亚洲香菇Lentinula edodes系统发育学地位的重新评估与遗传多样性分析

测定了60个中国野生香菇菌株的rDNA的内转录间区(ITS)序列,结合GenBank已有的48个其他地区不同种的菌株的序列数据,构建Lentinula属内的系统发育树.结果将该属分成了两大支共7个谱系,西半球一支2个谱系,东半球一支5个谱系,聚类结果与形态种的划分明显相关.亚洲菌株在东半球的5个谱系中占两席,系统发育关系分析表明这两大谱系所代表的种质资源的地位特殊,不可缺少.谱系V的菌株数量明显扩大,覆盖范围的地理空白也得以填补,成为了亚洲香菇的主流谱系之一;谱系I的菌株数量庞大,覆盖了绝大部分被研究区域,有进一步分化成两类的趋势.这表明中国(亚洲)是重要的香菇自然群体遗传多样性中心.将谱系I分成Ia和Ib两个亚类,与谱系V一起进行亚洲范围内香菇的遗传多样性分析,发现中国东部沿海、西北高原和中国西南及喜马拉雅地区的多样性最为丰富,是亚洲香菇的3个多样性重点保护区域.     

我国多斑按蚊复合体mtDNA-COⅡ基因序列分析及系统发育关系研究(双翅目:蚊科)

测定并比较分析了我国多斑按蚊复合体5成员种(多斑按蚊、威氏按蚊、伪威氏按蚊、达罗毗按蚊及塞沃按蚊)mtDNA—CO Ⅱ的基因序列，并依据该分子特征构建了其系统发育关系．结果显示，多斑按蚊复合体5成员种的COⅡ基因序列长度均为684bp，GC含量范围为24．85％-26．02％；其中多斑按蚊、威氏按蚊和达罗毗按蚊种内差异极小，为0．15％-0．58％；而种间序列差弄较大，为3．66％-9．63％．以中华按蚊为外群，分析多斑按蚊复合体5成员种的系统发育关系显示，威氏按蚊和达罗毗按蚊亲缘关系最近，伪威氏按蚊与其它4种的亲缘关系较远．     

人类线粒体DNA中碱基缺失/插入的真伪能否从世系的系统发育关系来推断?

从线粒体DNA世系的系统发育关系角度来说, 稀少的点突变在多个不同世系(或者说单倍型类群)中出现, 就很有可能是错误的. 这条对mtDNA序列中观察到的稀少的点突变进行检验的经验是否对序列中出现的碱基缺失/插入也适用, 目前未见报道. 本研究中统计了国内50个不同人群2352个个体mtDNA序列中出现的一些稀少的碱基插入/缺失事件. 结果显示, 除去单倍型类群特征性或相关性的碱基缺失/插入外, mtDNA序列中的碱基插入/缺失事件, 特别是发生的位置上含有该突变碱基(碱基对)重复的时候, 基本上不能通过世系系统发育关系来判别其准确性. 对于研究中偶尔观察到的个别稀少的碱基插入/缺失事件, 建议进行独立多次的序列测定予以核实.     

长蝽类高级阶半系统发育初探（半翅目）

本文运用支序分析的原理和方法，采用Ｈｅｎｎｉｎｇ８６程序研究长蝽类（ｌｙｇａｅｏｉｄｃｏｍｐｌｅｘ）亚科以上阶元间的系统发育关系，研究用分类单元代表共计２１种，选用性状共４８个，内群共包括１９个ＯＴＵｓ并采用“理想祖先”作为单一外群，计算得到的首选最简约树步长＝１６５，ＣＩ＝０．３２，ＲＩ＝０．５１，相应支序图所提示的系统发育建景象的主要包括：（１）原有意义上的长蝽科为一并系群或复系群，（２）Ｒｈ     

基于trn L-F序列数据利用贝叶斯法推测罗汉松科的系统发育

以黑松和Agathis australis为外类群,基于罗汉松科42种植物的叶绿体trnL-F序列数据通过贝叶斯法对该科的系统发育进行了推测.结果显示:①Phyllocladus为单系分支,位于罗汉松科的基部,是罗汉松科所有其余成员的姊妹群;②Nageia嵌套在罗汉松科内,同罗汉松属、Afrocarpus及Retrophyllum的关系较为密切;③Dacrycarpus为单系群且处于姊妹分支Falcatifolium-陆均松属的基部;④Lagarostrobs franklinii和Manoao colensoi应置于同一属Lagarostrobs内;⑤支持成立Halocarpus和Lepidothamnus属;⑥赞同Microstrobos和Microcachrys两属亲缘密切的观点.     

响叶杨（杨属）叶绿体基因组测序与比较分析

本研究中,我们对响叶杨的叶绿体基因组进行测序和组装,并将其与杨属其他11个叶绿体基因组进行比较分析.结果表明,响叶杨叶绿体基因组全长158,591bp,其中两个反向重复序列区(IR)长度均为27,667bp,长单拷贝序列区(LSC)和短单拷贝序列区(SSC)长度分别为84,634和18,623bp.通过对杨属12个物种的叶绿体基因组进行比较,只发现了6个相对较大的插入缺失,因此整体而言,杨属的叶绿体基因组结构是高度保守的.系统发育分析结果显示,杨属中12个物种组成了3个具有高支持率的进化支,响叶杨与其他白杨组物种聚为一支,并且与银白杨的亲缘关系最近.本研究基于叶绿体基因组数据揭示了杨属的进化历史,将有助于进一步开展杨属植物基于叶绿体DNA序列数据的群体遗传学及其他分子生态学研究.     

细胞色素b和12S rRNA基因序列变异与东方鲀属鱼类系统发育

东方鲀属鱼类是一个区域性分布类群, 该属目前包括22个有效种, 主要分布区域从日本海西部到中国沿海. 本研究通过联合17种(21尾)东方鲀属鱼类的细胞色素b (1137 bp)和12S rRNA (952 bp)基因全序列研究了东方鲀属鱼类的系统发育关系. 采用了邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和Baysian方法构建了分子系统树. 结果表明: (ⅰ) 东方鲀属鱼类为一单系类群; (ⅱ) 基于分子系统发育分析, 东方鲀属鱼类可划分为6个亚群; (ⅲ) 在分子水平上, 本属各鱼类物种的遗传距离比较接近, 这显示了其物种间分化时间较短. 研究结果还表明, 本属鱼类物种分类情况可能还需要进一步的澄清. 研究中还发现种间杂交现象可能对本属鱼类的物种分化过程有重要影响.     

天漠嗜盐和耐盐细菌产淀粉酶活性及菌株多样性

采用平板水解圈法对分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐细菌（含放线菌）进行淀粉酶活性筛选,运用基于16S rRNA基因序列的分析方法对活菌株进行系统发育多样性分析.结果表明,76个受试菌株中,有34株淀粉水解酶活性呈阳性（44.7%）,其中有6株具有较强的淀粉水解酶活性;系统发育分析显示34个阳性菌株类群多样性和物种多样性较高,可以归为18个物种,分属于细菌域（Bacteria）的2门（Actinobacteria,Firmicutes）2科（Streptomycetaceae,Bacillaceae）8属（Streptomyces,Bacillus,Gracilibacillus,Halobacillus,Oceanobacillus,Piscibacillus,Thalassobacillus,Virgibacillus）;产淀粉酶活性较强的6株菌均属于厚壁菌门（Firmicutes）芽孢杆菌科（Bacillaceae）,分属于该科的3个属.其中菌株JSM 1684012,JSM 1684041和JSM 1685098属于芽孢杆菌属（Bacillus）;JSM 1684067和JSM 1685082属于纤长芽孢杆菌属（Gracilibacillus）;JSM 1685081属于喜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）.以上结果说明分离自张家口天漠沙土的嗜盐和耐盐菌中存在较高比例的产淀粉酶菌株,且这些菌株具有较高的类群多样性和物种多样性.     

青岛海域固氮细菌的系统发育多样性研究

采用严格人工无氮海水培养基富集、分离培养方法及用3对固氮基因(nifH)引物进行PCR检测,从青岛近海沉积物和海水中分离到16株异养型可培养海洋固氮细菌,经16S rDNA全序列测定分析了它们的系统发育多样性。结果显示,16株菌分布于Alphaproteobacteria、Gammaproteobacteria、Flavobacteria的3个纲中,分别代表着6个属、10个种,其中有50%归于Pseudoalteromonas属;海底沉积物中固氮菌的多样性要远高于海水,并在其中发现2个潜在新种。研究表明,青岛近海海域的固氮菌具有一定程度的多样性,它们大部分在系统发育关系上与分离自韩国、南极洲、新喀里多尼岛等海水的标准菌高度同源,但也存在少量潜在新物种。结果可为其他不同海域异养固氮菌的多样性及其生态功能研究提供有益参考。     

大豆MAPK基因家族的计算识别和系统发育研究

利用隐马尔科夫模型算法对大豆基因组中MAPK基因家族进行了计算识别,明确了大豆中MAPK基因家族的成员数量、分布,基因结构以及分子进化关系等方面的信息.结果表明:大豆MAPK基因家族的成员有19个,保守区分析结果表明这些大豆的MAPK基因中有6个成员含有TEY模式,13个成员含有TDY模式.分子进化分析结果表明这些大豆的MAPK基因只分布于ABD三个组中,其中A组有2个基因,B组有4个基因,D组有13个基因.由于基因的进化关系往往预示着基因功能之间的关系,所以对大豆MAPK基因家族进化上的研究有利于对该基因家族功能上的进一步的全面解析.