miR-430基因簇的生物信息学分析

很多microRNA （miRNA）基因在基因组上紧密排列形成miRNA基因簇,mir-430是目前已发现的最大miR-NA基因簇,但其起源和进化方面却是未知的.为了揭示mir-430基因簇的起源及其在相关物种的进化关系,文中基于miRNA序列同源保守的特点,采用BLAST程序在NCBI基因数据库中搜索mir-430序列,在14个物种中共搜索到35个mir-430基因序列,这14个物种都为硬骨鱼类.多序列对比发现mir-430基因簇成熟序列的第2到第8位碱基以及第16到第22位碱基为保守序列.进化分析表明七鳃鳗的pma-mir-430基因可能是此基因家族最早出现的基因形式,并且pma-mir-430e可能是其他物种mir-430基因的祖先基因.祖先基因经过个别碱基的缺失及突变、串联重复和大片段重复等方式形成了mir-430基因簇.该研究通过分析不同物种中mir-430基因簇的特征,揭示mir-430基因簇的分子进化规律,为其调控网络和功能研究提供理论基础.     

miR-26b和miR-224在梅山与杜洛克猪卵泡中的差异表达分析

为了探讨miRNAs在猪卵泡和繁殖相关组织中的表达,采用荧光定量RT-PCR法和组织表达谱分析法,对miR-26b和miR-224在梅山和杜洛克猪卵泡及其他繁殖相关组织中的表达进行了研究。组织表达谱分析结果表明:miR-26b和miR-224在下丘脑、垂体、子宫、输卵管、卵巢、子宫角、黄体组织中均有表达。RT-PCR结果表明:miR-26b在L卵泡中的表达量梅山猪是杜洛克猪的2倍(P0.01);而在S卵泡中的表达量杜洛克是梅山猪的10倍(P0.01);两品种在M1和M2卵泡中的表达量差异不显著。miR-224在S卵泡中的表达量杜洛克是梅山的7.79倍(P0.01);而在M2卵泡中表达量梅山是杜洛克的1.84倍(P0.05);两品种在M1和L卵泡中的表达量差异不显著。在猪种内大卵泡L、中等卵泡M2、中等卵泡M1、小卵泡S的相对表达量也有不同程度的差异。此研究表明,miR-26b和miR-224在梅山和杜洛克猪中表达趋势相似,它们的表达差异可能影响卵泡发育和成熟,为深入了解miR-26b和miR-224在卵泡发育中的作用奠定了基础。     

miR-194-5p通过Wnt5a抑制肝星状细胞活化

为研究miR-194-5p对肝星状细胞(HSCs)活化的影响及作用机制,采用CCK-8、β-半乳糖苷酶染色、Transwell、划痕、集落形成实验和RT-qPCR、Western blot分别检测miR-194-5p对LX-2细胞生物学特性、细胞活化标志物和靶基因表达的影响,并用生物信息学和双荧光素酶报告实验确定miR-194-5p靶基因.结果显示：miR-194-5p抑制LX-2细胞增殖、细胞集落形成、迁移能力以及LX-2细胞中活化标志物的表达,促进LX-2细胞衰老;Wnt5a为miR-194-5p的直接靶基因.研究表明miR-194-5p通过靶定Wnt5a抑制LX-2细胞活化,miR-194-5p和Wnt5a可能是治疗肝纤维化新的靶点.     

miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响

细胞外基质是骨骼肌微环境的重要组成,基质中胶原蛋白的过量表达,会导致骨骼肌纤维化,因此研究miR-18a对于成肌细胞胶原蛋白表达的影响具有重要意义。本研究利用实时荧光定量PCR、细胞划痕、组织切片HE染色等方法检测了肌肉损伤修复模型中miR-18a及胶原蛋白基因的表达变化以及在成肌细胞C2C12中过表达miR-18a模拟物后对胶原蛋白基因表达、细胞迁移和成肌细胞转分化的影响。结果表明,miR-18a及胶原蛋白的表达量会响应骨骼肌的损伤修复过程。在成肌细胞中,miR-18a的过表达会抑制胶原蛋白相关基因的表达。但miR-18a的过表达并不影响成肌细胞的迁移和向骨的转分化。因此miR-18a对于细胞外基质相关基因的研究,可以为骨骼肌损伤修复的治疗提供理论依据。     

Serum microRNA-155 as a potential biomarker for breast cancer screening

MicroRNAs(miRs) have been shown to be differentially expressed in the serum of cancer patients and controls,and can thus be used as biomarkers for cancer screening.We detected the expression level of miR-155 in the serum of female breast cancer patients and healthy controls to investigate whether serum miR-155 could discriminate patients with early-stage breast cancer.Serum samples were collected from 20 female patients with newly diagnosed breast cancer and 10 healthy controls.Real-time quantitative PCR was used to detect the expression level of miR-155.The expression level of miR-155 was significantly increased in the serum of breast cancer patients compared with in the serum of normal controls.MiR-155 may be useful as a blood-based biomarker for breast cancer screening.     

藻蓝色素蛋白通过调控miR-642a-5p抑制LTEP-a2细胞的增殖和迁移

研究藻蓝色素蛋白抑制非小细胞肺癌LTEP-a2体外增殖迁移的机制.以LTEP-a2细胞为模型,采用高通量miRNA转录组学对藻蓝蛋白处理后细胞中差异表达的miRNA进行了筛选;对筛选出的差异miRNA,利用体外转染mimics的方法对细胞的增殖、迁移能力进行验证.研究结果显示,藻蓝蛋白处理LTEP-a2细胞后能够显著增加细胞内miR-642a-5p的表达水平;过表达miR-642a-5p能够显著抑制细胞的体外增殖、迁移能力;此外,藻蓝蛋白可以通过上调miR-642a-5p表达抑制核受体NF-κB信号通路,降低蛋白磷酸化水平,进而抑制LTEP-a2细胞的增殖迁移能力.研究能够为藻蓝色素蛋白的应用以及非小细胞肺癌的治疗提供一定的理论基础.      

miR-1/133基因簇的进化及其调控网络

miR-1/133基因簇在心肌和骨骼肌中特异性表达,对心脏以及骨骼肌的发育及生理病理具有重要作用.该研究采用生物信息学方法,研究了miR-1/133基因簇的进化特征,预测了其靶基因及其调控的生物学过程.利用miRBase数据库对23种不同物种间miR-1/133基因簇的序列、组织方式进行了比较.采用最大似然法构建miR-1/133基因簇的系统进化树,显示该基因簇的进化与物种进化关系有一定差异.利用在线数据库对miR-1/133基因簇上游转录因子及下游靶基因进行预测,并对其进行综合分析,绘制出该基因簇的网络调控图,表明miR-1/133基因簇参与了骨骼肌与心肌发育、胰岛素受体信号通路、经典Wnt信号通路、p53信号通路等体内重要生理过程,为进一步阐明miR-1/133基因簇的生物学功能提供了理论依据.     

高表达miR-122腺病毒载体构建与功能检测

利用改造后的腺病毒表达载体pDC312-cmv,构建含有8个miR-122表达框的重组腺病毒载体p-8miR-122,通过RT-PCR、ELISA、Sourthern blot验证重组载体高表达miR-122水平及抗乙肝病毒活性的能力.结果表明:重组腺病毒载体p-8miR-122构建成功且可高表达miR-122.并且,为鉴定重组腺病毒高表达miR-122水平及抗乙肝病毒活性的能力,本文还分别对空载体pDC312-cmv和重组腺病毒载体p-8miR-122进行腺病毒包装、扩增、纯化和TCID50滴度检测,其结果表明:纯化后的对照腺病毒和重组腺病毒滴度分别高达3×1010IU/mL和1×1011IU/mL,重组腺病毒与对照病毒相比具有miR-122高表达和抗乙肝病毒活性的能力.     

MIR-187影响胃癌细胞恶性生物学行为的研究

探讨mir-187对胃癌细胞恶性生物学行为的影响;采用q PCR检测miR-187在胃癌SGC7901细胞、MKN45细胞和人永生化胃黏膜上皮细胞GES细胞中的表达,应用miR-187 mimics转染SGC7901细胞和MKN45细胞,通过MTT实验、流式细胞术和裸鼠成瘤实验检测miR-187对胃癌细胞增殖、凋亡的影响。结果 SGC7901、MKN45细胞中miR-187的表达明显高于GES细胞;与对照细胞相比,MTT实验显示转染miR-187 mimics后胃癌SGC7901细胞的增殖增快(P0.05),流式细胞检测表明miR-187mimics转染可以减少SGC7901细胞的凋亡(P0.05),裸鼠成瘤实验提示转染miR-187mimics可以促进SGC7901细胞成瘤(P0.05)。说明miR-187可以促进胃癌细胞生长、抑制凋亡和促进增殖,提示miR-187在胃癌恶性生物学行为中发挥重要作用,有可能成为诊断胃癌的新标志和治疗胃癌的新靶点。     

循环血miR-21-3p作为脓毒症心肌病的标记物

已有研究发现微小RNA(microRNAs, miRNAs) 可由细胞分泌并释放进入循环系统, 在血清、血浆、尿液和其他体液中稳定存在, 并可作为非损伤性生物标记物对多种疾病进行早期诊断、鉴别分期、预后判断和疗效监测等. 与健康对照者相比, miR-21-3p 在22 例脓毒症心衰患者血浆中显著升高. 通过绘制受试者工作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线, 并分析其与临床参数的相关性发现, miR-21-3p 在鉴别脓毒症心衰和健康人群时, 曲线下面积(area under the curve, AUC)为0.949. 相关性分析结果显示, 血浆miR-21-3p水平与B 型脑钠肽(brain natriuretic peptide, BNP)(r = 0.968, P < 0.001)、心肌肌钙蛋白T (cardiac troponin T, cTNT)(r = 0.257, P = 0.002)水平呈正相关. 因此, 外周血中的miR-21-3p有作为脓毒症心肌病的生物标记物的潜力.