人骨形态发生蛋白4多拷贝表达盒的构建及其表达

为了了解在毕赤酵母中人骨形态发生蛋白4基因剂量对其表达量的影响,利用毕赤酵母表达载体pAO815质粒上的2个同尾酶BglⅡ和BamH Ⅰ在体外构建了人骨形态发生蛋白4成熟肤序列1,3,6,9个拷贝表达盒,并对它们进行表达量研究.结果表明,在毕赤酵母中表达人骨形态发生蛋白4蛋白时,1个拷贝基因能达到最大表达量,增加人骨形...     

杂交法检测重组乙型肝炎疫苗（汉逊酵母）发酵产物HBsAg外源基因拷贝数

以汉逊酵母宿主基因组DNA和发酵产物基因组DNA的相同MOX启动子的片断为特异性探针,用地高辛标记后,与固定在杂交膜上的宿主基因组DNA和发酵产物基因组DNA进行杂交并显色,根据显色深度来判定发酵产物中外源基因拷贝数的大小。结果表明,发酵产物中HBsAg外源基因拷贝数不小于30个。该方法检测灵敏度较好,特异性较强,操作较安全,可用于重组汉逊酵母发酵产物中HBsAg外源基因拷贝数定性检测。     

转基因植物中外源基因的沉默

在转基因植物中外源基因不能正常表达,呈失活状态的现象称为基因沉默。造成基因沉默的因素主要有插入位置、重复序列和甲基化。基因沉默一般可以归为转录水平和转录后水平上。外源基因沉默阻碍了植物转基因技术在生产上广泛应用,根据对大量转基因植物的分析和研究,人们提出了造成基因沉默的可能机制,如ＲｄＲＰ－ｃＲＮＡ模型、ＲＮＡ阈值模型以及ＲｄＤＭ模型等。深入了解外源基因沉默的机制以提高基因表达效率,是顺利开展植物     

利用多重荧光定量PCR方法检测线粒体DNA拷贝数

为准确快速地检测出线粒体DNA拷贝数,建立新型多重荧光定量PCR(polymerase chain reaction)方案。该方案以高拷贝基因(300拷贝)替代以往单拷贝基因作为内参,减小线粒体拷贝数与内参基因拷贝数差异,同时,该方案在单管中检测线粒体和内参基因的拷贝数,消除了在不同管中检测内参基因和目的基因时的孔间差。此外考察了不同DNA抽提方法对线粒体DNA拷贝数检测结果的影响,并且构建质粒标准品(含有内参基因和线粒体DNA区段)。采用该方案检测100例中国人外周血样本线粒体DNA拷贝数,发现线粒体DNA拷贝数与年龄呈现负相关。该新型多重荧光定量PCR方案适用于大规模人群中线粒体DNA拷贝数的检测。     

基于聚类的多样本复发拷贝数变异检测算法

拷贝数变异是人类基因组中一种重要的结构变异类型.不同样本中相同区域出现的拷贝数变异称作复发拷贝数变异.研究表明,复发拷贝数变异与人类复杂疾病紧密关联.提出一种基于聚类思想的多样本复发拷贝数变异的检测算法,该算法首先提取两种与复发拷贝数变异密切相关的特征:即多样本中每个位点的拷贝数变异比率和拷贝数变异幅度均值,然后利用聚...     

Bt杀虫基因在转基因双价抗虫棉中的整合与遗传稳定性

Bt抗虫棉中Bt杀虫基因的表达与遗传稳定性对抗虫棉的品种培育和商品化生产至关重要,利用转基因双价抗虫棉R3,R4及R5材料基因组DNA,然后采用GFMCryIA基因的PstI酶切片段做探针,进行Southern杂交分析,研究Bt杀虫基因在双抗抗虫棉虫棉所19材料基因中的整合、拷贝数及遗传稳定性,结果表明,转基因抗虫棉和阳性对照经HindⅢ酶切,Southernblot均出现了约4．7kb的杀虫基因阳性带,从而在分子水平上证实了杀虫基因在棉花基因组中的整合及其完整性,利用在杀早基因中只有一个酶切位点的XhoI酶切后,阳性对照出现了预期大小的17．7kb的阳性带,而双价转基因抗虫棉R3,R4及R5材料均出现了分别为约17．7,8．0,5．5和4．7kb的4条阳性带,初步认为,外源Bt杀虫基因在双价抗虫棉中棉所19材料基因组中至少有4个拷贝,这4个拷贝中很可能有一个以上能够稳定遗传和表达,该研究结果为以后的双价抗虫棉品种培育及商品化生产提供了依据。     

癌症单细胞数据拷贝数变异检测方法

随着单细胞测序数据的异质性优势在癌症研究中的逐渐体现，现有拷贝数变异检测方法在检测单细胞数据时效果差的问题亟待解决。提出一种新的单细胞数据拷贝数变异检测方法（FL-CNV），通过动态窗口划分及数据估算对变异区间进行范围估计和断点确定，以明确拷贝数变异的断点位置和变异类型。所提方法突破了现有检测方法在单细胞数据上的局限性，对其检测效果在模拟数据和真实数据上进行了实验验证。结果表明：与现有方法相比，本文所提方法能显著提高拷贝数变异检测的精度和敏感度，且所得结果与比较基因组杂交（array-based comparative genomic hybridization，aCGH）的拷贝数变异进行了相关性验证，具有更高的可信度。     

稀土元素La(Ⅲ)对质粒pUC18复制速度的影响

稀土应用的日益增长将会对生物的遗传产生深远的影响．生物的遗传离不开DNA的复制，由于染色体DNA非常巨大和复杂，难以直接研究稀土离子对其复制的影响．以细菌染色体之外的遗传因子——质粒为对象，研究La^3 对质粒DNA复制速度的影响．结果表明：在不同浓度La^3 存在下，质粒在宿主细胞中复制的速度不同；由于质粒复制与染色体DNA复制使用相同的酶系，因而可初步推断不同浓度的La^3 对染色体DNA的复制速度也有影响．     

植物外源基因拷贝数及插入位点的检测方法与技术

随着转基因技术的快速发展,转基因植物在世界范围内已经大量种植.近年来,转基因植物的安全性越来越受到公众关注.转基因植物安全性与有效性的关键因素是外源基因拷贝数与插入位点.本文综述了近年来植物外源基因拷贝数与插入位点的检测方法.     

人博卡病毒微滴数字PCR定量方法的建立

为准确、快速地从临床鼻咽拭子样本中筛选出人博卡病毒(HBoV)感染的阳性样本,以HBoV-sh9基因的保守区序列为检测靶标合成引物和探针,建立了微滴数字PCR(dd PCR)检测HBoV的方法.结果表明:HBoV dd PCR方法具有较高的特异性,在(0.5~6.8)×10~3copies/μL HBoV DNA浓度范围内,具有良好的线性和精确度,定量限低至0.5 copies/μL.182份临床样本检测结果显示:HBoV感染的阳性率为8.24%.此建立的HBoV dd PCR方法在定量限、准确性和重复性上较常规PCR优势明显,不受样品基质和扩增效率的影响.