RNAi技术研究进展

RNAi是由双链RNA引起的基因沉默现象，它通过降解具有同源序列的mRNA起作用，特殊设计的siRNA能使目的基因发生特异性沉默．目前，获得siRNA已经非常方便，导入方式最常用的是微注射．RNAi技术有编码区RNAi和启动子区RNAi两大类，均可以产生类似基因敲除的功能。在家蚕功能基因的研究中已经使用了这种方法．随着RNAi技术的不断进步，RNAi可广泛地应用到功能基因组学，药物靶点筛选，疾病治疗等方面．     

热爱科学、享受科学的职业科学家——访2010年启明星计划(跟踪)入选者吴晓晖教授

2010年度上海科技启明星入选者颁证仪式日前举行,在启明星(跟踪)的名单里排在第一位的是复旦大学的吴晓晖教授(见图),这是一位我早有所闻、内心钦佩但一直没能谋面的青年学者,终于在几天前借着启明星采访的名头有机会和吴晓晖见面叙谈。我所见到的晓晖是一个相当帅气、足够沉稳(沉稳中似带有一丝忧郁)的年轻人,今年38岁的他已经拥有了许多人求之而     

中国明对虾和中华绒螯蟹EST的Blast2GO注释及其在免疫基因分布研究中的应用

以dbEST数据库中公布的中国明对虾和中华绒螯蟹的EST序列作为数据源,利用CAP3对其进行聚类拼接,采用Blast2GO软件进行功能注释,并通过查找免疫相关的GO注释和检索免疫关键词的方法寻找免疫相关基因,经与不同物种免疫基因的比较,推测可能的免疫基因序列,并进一步分析免疫基因在不同组织和细胞中的分布.结果表明,通过注释和关键词进行筛选这2种方法具有较好的互补性;预测了位于中国明对虾头胸部的60个可能的免疫基因以及位于中华绒螯蟹血细胞hemocyte、haemocyte、肝胰腺、性腺和精巢中的250个免疫基因,这些基因包括模式识别受体、抗氧化蛋白、抗菌肽、凝集素等,其中部分参与酚氧化酶原激活系统、Toll信号通路等重要免疫过程.中华绒螯蟹血细胞中具有种类丰富的免疫基因,与已有的甲壳动物免疫系统相符合.肝胰腺中发现了模式识别蛋白、蛋白酶以及数量众多的凝集素种类,提示肝胰腺在免疫过程中也发挥了一定作用.     

煤矿复垦区不同恢复年限沙棘人工林土壤细菌群落结构与功能预测

为揭示煤矿复垦区恢复年限对沙棘人工林土壤细菌群落结构及功能特征的影响,以鄂尔多斯聚鑫龙煤矿复垦区不同恢复年限（3a、4a、5a、6a、7a）沙棘人工林为研究对象,撂荒草地为对照,对研究区土样进行采集,通过Illumina Miseq高通量测序技术对土样细菌群落测序,使用PICRUSt进行功能预测。结果表明：（1）研究区共检测到细菌29门、91纲、193目、305科和438属,门分类水平上优势类群为放线菌门、变形菌门;属分类水平上无优势类群,常见类群为不动杆菌属、类诺卡氏菌属。（2）与草地相比,沙棘人工林的建植使土壤有机质、碱解氮、速效钾、含水量呈增加趋势,土壤pH和全磷变化不明显。（3）沙棘林土壤中的不动杆菌属、类诺卡氏菌属相对丰度整体高于草地;随着恢复年限的延长,栖热菌属和奇球菌属相对丰度随恢复年限延长逐渐降低,CL500-29 marine group、链霉菌属相对丰度则逐渐增加。土壤pH和速效钾是影响研究区沙棘人工林土壤细菌群落结构的主要影响因子。（4）研究区沙棘林和草地土壤细菌主要包含5个一级功能和35个子功能。细菌代谢功能是最主要的功能,其在沙棘林中的代谢潜力高于草地。沙棘林的建植有利于细菌代谢水平和土壤养分的提高。     

RNAi在哺乳动物抗病防御中的应用及研究进展

RNAi具有特异性的抑制甚至关闭相关序列基因表达的特点,现已应用于哺乳动物重大传染病治疗、肿瘤治疗、基因功能研究和新基因的发现等领域．本文主要对RNAi在哺乳动物抗病防御中的作用机制、重大疾病的探索、研究新进展及其应用前景等方面作一较为全面的综述．     

吸烟可使基因发生变化

吸烟会使你的衣服和指甲总是有一种烟味。而一项新的研究还发现了强有力的证据证明,烟草可能会使基因发生化学改变,还会影响基因的活动,从而增加患癌症的风险。这项发现可能为研究这提供了一种新的工具,来评估吸烟的人患癌症的风险。DNA并不是固定不变的。影响基因功能的化合物可能与构成基因的物质密切相关,这些物质会使基因开启或关闭。这     

毛花猕猴桃LEAFY基因克隆及表达模式分析

LEAFY(LFY)基因是开花信号途径中的最关键整合子,其在花序和花发育的各个阶段都起着至关重要的作用.文章以猕猴桃全基因组数据库为基础,选取毛花猕猴桃(A ctinidia eriantha Benth.)'华特'为实验材料,通过同源序列比对分析,从'华特'猕猴桃基因组中得到了1个L FY同源基因,命名为A eL F...     

基因功能预测的整合算法及其在结核分枝杆菌基因表达谱分析中的应用

基因功能预测是后基因组时代生物信息学领域的重要课题.生物学机理的阐释需要准确的基因功能的信息,但目前还缺少大规模测定基因功能的实验手段,这使得运用计算方法对基因功能进行预测显得尤为重要,对这些算法的效率和准确性要求也越来越高.在本项研究中开发了一种新的整合算法,将3种比较典型的基于蛋白质序列预测基因功能的算法GOtcha、PFP和conFunc整合起来,并将其应用于结核分枝杆菌的全基因组功能预测中.预测结果通过不同的角度得到了验证,结果表明该整合方法不仅使得基于序列进行基因功能预测的算法可以达到较高的准确度,而且较原来3种方法大幅度提升了预测的性能.另外,预测结果也被用于分析结核分枝杆菌受到卷曲霉素处理前后的基因表达谱,功能富集分析揭示了卷曲霉素新的可能的抗菌作用机制,从而显示出基因功能预测重要的潜在应用价值.     

病毒诱导的基因沉默及其在植物功能基因组学研究中的应用

病毒诱导的基因沉默(VIGS)是植物体中天然存在的一种抵御外源核酸入侵的防御系统,正常情况下保护植物免受病毒的侵染.植物的这种防御机制可被病毒RNA激活,属于转录后基因沉默现象.如果在病毒载体中插入目标基因片段,侵染寄主植物后,植物会表现出目标基因功能丧失或表达水平下降的表型.利用这种机制,可以确定基因功能.目前,这种技术有望发展成为一种简单、快速、高通量的分析已知序列基因功能的方法.文中综述了VIGS技术的原理与发展,并讨论该技术在植物功能基因组学研究中的应用前景.