A novel function of microRNA 130a-3pin hepatic insulin sensitivity and liver steatosis

<正>With the support by the National Natural Science Foundation of China and the Ministry of Science and Technology of China,Prof.Guo Feifan's laboratory at the Institute for Nutritional Sciences,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences,reported a novel function of microRNA130a-3p in hepatic insulin sensitivity and liver steatosis,which was published in Diabetes(2014,63(8):2631—42).     

RNA干扰及其在哺乳动物中的应用进展

通过双链RNA(dsRNA)在植物、线虫、果蝇等中进行RNA干扰(RNAi)已获得了很大的成功,但将其应用于哺乳动物却遇到了一定困难.随着各种转染方法的日益改进,以及各种小干扰RNAs(siRNAs)表达载体的出现和不断优化,它们在体内的转录产物(长约21～23nt的双链siRNAs)能特异性抑制哺乳动物基因的表达,使得RNAi应用于哺乳动物系统成为可能. RNAi正在改变以往人们研究哺乳动物细胞基因功能的方式.不仅如此,RNAi正在向病毒、癌症、基因药物研制等方向迅猛发展,文中对RNA干扰及其在哺乳动物中的应用进展进行了综述.     

microRNAs家族间负关联模式挖掘

microRNAs(miRNAs)广泛地存在于动植物的细胞中,它的前体具有发夹结构,并且具有很好的保守性.miRNAs在生物体内对细胞的生长、发育、死亡和病变起着重要作用.研究miRNAs家族间在生物体内的调控关系,对miRNAs在生物组织中的表达进行关联分析和对miRNAs成熟序列、种子区域以及二级结构数据进行相似性比较,从而了解miRNAs家族对生物体的调节机制.为了识别具有高相关性的miRNAs家族负关联模式,引入相关系数来改进传统的挖掘频繁项集算法和用互信息来衡量miRNAs家族间的交互性.     

植物miRNAs前体的生物信息分析

miRNAs前体（premiRNAs）是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能形成较为稳定的发卡环结构,具有较低的最小折叠自由能（minimal folding free energy,MFE）。在对植物premiRNAs长度、不同碱基含量、MFE、熵分析基础上,重点比较不同RNAs序列之间MFE与其长度的比值（MFEL）。结果表明MFEL是区分植物premiRNAs的一个很有效的参数：premiRNAs的MFEL值平均为45.98 kcal/mol,明显低于mRNAs（23.08 kcal/     

miRNAs基因的结构保守模式挖掘

miRNA前体（pre-miRNAs）是产生成熟miRNAs的基因表达产物,能够形成较为稳定的茎—环（stem-loop）结构.为了深入研究miRNAs,对miRNAs前体的二级结构建模,并采用关联规则识别miRNAs基因在进化过程中的结构模式.通过分析产生的结构—类别关系（structure-category relationships）来探索miRNAs的功能特征和调节机制.为了获得较好的实验结果,改进传统的关联规则挖掘算法,应用支持度约束和频繁项集的聚类来优化数据挖掘结果.     

基于序列结构的miRNAs的聚类分析

microRNAs(miRNAs)是一类高度保守的序列片段,能调控生物体的生长发育。至今对它的聚类研究,还处在基于传统遗传模型的分析阶段。本文根据miRNAs本身的结构特点,提出了一种基于序列结构的聚类分析算法。该算法通过借鉴组合数学中随机排列及稀疏矩阵的思想,利用序列的各个组成成分的相似性来表征miRNAs序列间的距离。本算法不仅大大减少了人为因素的影响,还有效的反映成熟miRNAs间在结构上的关联性,为进一步研究miRNAs的功能提供了便利。     

基于聚类的多样本复发拷贝数变异检测算法

拷贝数变异是人类基因组中一种重要的结构变异类型.不同样本中相同区域出现的拷贝数变异称作复发拷贝数变异.研究表明,复发拷贝数变异与人类复杂疾病紧密关联.提出一种基于聚类思想的多样本复发拷贝数变异的检测算法,该算法首先提取两种与复发拷贝数变异密切相关的特征:即多样本中每个位点的拷贝数变异比率和拷贝数变异幅度均值,然后利用聚...     

在建中的英国生物银行

一项对疾病遗传学基础的突破性研究打开了一扇门:对七种最常见疾病相关基因的发现将为数百万患者带来希望,从躁狂抑郁症到心脏病……     

miRNAs在不同物种进化中序列保守性的研究

miRNAs在不同物种的进化中存在保守性,不仅单独在动物或是植物中存在保守性,而且在动植物之间也同样存在．本研究在人和动物的不同组织中克隆到了同源性很高的序列,将所得结果与已发表的成熟的miRNAs比对,发现克隆到的序列与植物中miRNA319家族的相似性较高,并且保守区靠近其5’端,推测新miRNAs可能与miRNA319扮演相似的角色,而这些序列的保守性跨越不同进化阶段的物种,也为miRNAs广泛的保守性增加新的证据,显示miRNAs在物种进化过程中发挥着重要的功能．