变性剂诱导的多结构域蛋白质变性现象的研究

从蛋白质变性的构象渐变模型出发，分析了多结构域蛋白质变性过程的特点，用吸附动力学方法得到了可描述多个结构域变性的关系表示式，特别对典型双结构域蛋白质变性过程予以较详细的讨论。通过对比理论计算结果与实验观测结果，发现在一定参数条件下两者符合较好，从构象渐变的观点，对双结构域蛋白质变性过程中出现双S形变性曲线的原因做出了解释，同时对变性过程中可能出现的一些情况进行了预测和分析。     

密度泛函理论研究琥珀酰苯胺和联丁二酰亚胺

通过HF/3- 2 1G从头计算求得琥珀酰苯胺 (PHSIM)和联丁二酰亚胺(BSIM )的内旋转位能曲线 ,在密度泛函理论B3LYP/6 - 31G 水平对能量极小点所对应的稳定构型进行全优化 ,并作集居数分析、自然键轨道分析和简正振动分析 ,获得它们的几何构型、电子结构、红外光谱和热力学性质。结果表明 ,PHSIM和BSIM均以非平面构型存在 ,前者分子中五员环和六员环之间的夹角约为 4 3°;后者的 2个五员环平面相互垂直。它们分子中羰基伸缩振动带均分裂为 2个 ,在PHSIM中为 1 74 0cm-1 、1 795cm-1 ,而在BSIM中为 1 773cm-1 、1 80 2cm-1 ,且低频带的振动强度远大于高频带。由振动频率计算了标题物在 2 98～ 80 0K温度范围的热力学函数 ,通过原子化反应由B3LYP能量估算了它们的标准生成热     

亚甲二醇二硝酸酯构型和电子结构的ab initio研究

采用量子化学中的从头计算（ａｂｉｎｉｔｉｏ）方法，在ＨＦ／３－２１Ｇ和ＨＦ／６－３１Ｇ＊水平上分别计算研究了亚甲二醇二硝酸酯（ＭＧＤＮ）的旋转构象和电子结构，计算所得ＭＧＤＮ绕Ｃ—Ｏ键旋转的能垒较低（约６ｋＪ／ｍｏｌ），其平面构象的能量最高．能量最低的构象（亦即最稳定构型或平衡几何构型）的２个酯基均绕Ｃ—Ｏ键旋转７７．４°．不同构型的电荷分布差异较小．     

单链高分子构象的非格子 Monte Carlo 模拟

采用一种非格子 Monte Carlo 模拟方法对描述单链高分子链构象变化的2个物理量进行了数值模拟.通过计算,研究了单链高分子的均方回转半径、均方末端距以及末端距向量自相关函数随时间的演化过程.结果显示,当高分子链处于平衡状态时,其均方末端距平均值与均方回转半径平均值的比值为6.23,与理论结果吻合较好.进而又研究了单链高分子的弛豫过程, 给出了末端距向量自相关函数的弛豫时间.     

计算机辅助解析FTIR定量研究蛋白质构象的应用进展

综述了计算机辅助解析傅里叶变换红外光谱在蛋白质构象定量研究中的应用进展,简要介绍了红外光谱测定及二阶导数谱、去卷积和曲线拟合等计算机数学处理方法.对已有的研究结果进行了分类总结,最后讨论了该领域中存在的问题和发展方向.     

多分散高分子固液界面吸附构型的Monte Carlo模拟

在格子模型基础上用M onte Carlo方法模拟研究了多分散高分子在固液界面的吸附行为,重点考察了平均分布和正态分布两种不同链长分布形式的高分子在固液界面吸附构型的分布规律。发现高分子不同的链长分布形式,对高分子吸附构型的性质影响较大。正态分布的高分子体系中高分子的3种吸附构型(T ails,Loops和T rains)的浓度和数目比相同条件下平均分布的高分子体系内要低得多。特别是当高分子链节吸附能较低时,两者的差别非常大。平均分布的高分子体系高分子吸附构型对温度和高分子总链节浓度的变化更加敏感。T ails构型由于受到高分子链节热运动以及吸附层压缩作用的影响,在高温或高吸附作用能下,其密度分布表现出和其他两种吸附构型完全不同的形式。温度、高分子链节吸附作用能以及高分子总链节浓度对3种吸附构型的影响和单分散体系趋势一致,但是存在着定量的差别。     

金属离子与核酸相互作用的量子化学研究—势函数法

用离子-分子相互作用势函数,以Li~+,Na~+,Be~(2+),Mg~(2+)和(OH)_2PO_2~-形成的金属阳离子-磷酸阴离子络合物为模型,研究金属离子与核酸的相互作用。计算的相互作用能表明,由于金属离子对磷酸阴离子电荷分布的极化,使核酸构象发生改变。其阳离子作用顺序为Na~+相似文献   

MNDO法研究二苯硫醚和二苯亚砜的构象

本文使用ＭＮＤＯ半经验量子化学方法对二苯硫醚和二苯亚砜的构象进行研究。结果表明，这两种化合物的最优构象呈扭曲状，两个苯环相对桥键面偏转角各为（６７°，６７°）和（７２°，７２°）。     

硝酸酯分子结构和水解机理研究（Ⅱ）─—硝酸乙酯

该文运用ＳＣＦ—ＭＯＡＭ１方法，通过能量梯度全优化计算，求得了硝酸乙酯的反式和傍式两种分子构象，两种构象间的能量差为３．５１ＫＪ／ｍｏｌ。傍式比反式稳定，反式—傍式旋转势垒为２．３４ｋＪ／ｍｏｌ。由ＡＭ１法计算，制作了硝酸乙酯的碱性ＳＮ２水解位能曲线，求得活化能为６３．６０ｋＪ／ｍｏｌ。讨论了水解过程中反应体系的几何构型和电荷分布的变化规律。     

蛋白质二级结构的统计力学研究

本文将Zimm-Bragg模型推广到实际多肽链，建立了蛋白质二级结构的统计力学形式，着重讨论了如何依据统计力学预测蛋白质二级结构的问题。