大肠杆菌编码区5′端碱基的统计分析

统计了大肠杆菌１２８８个编码序列开始的３３个碱基位点（１１个密码子）上各碱基出现的概率,发现第２、第３密码子各位点上的碱基概率分布与其它密码子上的碱基分布概率不一样;碱基Ｇ和Ｔ出现的概率从第４个密码子后呈现明显的３周期分布．我们还研究了这些位点上的碱基概率分布与基因表达水平的关系,发现高表达基因和低表达基因在第２、第３密码子各位点上,其各种碱基的概率分布是有区别的;高表达基因碱基Ｇ和Ｔ的概率分布３周期性更明显．     

DNA编码序列的关联特性

用ＤＮＡ行走方法和信息剩余度方法研究了核酸编码序列中的碱基关联，指出了这种关联的短程性．讨论了碱基组成漂变导致的表现关联效应和各种关联模的涨落限．对最近的有关文献作了评述．     

基于trn L-F序列数据利用贝叶斯法推测罗汉松科的系统发育

以黑松和Agathis australis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL-F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测.结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗汉松科内,同罗汉松属、Afrocarpus及Retrophyllum的关系较为密切;③Dacrycarpus为单系群且处于姊妹分支Falcatifolium-陆均松属的基部;④Lagarostrobs franklinii和Manoao colensoi应置于同一属Lagarostrobs内;⑤支持成立Halocarpus和Lepidothamnus属;⑥赞同Microstrobos和Microcachrys两属亲缘密切的观点.     

果蝇内含子和编码序列的信息参数D_2沿染色体分布

本文以果蝇染色体的内含子和编码序列作为研究对象,用信息参数D2分析两类序列沿着染色体的分布规律,并用多项式拟合分析染色体各类序列沿染色体的统计分布特征,分析D2参数的平均值在不同的染色体臂的分布特征.     

利用编码序列电荷高压电场偏转原理实现产品高速标识

利用对墨滴进行编码序列充电技术，我们设计出一种产品喷码标识系统，该系统选用AMD186^TM EM-40KC微处理器，配合墨水循环模块、数据编码电路、墨滴充电偏转组件以及程序软件设计，能够实现高效率多功能的产品标识，可广泛应用于食品饮料、制药、建材、化工等领域。     

MO_DE:一种结合多目标优化机制的DNA编码序列算法

针对现有DNA计算中存在的编码序列设计稳定性不足、可靠性不完善等问题,充分考虑基本编码问题,设计出一种基于多目标优化机制的DNA编码序列设计算法(MO_DE:multiobjective design algorithm)。在一定的约束条件下,该算法利用了多目标优化机制以及采取小种蚁群算法,将h-distance因子添加到单链DNA架构中,建立一种DNA序列公用方法。通过模拟实验表明,该算法与同类型算法相比,在计算效率、优化性方面具有一定优势。     

凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)Hsp70基因PCR扩增及序列分析

目的：为获得凡纳滨对虾的热休克蛋白70（Hsp70）基因并分析其基因序列．方法：根据GenBank中斑节对虾（Penaeus monodon）Hsp70基因的cDNA序列,设计引物,对经高盐法提取的凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）基因组DNA,采用优化的降落PCR（Touch Downeca）程序,扩增凡纳滨对虾Hsp70基因的全长序列．结果：PCR扩增得到一条长1983bp的目的DNA片段,回收纯化该片段并测定其核酸序列．用DNAman软件分析发现,该核酸序列中不含内含子,编码区全长为1959bp;经BLASTn和BLASTx软件分析发现,该编码区核苷酸序列与斑节对虾、罗氏沼虾（Macrobrachium rosenbergii）的Hsp70基因序列的相似性分别为97％和62．2％．根据核苷酸序列所推导出的Hsp70氨基酸序列,其与斑节对虾、罗氏沼虾的相似性分别为99．9％和92．6％．结论：成功地从凡纳滨对虾基因组DNA中直接扩增出Hsp70基因的全长编码区序列。     

人类基因组中蛋白质编码序列数目随其长度的分布研究

分析了人类24条染色体基因组中蛋白质编码序列的数日随长度的分布,发现分布规律有明显的相似性;用Γ(α,β)分布对实际分布进行拟合,其特征参数α均小于1,即蛋白质编码序列是呈随长度减少而其数目一直增加的分布.而研究的其它生物(15种真细菌,10种古核菌和5种真核生物)均是α>1的Γ(α,β)分布.经过分析比较,推测人类蛋白质编码序列的分布也应该是a>1的Γ(α,β)分布.在对短序列补充了推测数据后,重新对数据拟合,效果很好,α值在1.19～1.85之间.生物基因所遵从的Γ(α,β)分布规律对研究基因组进化及评估理论预测的基因准确性具有积极意义.     

基于CDS..join特征域的Exon/Intron数据库的构建

基因进化的研究和重构通常是在序列水平上进行的，包括比对它们的遗传序列或蛋白序列。而对基因外显子/内含子结构的分析能够提供更多有价值的信息，比如绘制更为可靠的系统发生图谱，或更精确地阐明内含子的进化。为此，本文设计了相应的Perl脚本程序来提取、比较和搜索基因说明文档中CDS..join特征域的Exon/Intron结构。通过该方法，可构建相关物种的Exon/Intron数据库（EID），其主要内容包括内含子的相位，Exon或Intron的数量、大小，剪接位点的模式以及选择性剪接（Alternative splicing, AS）的相关信息。     

红色荧光蛋白在毕赤酵母中的高效表达

报道了红色荧光蛋白(DsRFP)在毕赤酵母中的高水平表达．利用PCR技术从YEpFLAG-1-DsRFP扩增出DsRFP编码序列．克隆到毕赤酵母胞内表达载体pPIC3．5K构建重组表达载体pPIC3．5K-DsRFP．电击转化进毕赤酵母．G418-RDB平板双重筛选后获得重组转化子．经MM／MD平板培养与PCR鉴定．重组子全部为HIS^ -MUT^ 表型．重组菌株诱导表达48h后获得了高效表达．摇瓶中表达水平达到细胞内总蛋白的12％．表达量达到1．8g／L．经硫酸铵分级沉淀，DE-AE-5PW阴离子交换柱层析与S-HyperD阳离子交换柱层析后获得电泳纯蛋白．说明我们建立的毕赤酵母表达应用平台具有高效表达外源蛋白的能力。