不同碳源下Pseudomonas putida F1单环芳烃降解相关蛋白质的差异表达

研究了Pseudomonas putida F1利用单环芳香族化合物以及琥珀酸做碳源时单环芳烃降解相关蛋白质的表达,这对于研究这些芳烃的单一和混合降解有重要意义.利用蛋白组学研究方法,通过比较蛋白表达的双向凝胶电泳(2-DGE)图谱,找出不同碳源条件下生长细胞中差异表达的蛋白质.蛋白质经胰酶消化后,进行基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(Matrix assisted laser desorption/ionization-Time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry)分析.结果表明,尽管该细菌在降解甲苯和乙苯时利用同一个代谢途径,但代谢相关蛋白在微生物利用不同碳源时的表达量有所变化.差异表达蛋白可分为4类,代谢蛋白,转运蛋白,适应性相关蛋白以及其他类型蛋白.     

蛋白质组学在绵羊育种中的应用

蛋白质组学作为后基因组时代的主要研究方向和重要研究手段之一,近年来被广泛地应用于生物科学及交叉学科的各个领域.蛋白质组学还衍生出一套在整体水平上或生物动态水平上研究蛋白质及其之间相互作用的方法.日渐成熟的蛋白质组学技术极大地推动了蛋白质组学的研究进程.这些技术不仅包括蛋白质提取和分离,还包括对目的蛋白质进行鉴定和分析,这为蛋白质组学研究提供了技术支持.文章简述了蛋白质组学的基本方法、技术路线,并重点阐述了蛋白质组学在绵羊育种研究中的应用情况.     

超越人类基因组

掌握了编码人类的所有DNA，随之而来的挑战就是怎样利用它了。也许一些最早的成果将出自称为蛋白组学(proteomics)的这一新兴领域。     

基因学(Genics)--未来的新兴学科

遗传学的发展是从Heredity(以生物外部表现型为主的数量遗传研究）→Genetics(以生物体内染色体为主的细胞遗传研究）→Genics(以染色体上核酸为主的分子遗传研究）,基因是研究的核心。在二十世纪,在理论方面,基因的结构、功能和概念不断扩展,由单基因→基因家庭→基因簇→同源框基因→基因组学,在应用方面,从基因工程→基因克 隆→转基因→基因沉默→基因流→转基因安全性的研究,有了飞跃性的发展。基因研究已渗透到各个科学领域,出现了后基因组学,功能基因组学,蛋白组学,功能蛋白组学,功能酶学,生物信息学,生物计算机,药物基因组学,疾病基因组学,工业基因组学,转基因（食品）安全性,基因流,环境基因学等新的基因研究方向。基因产业和基因经济将会成为二十一世纪经济发展的新生点。基因学将在二十一世纪走向更加成熟和完善。     

小鼠外侧膝状体主要蛋白的蛋白组学鉴定

目的:用蛋白组学鉴定小鼠外侧膝状体内的主要蛋白.方法:提取小鼠外侧膝状体的蛋白质,通过二维凝胶电泳分离蛋白,用PDQuest图像分析软件选择电泳图谱中的高含量蛋白,用MALDI TOF/TOF串联质谱仪分析蛋白质,所得的质谱图通过GPS软件在Mascot数据库中检索并鉴定蛋白质,并用Western-blotting进一步验证鉴定的蛋白.结果:在小鼠外侧膝状体共鉴定了33种主要蛋白,其中结构蛋白5种,代谢酶21种,转运蛋白3种,信号转导蛋白2种,应激蛋白1种,未命名蛋白1种.Western-blotting验证的蛋白与质谱仪鉴定的结果一致.结论:本结果为该区域蛋白质的研究提供实验资料.     

应用比较蛋白组学技术筛选乳腺癌血清标志物

 为了寻找乳腺癌血清标志蛋白标志物,本研究用试剂盒去除血清样品中的高丰度蛋白,通过固相pH梯度双向凝胶电泳分离乳腺癌病人血清和非乳腺癌血清,银染显色,分析比较电泳图谱寻找差异蛋白.用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱测定差异蛋白的肽指纹图谱,MASCOT软件分析确定为何种蛋白,然后用蛋白印迹验证与乳腺癌发生关系密切的差异蛋白.本研究获得了分辨率高、重复性好的双向电泳银染图谱,得到3个差异明显的蛋白,经肽指纹分析并结合数据库查询,初步鉴定为人血凝级联反应中的关键酶、人体细胞凋亡蛋白抑制剂样蛋白ILP-2、人体HP蛋白.蛋白印迹研究表明ILP-2在乳腺癌血清中的含量明显高于非乳腺癌血清样本,该蛋白有可能是乳腺癌标志物.     

血吸虫基因组学及蛋白组学研究取得重要进展

国家人类基因组南方研究中心韩泽广课题组与中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所、瑞金医院、复旦大学、美国Tulane大学、澳大利亚Queensland医学研究中心等有关人员合作，最近在血吸虫功能基因组和蛋白质组研究方面获得重大进展。研究人员获得了约10万个来自血吸虫不同发育阶段及性别的基因片段，这些片段代表了约15000个基因，约占日本血吸虫基因总数的90％，其中有8400多个基因编码蛋白质。研究人员并在分离出8400多个编码蛋白基因的基础上，利用高通量蛋白质组鉴定技术和策略，针对日本血吸虫不同发育阶段、性别、表皮和卵壳等进行了大规模蛋白质鉴定，共鉴定出血吸虫蛋白质3200多个。     

菜青虫不同生长期相关蛋白的蛋白质组学研究

以不同生长阶段的菜青虫五龄幼虫、预蛹和蛹为材料,通过对3个不同生长阶段的菜青虫双向电泳图谱的比较找到18个差异较明显的蛋白质斑点,并通过质谱分析技术和数据库信息检索最终鉴定出8个蛋白,包括4个代谢相关蛋白(氧化还原酶、组氨酸乙酰转运酶、多胺氧化酶和支酸变位酶)、3个调控蛋白(锌指类蛋白、转座酶、与RNA甲基化酶有关的假想蛋白)和1个与结构E-钙粘附蛋白相似的蛋白,其余10个蛋白质功能皆不明确.本文的结果为进一步研究菜青虫发育相关蛋白奠定基础,同时也为研发以这些差异蛋白为作用靶点的新型生物农药提供理论依据.     

编者按

<正>随着高通量高分辨率组学技术的发展,以基因组学、蛋白组学、代谢组学等为代表的海量生命组学数据随之大量产生,相关的信息挖掘算法和系统生物学研究成了生物信息学发展的新热点.一