代欧亚马群的mtDNA序列, 进行了系统发育分析和多维尺度分析. 结果表明, 西藏马在母系遗传关系上与近东、 中亚以及欧洲家马有较近的亲缘关系, 与东亚的蒙古马以及韩国马亲缘关系较远.     

美国红鱼细胞色素b基因和控制区基因序列的初步分析

采用PCR技术扩增了美国红鱼线粒体DNA的细胞色素b和控制区基因片段,PCR扩增产物直接测序,分别得到1140bp和623bp的核苷酸序列。将所得序列与从Genbank中查到的美国红鱼序列进行比较,分析了序列中碱基的组成及变异情况,为美国红鱼的合理开发利用及养殖发展规划的制定提供遗传学数据,为保护中国海域生物种质资源多样性提供科学依据。     

川渝黔地区山羊起源于A和B两母系遗传谱系

本研究旨在从DNA水平揭示四川、重庆和贵州地区山羊的母系起源和群体遗传特征.通过对川渝黔地区13个山羊品种(类群)共152个体或序列mtDNA D-loop高变区HVI片段(481 bp)变异的分析,结合13个山羊参考序列(分属于A、B、C、D、F和G单倍群)构建系统进化树和单倍型网络分析以及不同单倍群群体扩张分析,结果表明:152只山羊mtDNA DloopHVI序列被类聚为A和B两个单倍群,其中单倍群B又分化为B1和B2两亚单倍群.从2种单倍群的地理分布特征可以发现,北川白山羊和阿坝藏山羊全部属于单倍群A,而其他山羊品种中单倍群A和B具有不同的分布频率.归并于A和B两个谱系的山羊并没有历经种群扩张.结果提示,川渝黔地区山羊可能起源于A和B两母系遗传谱系,而谱系B虽然分化为B1和B2两支系,但均未历经种群扩张.     

主刺盖鱼不同背鳍表型成因初探

为了探讨2种不同表型主刺盖鱼及形态和地理分布差异,采用形态度量学和线粒体基因序列分析方法,从形态和分子水平研究主刺盖鱼不同背鳍表型个体的差异,为珊瑚礁鱼类研究提供了有价值的基础资料.主成分分析表明主刺盖鱼背鳍后缘形态分化与个体大小密切相关外,无其他形态性状分化.基于mtDNA Cyt b和D-loop基因片段的分子变异分析(AMOVA),背鳍圆弧形个体与延长形个体间的分化指数Fst分别为0.97%和1.75%,不同表型个体间的分子遗传差异不显著.综合外部形态特征和mtDNA Cyt b和D-loop基因片段分析结果,认为南海西沙水域不同表型主刺盖鱼背鳍后缘的形态变化是种内个体发育过程的变异,即随着个体的生长,主刺盖鱼背鳍后缘由圆弧形逐渐演变成延长形.     

草地藏系绵羊贾洛类群mtDNA D-loop区遗传多样性的研究

本文通过对草地藏系绵羊贾洛类群mtDNAD-loop区序列的分析,与有相似生活环境的草地藏系绵羊其他类群进行比较,明确其遗传多样性,为开展下一步的相关研究奠定基础．同时,为草地藏系绵羊贾洛类群育种方法的制定提供科学依据．