酶体外定向进化(Ⅲ)展示技术及其应用

利用展示技术构建的蛋白质／多肽的突变体库，可以通过高通量进行高效地分析和筛选，因此特别适用于改造蛋白质．文中综述噬菌体、细胞表面、核糖体、mRNA等展示技术的原理和方法，以及其在酶定向进化中的应用．     

核糖体蛋白S3表达减少对果蝇发育的影响

为探讨核糖体蛋白S3在果蝇（Drosophila）发育中的作用,采用RNAi法,分别在果蝇和果蝇s2细胞中干扰核糖体蛋白S3表达,观察对果蝇表型的影响。结果显示,减少核糖体蛋白S3表达引起果蝇幼虫发育延迟,眼睛、翅膀和刚毛生长缺陷等。进一步实验表明,在翅原基中有明显的凋亡信号;S2细胞数目减少;细胞凋亡和细胞周期相关基因表达异常。上述结果暗示核糖体蛋白s3丧达减少导致的果蝇发育改变可能通过细胞凋亡的方式来实现。     

短小芽孢杆菌C-9葡聚糖内切酶基因的克隆及其在酿酒酵母中的表达

从短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)C-9中克隆得到葡聚糖内切酶基因,该基因包含1980 bp核苷酸,编码559个氨基酸,其N端有一个预测的29个氨基酸的信号肽序列;以YIp5质粒为骨架,构建rDNA介导的多拷贝整合载体,实现葡聚糖内切酶在酿酒酵母中的高效、稳定表达。与对照菌株相比,含有葡聚糖内切酶基因的重组酿酒酵母可以在以羧甲基纤维素为唯一碳源的培养基上生长。     

用核糖体扫描模型预测翻译起始位点

真核生物翻译起始位点(TIS,translation initiation site)的正确预测对于基因的正确注释有着重大的意义.在真核生物中,翻译并不都是起始于第一个AUG密码子,还取决于AUG前后序列的信息.结合位置权重矩阵(PWM,position weight matrix)和开放阅读框架(ORF, open reading frame)的长度分布特征建立了简单的方法识别翻译起始位点,此方法能很好地区分上游AUG和TIS.对于脊椎动物以及人类的mRNA序列,运用核糖体扫描模型预测其翻译起始位点得到了很好的预测率.     

Curcin和curcin C与腺嘌呤互作位点的比较分析

麻疯树核糖体失活蛋白curcin和curcin C均具有抗肿瘤活性,但后者的活性水平显著高于前者,为了探索造成这一差异的结构基础,本文采用在线的同源建模预测软件SWISSMODEL,对两种麻疯树核糖体失活蛋白curcin、curcin C的三维结构模型进行预测,采用SYBYL对预测模型进行能量最小化优化,采用PROCHECK、VERIFY 3D和ERRAT软件对优化前后的模型进行质量评估,随后采用AutoDock软件将预测的模型与腺嘌呤进行分子对接分析.结果显示,两种蛋白采用与Ricin A类似的方式与腺嘌呤相互作用,但在相互作用的氨基酸残基种类、数量以及形成的氢键和疏水相互作用上还是存在差异,其中,curcin C与腺嘌呤具有最强的结合能力,curcin则最低.     

莲子叶细胞中淀粉质体核糖体的观察和分离

莲胚子叶细胞的淀粉质体在原质体时期就能观察到似细胞质中的核糖体颗粒 ,随着发育时期的递增 ,质体中产生一些管状复合体膜和片层结构 ,在这些膜结构的疏松区和基质中存在着一些似细胞质中的核糖体颗粒 .在物质积累盛期 (受精后的15～20d) ,随着淀粉质体的进一步发育 ,大量的淀粉和DNA在这些质体中合成 .同时在这些质体中出现丰富的形态学上结构清晰的核糖体颗粒 ,其中有些形成螺旋状结构 .从受精后生长到16～18d的莲子叶中分离纯化淀粉质体 ,在蔗糖密度梯度离心中获得淀粉质体核糖体区带 ,并对其RNA和蛋白质含量进行了测定.     

基于核糖体DNA大亚基片断序列探讨中国东海海域赤潮原甲藻的分子分类

采用PCR扩增技术对分类上有争议的中国东海赤潮原因种(被称为东海原甲藻．本简称：东海株系)的基因组DNA进行了核糖体DNA大亚基片断(LSU rDNA)的扩增和测序．并与一同扩增的来自美国CCMP的被称为具齿原甲藻(本简称：CCMP株系)的同源序列进行分析比较。结果表明，两710bp的LSUrDNA同源序列中仅存在7个碱基的差异．遗传相似度高达99．01％．遗传差异为0．99％．进一步与Genebank其他3种原甲藻即P．mezicanum、P．mieans和P．minimum的同源序列进行比较，发现其他3种原甲藻两两问的种间遗传相似度在91．1％～95．5％之间．而P.micans和P．minimum种内不同株系的遗传相似度为99．4％～99．9％．均为99％以上．综合这些数据说明东海株系与CCMP株系之间的0．99％的遗传差异应视为种内差异．原甲藻的东海株系与CCMP株系当属异名同种．因此本试验结果从分子水平支持了被称为东海原甲藻的原甲藻与被称为具齿原甲藻(P．deantatum)的原甲藻同为一种的观点。     

麻疯树(Jatropha curcas)毒蛋白curcin基因家族成员的分离和描述

麻疯树curcin基因家族中4个成员通过PCR扩增被分离．它们都不合有内含子,序列分析表明它们编码Ⅰ型核糖体失活蛋白（Ribosome-Inactivating Proteins,RIPs）,证明curcin基因如同大多数RIPs一样由多基因家族编码．四个curcin基因家族成员和另两个已知curcin基因家族成员的开放阅读框（Open Reading Frame,ORF）的序列比对结果显示curcin基因家族成员至少可分为两个亚类群,亚类群之间的氨基酸序列相似性低于88％．分别将这4个curcin基因家族成员命名为curA2、curA3、curB2、curB3．对四条基因启动子区和ORF生物信息学分析推测CurB2、curB3可能是被真菌及逆境诱导的curcin基因家族成员全长,而curA2、curA3可能是麻疯树胚乳贮存的curcin基因家族成员全长．Southern杂交结果显示,麻疯树基因组中至少有3个以上curcin基因家族成员．     

川滇琼地区麻疯树种子核糖体失活蛋白资源调查

本研究对西昌、攀枝花、仁里、海口、三亚、东方六地的麻疯树种子进行资源调查研究,结果显示六个地区麻疯树种子胚乳核糖体失活蛋白含量均值为1.8770~2.5602mg/g,由高到低依次为西昌、三亚、海口、仁里、攀枝花、东方,且地区间差异较大.各地区内部种子胚乳核糖体失活蛋白含量数据分析显示,仁里地区种子胚乳核糖体失活蛋白含量变异系数最大,为14.6189;海口地区的变异系数最小,为7.1876.麻疯树种子性状相关性分析结果显示胚乳核糖体失活蛋白含量与百粒重、出仁率值在0.01水平上没有相关性,与含油率相关性不显著,与可溶性蛋白含量在0.01水平上低度负相关.综合各项指标认为西昌地区的麻疯树种子核糖体失活蛋白含量较高,可作为现阶段核糖体失活蛋白应用的材料来源之一.