双链置换探针实时PCR用于DNA池的等位基因频率测定

结合荧光双链置换探针的特异性和实时PCR的准确定量能力,建立了一种新颖、准确、价廉且高通量的测定DNA池等位基因频率的方法.该方法采用不同荧光标记的双链置换探针1次PCR反应即可测定出等位基因频率.实验以β 地中海贫血CDs41 42( TCTT)突变为对象,分别用荧光染料FAM和ROX标记野生型和突变型探针,由实时PCR检测建立的等位基因浓度与循环阈值的响应曲线计算DNA池的等位基因频率.结果表明,建立的系列等位基因浓度与循环阈值呈线性关系,线性相关系数分别为0.9977(野生型等位基因)和0.9938(突变型等位基因),可检测的最低等位基因频率达1%,等位基因频率在1%～90%范围内测定误差小于4%.该方法可广泛用于流行病学调查、遗传连锁分析以及全基因组连锁不平衡扫描等领域.     

抑制消减杂交及反Northern结合高通量筛选食管癌中差异表达基因

为了解食管癌发生的分子遗传学机理,分离食管癌中差异表达的基因,应用抑制消减杂交（SSH）并与PCR合成双链cDNA,反Northern克隆相结合,成功地自微克级总RNA中分离出8个食管癌中差异表达的基因,其中已知基因5个、新基因片段3个,表达下调的6个、表达上调的2个,中－高丰度基因6个、低丰度基因2个,结果显示多个基因的表达改变参与了食管癌的发生发展,其中新发现的lipocortin I,cystatin A,cystatin B,cytoderatin等13个可能与食管癌的去分化、恶性增殖转化有关,SSH与PCR合成双链cDNA,反Northern筛选SSH克隆相结合,是一种高特异性、高通量的自微量RNA中检出差异表达基因的有效方法。     

放射治疗后肿瘤复发的机制研究

恶性肿瘤已经成为我国居民的头号致死疾病，并且罹患恶性肿瘤的人数每年都在逐渐增加。手术、放射治疗和化学治疗是对付肿瘤的三种主要手段，其中约70％恶性肿瘤患者需要进行放射治疗，约40％～50％患者通过现代综合治疗可以获得长期生存，其中放射治疗贡献约30％～40％，但是放射治疗后肿瘤局部复发仍然是最主要的失败原因，这也是导致此类病人死亡的主要原因之一。大量文献表明，肿瘤特殊的微环境如乏氧和酸化等影响细胞的周期状态以及DNA双链断裂的修复能力，最终导致肿瘤细胞对放化疗等治疗的抗性增加，并且也是导致肿瘤复发的主要原因。然而，到目前为止，“什么是肿瘤复发的源泉？”、“残存的癌细胞怎么最终导致肿瘤复发？”，关于这些导致肿瘤复发最基本的问题都急需通过大量的实验研究来阐明。     

一类随机环境下随机游动的保守集和常返性

就一类平稳遍历随机环境ξ下随机游动{Xn}n∈Z 给出相应的Markov-双链{Xn}n∈Z ={(Xn,Tnξ)}n∈Z 的保守集,和在该平稳遍历环境ξ下{Xn}n∈Z 为常返链的条件。     

CS_2在Ag-S键中的插入反应(Ⅲ)——[PyAg(SC_6H_2Bu_3~t-2,4,6)]_n及其CS_2插入产物[(PPh_3)_2Ag(S_2CSC_6H_2Bu_3~t-2,4,6)]·CHCl_3的合成和晶体结构

2,4,6-三特丁基硫酚银化合物在吡啶中重结晶,获得一维双链带状高聚物[PyAg(SC_6H_2Bu_3~t-2,4,6)]~n(晶体Ⅰ)。该硫酚银化合物在三苯基膦存在下与CS_2反应,得到单核银的CS_2插入产物[(PPh_3)_2Ag(S_2CSC_6H_2Bu_3~t-2,4,6)]·CHCl_3(晶体Ⅱ)。用X射线单晶衍射法测定了它们的晶体结构。     

Construction of heteroduplex DNA and in vitro model for functional analysis of mismatch repair

Functional deficiency of mismatch repair (MMR) system is one of the mechanisms of tumorigenesis. With the development of the investigation and the requirement from the clinical diagnosis and treatment it is necessary to build up a method to evaluate the functional status of the whole MMR system in the concerned tumors. The original ssDNA and dsDNA from wild type (wt) bacteriophage M13mp2 and its three derivates with mutation points in the     

高等真核生物中重叠基因研究

基因重叠是高等真核生物中一种普遍存在的基因组排现象．综述了高等真核生物中的重叠基因的分类、数量、互补或自然反义转录本（NATs）可能的生物特性和功能及重叠基因与人类疾病的关系．     

Subcellular localization and inductive expression of the dsRNA-dependent protein kinase PKR from Japanese flounder, Paralichthys olivaceus

The double-stranded RNA (dsRNA)-dependent protein kinase (PKR) belongs to the eIF2α kinase family and plays a critical role in interferon (IFN)-mediated antiviral response. Recently, in Japanese flounder (Paralichthys olivaceus), a PKR gene has been identified. In this study, we showed that PoPKR localized to the cytoplasm, and the dsRNA-binding motifs (dsRBMs) played a determinative role in protein localization. In cultured FEC cells, PoPKR was detected at a low level of constitutive expression but was highly induced after treatment with UV-inactivated grass carp hemorrhagic virus, active SMRV and Poly I:C although with different expression kinetics. In flounder, PoPKR was ubiquitously distributed in all tested tissues, and SMRV infection resulted in significant upregulation at mRNA and protein levels. In order to reveal the role of PoPKR in host antiviral response, its expression upon exposure to various inducers was characterized and further compared with that of PoHRI, which is another eIF2α kinase of flounder. Interestingly, expression comparison revealed that all inducers stimulated upregulation of PoHRI in cultured flounder embryonic cells and fish, with a similar kinetics to PoPKR but to a less extent. These results suggest that, during antiviral immune response, both flounder eIF2α kinases might play similar roles and that PoPKR is the predominant kinase.     

在Hep G2细胞中利用siRNA沉默GFP基因的实验探讨

目的:通过探讨小分子双链RNA(siRNA)通过RNA干扰(RNAi)机制沉默肝癌细胞株Hep G2荧光素报告基因GFP的各项生物学指标,为进一步实验和临床研究提供依据.方法:通过体外实验,对siRNA和siRNA脂质体的稳定性和细胞毒性进行评估;通过荧光标记技术,研究不同时间siRNA脂质体的转染效率;通过荧光显微镜下观察转染细胞和RT-PCR检测靶基因mRNA表达,确定不同种类、形式、剂量的siRNA对靶基因的沉默效能.结果:在空白培养液中,siRNA和siRNA脂质体可稳定至4h,在5%血清中2～4h后明显降解;100nM的siRNA和siRNA脂质体无明显细胞毒性;siRNA脂质体转染细胞株的效率随时间不同而不同,4h可达90%;非特异性siRNA/脂质体无沉默靶基因表达作用,特异性siRNA/脂质体对靶基因的沉默作用在一定范围内随剂量升高(20nM、50nM、100nM)而升高.结论:siRNA的稳定性可满足实验需要,且无明显细胞毒性,特异性siRNA转染肝癌细胞株能有效抑制靶基因表达,用脂质体转染可提高转染效率.siRNA通过RNAi机制沉默靶基因表达,为肿瘤的治疗和基础研究提供了新的工具和思路.     

细胞周期末期促进复合物亚基CDC16Hs与DNA双链断端修复蛋白Ku80相互作用

CDC16Hs是细胞周期末期促进复合物(APC)的亚基．利用基于LexA的酵母双杂交系统,把它作为诱饵蛋白筛选人胎脑文库,发现它与DNA双链断端修复蛋白Ku80的羧基端相互作用．CDC16Hs和全长Ku80的结合通过pull down实验在体外得到验证．