人类核糖体蛋白加工假基因与其同源基因的序列信息差异

引入信息参数——非均匀指数和紧邻碱基关联,对核糖体蛋白加工假基因与对应核糖体蛋白基因编码序列之间进行了对比分析,发现绝大多数(约占89％)假基因的非均匀性明显弱于对应功能基因编码序列,绝大多数(约占88％)假基因的紧邻碱基关联强于对应基因编码序列.     

基于三角褐指藻全基因组假基因的识别及相关生物信息学分析

假基因是与功能基因序列相似,但不能表达为功能蛋白质的DNA序列.识别和注释假基因是认识基因组的结构功能的关键.三角褐指藻属于海洋硅藻,富含不饱和脂肪酸,目前其全基因组信息已经解析.为了识别三角褐指藻基因组中的假基因,本研究采用生物信息学的方法构建了从三角褐指藻的基因组中寻找假基因的流程,得到1654条加工假基因、714条非加工假基因和4729条假基因片段.结果表明,尽管三角褐指藻属于低等光合生物,其基因组中存在较多假基因及假基因片段.     

中国人磷酸核糖焦磷酸合成酶-1假基因的克隆与测序

自从第一个假基因被鉴定以后[1] ,有关假基因的性质与发生正在被阐明 .假基因基本上分为两类 :非加工的假基因和被加工的假基因 .被加工的假基因通常与活跃基因序列比较同源性高达 90 %～ 99% ,不含内含子 ,具有ｐｏｌｙ (Ａ)尾巴 ,可以转录 ,但由于在它们内部有许多终止子、插     

线粒体假基因--核基因组中的分子化石

核基因组中线粒体DNA片段是线粒体基因向核基因组转移造成的．这些线粒体来源的核DNA片段都是不能表达的假基因，这种序列容易被通用引物从总DNA模板中优先扩增出来，它的存在必然给mtDNA的应用带来负面影响．总结了脊椎动物线粒体假基因的特点，结合笔在GenBank上发现的登录为mtDNA而实际为假基因的序列提出假基因存在的普遍性，分析这种序列对mtDNA在人类线粒体病理学、脊椎动物系统进化研究等方面应用的负面影响．对假基因在线粒体和细胞核两基因组进化研究以及物种系统发育学研究中的应用前景进行展望．     

雀形目鸟类分子系统学研究进展

雀形目鸟类种类繁多,是鸟类物种中数量最多、形态和习性具有极大多样性的一个目.从科间和科内关系来看,许多雀形目鸟类的系统发生地位存在争议.为了更好的了解雀形目鸟类物种间的分子进化地位,综述了近年来国内外利用线粒体DNA、线粒体假基因(numts)和核DNA(如β-fibrinogen intron 7,myoglobin intron 2,c-mos,c-myc,RAG-1,ZENK等)对雀形目鸟类系统发生地位研究的进展,目的是为更进一步揭示雀形目鸟类的系统发生机制提供基础和新的线索.     

一种新型叶绿体表达系统的构建

针对目前的叶绿体转基因技术存在载体构建步骤繁琐耗时的问题,建立了一种新型的不需自带启动子的叶绿体表达系统,选择模式植物烟草叶绿体中的假基因作为外源基因的插入位点.通过基因枪转化法获得4株独立的叶绿体转化植株.此新技术可实现叶绿体载体构建的时间、技术成本最小化,从而促进转基因叶绿体的应用.     

人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变

用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1) 假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2) k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3) 关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.