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一种实用的互联网络拓扑结构RP(k)及路由算法 总被引：9，自引：0，他引：9
提出了一种基于Petersen图的互联网络RP(k), 研究了该互联网络的性质, 它具有良好的连接度、短的直径和简单的拓扑结构. 在节点小于300的情况下, RP(k)的直径低于Torus的直径, 其最优分组的距离小于Torus最优分组的距离, 特别是当分组节点数m满足6≤m≤100时,RP(k)最优分组的距离近似等于Torus最优分组距离的一半. 基于Petersen 图结构, 设计了点点通信、置换路由、广播路由和多对多路由算法, 它们的通信效率分别为[ k /2]+2,k+5,[k/2]+2和k+5. 相似文献
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基于Smith-Waterman算法的并行分而治之生物序列比对算法 总被引：3，自引：0，他引：3
生物序列比对是生物信息学中最常见的问题之一, 基于动态规划思想的Smith-Waterman算法是序列比对中最基本的算法. 然而现有的并行Smith-Waterman算法都需要庞大的内存, 且无法处理大规模的数据串, 随着生物数据的急剧增长, 这些并行算法对内存空间的需求已成为需要迫切解决的问题. 由此提出一种并行生物序列比对算法, PSW-DC算法, 该算法采用分而治之的方法把query序列划分为若干片段, 并分配给相应的各个处理器, 而后并行地按Smith-Waterman算法与目标(subject)序列进行比对, 再通过按一定规则的扩展过程求取序列的优化匹配. 与其他并行算法相比, 该算法有效地降低了内存空间的需求, 并实现了对大规模数据串的并行处理. 为实现该算法, 给出了一种称作C&;E的拓展规则及实现方法. 且该方法已经在实际系统中得到实现. 相似文献
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