基于SwissPdbViewer和MATLAB对人类SOX蛋白三级结构建模及分析

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结合域。利用MATLAB的Sequence Analysis工具从Genbank中下载人类SOX蛋白序列信息,二次筛选获得22个有效的序列数据。以三级结构已知的SOX2、SRY、SOX5为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示SOX蛋白HMG-box的三级结构极为相似,由3个α螺旋和2个热力学结构不稳定的loop区构成;表面静电分析显示SOX蛋白C端有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔。SOX蛋白的上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。