全局最优化的平滑积分变换方法：I基本思想和理论框架

提出了解决全局最优化中多极小问题的平滑积分变换方法。通过平滑积分变换将目标函数平滑变形，充分变形后的目标函数将仅有一个极小，沿该极小在变形过程中的轨变回溯即可找出其对应的原始目标函数的一个较深且较宽的极小。研究了平滑积分变换的数学性质并提出了不依赖局部极小化算法的极小追踪技术。     

DNA碱基组成和碱基关联的进化

据ＤＮＡ序列新资料，研究了ＤＮＡ碱基组成和关联与序列进化的关系，进一步证实了关于分子进化信息参数的发现：Ｄ２和Ｘ及其第一子序列的值在粗粒平均的意义下随进化增长，对ＭｙｏｓｉｎＨｅａｖｙＣｈａｉｎ（ＭＨＣ）序列进行了单独的研究，也证实了这个结论，同时研究了信息参数对度的依赖，发现由于碱基组成和关联的漂变造成长序列某些参数值的变小     

核酸序列的模糊聚类与分子进化

将核酸序列(编码区)分成几类,求出每类的平均信息参数(D_L),用模糊聚类的方法研究它们的相似性和同源性,求出各级相似分岔值并导出动态聚类图.证明了短程相似分岔与序列进化有明显的相性,即L=2-5的一级相似分岔值与物种出现地质年代的对数保持较好的线性关系.     

由氨基酸序列预测蛋白质二级结构的进一步研究

本文在工作[1][2]的基础上进一步研究了蛋白质二级结构的经验预测,着重讨论了如何制定预测规则的问题,并将预测工作计算机化.在蛋白质资料库中随机选取了21个蛋白质(3296残基)进行预测,正确率对α螺旋和β折迭分别为84.4%和81.9%.     

人类基因组中L1元件及其5＇UTR的研究

讨论了L1在人类染色体中的分布密度与染色体长度以及L1的密度与基因密度之间的关系．发现在大多数染色体上L1的密度和染色体的长度表现为正相关，而L1的密度和染色体中基因的密度表现为负相关；对人类L1的5’UTR进行了详细的研究后，发现在L1元件的5’UTR部分含有许多转录因子结合位点．对基因的转录起始位点上游进行统计分析，发现其中含有大量的L1序列．通过对人类的EST数据库进行BLAST分析，新发现了51条和人类L15’UTR相似性较高的EST片断，根据它们分布的组织特异性，说明L1元件可能调控与发育过程有关的基因的表达；最后应用多样性增量的方法对人类和大鼠的L1 5＇UTR进行了区分，得到了较好的预测结果，说明大部分L1的5’UTR的调控作用是人类特有的．     

抗冻糖蛋白（AFGP1—5）溶液中自由生长条件下冰晶生长激…

根据冰晶生长速率理论，计算了抗冻糖蛋白（ＡＦＧＰ１－５）溶液中自由生长条件下冰晶生长的激活能，这种定量计算对研究抗冻糖蛋白溶液中冻晶生长习性的有重要意义。     

α类蛋白的构建模式及拓扑结构预测

给出了α类蛋白的构建规则，指出了螺旋片段的长短是决定相邻两个片段取向的重要原因．讨论了４螺旋束的构建及理论模式，对α类蛋白的分类进行了补充，给出了区分平行和垂直拓扑结构的简明预测规则     

碱基关联模式的统计研究

本文第一部分给出了核酸序列碱基关联的混沌图示．第二部分讨论了各种二碱基关联模式与进化的相关性，发现ＣＣ，ＧＧ，ＴＡ，ＡＴ，ＣＴ等模式的频率与进化有明显的相关性．从ＤＮＡ双链的相互作用能对此结果进行解释．第三部分统计分析了二、三核苷频率分布和ＤＮＡ螺旋结构局部偏差的相关性，发展了前人结果，证实了编码序列螺旋结构在进化中向规整化方向发展。     

模糊极值与遗传密码的亲水—疏水性和突变危险性

提出了两遗传密切之间距离的一个定义，以该定义为基础构造了密切字典的突变危险度函数；应用模糊极值方法求出了使突变危险度极小的标准密码表的疏水－亲水畴分布；证实由局域极小化的简并多重态构成的标准密码字典和大部分线粒体密码字典的突变危险度是近似极小的，若以密切字典系统平均突变危险度和最大突变危险度为标度，现有的各种与极小值的接近程度在90％左右；计算结果还支持这样的假设：密码的进化是遵循整体突变危险性极小的，标准密码表可能是由类似于线料 密码的古典密码表进行化来的，而碱基的化学修饰有助于降低突变危险性。