“传统”垃圾填埋场渗滤液中古细菌16S rRNA基因的RFLP分析

"传统"垃圾填埋场渗滤液中古细菌群落的多样性通过不依赖于培养的分析而获得.将渗滤液中古细菌的16S rRNA基因片断(16S rDNA)选择性地扩增出来并用于构建16S rDNA克隆文库.文库内古细菌16S rDNA的遗传变异性通过RFLP分析(限制性内切酶Hha Ⅰ和Hae Ⅲ)而得到.80个随机选出的古细菌rDNA克隆子被划分为29个不同的RFLP型(组),其中最大的5个型共占所有被分析克隆子的53%左右,而其余24个型的丰度均处于相对较低的水平,其中16个型更仅含有1个克隆子.有关结果表明,对克隆16S rDNA片断的RFLP分析是评估复杂厌氧系统中微生物群落多样性的有力工具.     

河南鲁山五大温泉古细菌多样性分析

河南省平顶山市鲁山县有上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤等五大温泉,采用Illumina Hisiq2500PE250技术对鲁山五大温泉(上汤、中汤、下汤、温汤和碱汤)古细菌的16S r DNA基因V4-5变异区序列进行测序,应用Uparse、Mothur、SILVA、MUSCLE和Qiime等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)数量,分析物种的丰度和多样性.上汤、中汤、温汤、下汤和碱汤分别获得87 993、67 326、44400、48 611、48 495条有效reads,聚类为520、280、678、451、437个OUTs.古细菌分类分析表明,河南鲁山五大温泉的古细菌可以归入11个门,其中奇古菌门(Thaumarchaeota)占95.25%,是优势菌群;在属分类阶元上,上汤、中汤和温汤的优势菌属为Candidatus-Nitrosocaldus; unidentified-Thaumarchaeota是下汤和碱汤的优势菌属.对河南鲁山五大温泉开展古细菌多样性的研究发现,温泉水中含有较高的参与氨氧化过程的奇古菌门,为后续深入研究和利用河南鲁山五大温泉水中的古细菌资源提供了基础资料.     

多倍体细菌与古细菌的生存及生长优势

近年来,诸多的细菌和古细菌被鉴定为寡倍体或多倍体,即一个细胞含有多条染色体(寡倍体,2～9个拷贝;多倍体,≥10个拷贝)。与单倍性相比,多倍性最显著的特性是赋予原核生物高效的双链DNA断裂修复系统、极低的自发突变率以及在极端环境下生存的能力。多倍体原核生物可以不需要严格调控其基因组DNA的子细胞分离及细胞分裂过程,还有可能通过调节复制单位的拷贝数总体性地控制基因表达水平。另外,多倍体原核生物的基因组DNA很有可能为其自身细胞生长提供能源。本文分别从遗传学与非遗传学角度讨论了多倍体细菌和古细菌生存及生长的6项优势,以期为开展多倍体原核生物的生理机制及应用研究提供参考。     

FISH检测中国主要油页岩矿区微生物相对丰度

用荧光原位杂交(FISH)技术调查了我国主要油页岩矿区(辽宁抚顺、吉林桦甸和广东茂名)中砂土、新鲜油页岩和风化油页岩或砂砾岩样品的细菌和古细菌相对丰度.油页岩微生物的杂交优化反应条件:杂交温度为46℃,杂交时间为2.5 h,杂交液中去离子甲酰胺的体积分数为20%时,TRIzol和溶菌酶共处理方式有利于提高杂交率.各类型样品中,细菌相对丰度均在50%以上,古细菌相对丰度均在5%以下,在新鲜油页岩中细菌和古细菌的相对丰度最高.抚顺矿细菌相对丰度最低,其次茂名矿和桦甸矿,而抚顺矿古细菌相对丰度最高,其次茂名矿和桦甸矿.     

墨西哥湾沉积物中PMID系列生物标记物及其碳同位素组成

在墨西哥湾海底沉积物中检测到一组含有1~5个不饱和双键、不规则2,6,10,15,19-五甲基二十烯烃(PMIΔ)系列化合物, 其在色谱图上分布在nC₂₂ ~ nC₂₄之间. 这些化合物具有极负的碳同位素组成, δ ¹³C比值在−86.7‰ ~ −115.5‰之间, 而与其伴生的正构烷烃化合物碳同位素比值在−28.4‰ ~ −34.6‰之间. 这些化合物是海底甲烷古细菌厌氧氧化活动所产生的特征生物标志物, 指示着海底存在天然气渗漏或有天然气水合物的产出.     

病毒学再认识

<正>●随着人们发现了越来越多大小不等的病毒,不少科学家呼吁对地球上的生命体重新进行分类。进化论的第一次提出,是基于对动物和植物的视觉观察结果建立的。19世纪下半叶,在现代光学显微镜的帮助下,科学家开始系统地探索之前不能观察到的微生物世界,使得人们重新思考对生命世界的分类。在二十世纪七十年代,根据对生物体内核糖体基因的分析,人们将生命世界分类为真核生物、细菌和古细菌三个生物范畴。尽管当时可以通过电子     

古细胞与真核生物的早期进化

比较古细菌与细菌，真核生物分子水平上的差别基础上讨论了真核生物早期进化，像线粒体和叶绿体源于细菌内共生一样，细胞核也许是古细菌内生进化的结果。     

古细菌怎样在“死海”里生存

我们一直都说＂死海不死＂——在死海中,存在着丰富的微生物群落,其中许多都属于耐盐型古细菌。古细菌是地球上最原始的生命体之一,属于原核生物,能够在诸如深海的火山口、陆地的温泉以及盐碱湖等极端的环境条件下生存。德国弗莱堡大学第二生物研究所的微生物学家对这类微生物的新陈代谢过程进行研究,其研究结果可能有助于解开生物学家对于古细菌的种种疑惑。研究结果发表在近期的《科学》杂志上。     

第五条固碳路径

以二氧化碳为唯一碳源的生物称为自养生物,其中包括植物、藻类、蓝藻、紫色和绿色细菌。某些不从光照中获取能量的细菌和古细菌也属自养生物。自养生物为地球上所有其他生物提供赖以生存的能量,同时还在地球的氮和硫的循环中扮演重要角色。目前已知的碳途径有四条。2007年12月14日的Science上,Berg等人介绍了世上最古老的生命形式——古细菌所利用的第五条固碳途径。     

细菌系统分类学研究现状

简述了Ｃ．Ｗｏｅｓｅ发现的古细菌和三域说的发展概况，综述了根据ｒＲＮＡ序列建立的细菌系统分类和分子进化树的研究现状。