基于病例对照组的检验差异甲基化基因功能区域的方法

DNA甲基化是一种重要的表观遗传学修饰,能够参与基因表达调控从而影响生理活动.在病例-对照组研究中,利用甲基化水平定位与疾病相关联的基因功能区域,有助于了解甲基化调控基因表达的机制,为后续研究提供疾病关联基因的线索.目前检验甲基化差异区域的方法存在一定不足:一是缺乏定义差异甲基化区域的统一标准;二是检测结果存在横跨多个基因功能区域的现象,难以进行生物学解释.本文基于得分检验(Zscore test)提出了以基因功能区域为单位的检验差异甲基化水平的方法cZST.该方法的特点是依靠位点物理距离和染色体全局信息修正协方差矩阵.模拟研究表明cZST在亚硫酸氢盐测序数据样本量小、读数低、扰动位点多的情形下具有高功效,且优于现有方法.将cZST运用到乳腺导管癌真实数据中,检测出与疾病显著相关的661个基因功能区和81个单位点.基因注释分析说明了cZST方法的有效性,并发现Dbl、Pleckstrin基因家族及Rho调控基因的甲基化与乳腺导管癌紧密相关,为后续研究提供指引.     

聚集体自噬研究进展

错误折叠蛋白在细胞内大量堆积后会形成蛋白聚集体，干扰细胞正常生理活动，以至引发各种人类疾病，尤其是神经退行性疾病。因此，研究聚集体的形成和清除过程对治疗神经退行性疾病具有重要意义。蛋白聚集体在形成过程中会受到相分离的调控，在液相、固相等多种状态间转变，这影响了聚集体的性质及其清除方式。尽管细胞内多种蛋白质量监测系统均可参与错误折叠蛋白的清除，但是一旦聚集体形成，通常需要通过自噬途径清除，即聚集体自噬过程。在聚集体自噬中，p62、NBR1、TAX1BP1、Tollip、CCT2等自噬受体能够帮助自噬系统识别蛋白聚集体，在聚集体的清除中发挥重要作用。文章主要介绍聚集体的形成以及通过自噬清除的过程，并聚焦于聚集体自噬领域的最新研究进展。     

采用有色Petri网的等级转换场景概念建模

为了使系统与模型达到一致性,在C2级向C3级转换的过程中,采用有色Petri网对其进行建模.采用自动验证工具(CPN Tools)对模型性能、系统等级转换功能及相关动态属性进行验证,完成对所建模型的确认.对提取到的模型运行数据进行MATLAB仿真,结果表明:搭建的C2级转换到C3级模型能够达到规定的要求;列车以不同速度进行等级转换时,行车速度越高,列车转化时间越短;在C2级控车模式下,以其顶棚速度250km·h-1进行转换,相比Petri网建模,转换成功率可提高0.1%.