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分子印章法DNA芯片合成(Ⅲ)——反应条件的优化 总被引:2,自引:0,他引:2
对分子印章法制备寡核苷酸微阵列芯片的工艺条件进行了探索.研究了对寡核苷酸压印偶联反应影响较大的3个因素核酸反应液反应活性的稳定性、点阵上不同核酸单体残留物的交叉污染和封闭反应对寡核苷酸微阵列杂交结果的影响.实验研究表明,在氩气保护(水和氧含量低于5×10-6)下四和核苷酸单体的乙腈混合液的反应活性可保持10 h以上.采用了一种含羟基小分子的液体对压印偶联反应后的芯片进行处理,成功地清除了芯片上大量剩余的活性核酸单体分子,解决了它们对临近点阵可能产生的污染问题.最后指出了在寡核苷酸微阵列制备过程中可以舍弃通常DNA固相合成工艺中的封闭反应步骤,有效地提高了DNA芯片的制备效率.上述研究表明分子印章法制备寡核苷酸微阵列芯片不仅可行,而且经济. 相似文献
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ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段.近年来,随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展,研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一.然而,目前报道的分析方法主要是基于对免疫共沉淀获得的DNA片段进行片段大小选择后的ChIP-Seq数据,也就是主要针对Solexa系统获得的数据进行分析的算法.SOLiD系统是目前测序通量最高的新一代DNA测序系统.在SOLiD系统的DNA测序文库制备过程中,采用对免疫共沉淀获得的DNA片段进行二次超声打断可以满足ePCR对序列长度的要求,因此SOLiD测序文库中的DNA测序片段较短.到目前为止,基于SOLiD系统测序特点的ChIP-Seq研究很少报道.本文旨在研究测序文库中DNA片段的长度对ChIP-Seq分析的影响.通过真实的ChIP-seq数据和模拟产生的ChIP-Seq数据,对目前3种主要的ChIP-Seq分析方法(CisGenome,SISSRs以及MACS)的特点进行研究.有报道表明来自Solexa系统的ChIP-Seq数据局部有明显的正负链双峰特征,而通过对真实的来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征的挖掘,我们发现单个峰局部无明显的正负链双峰特征,并且峰的局部的序列分布大部分符合正态分布.基于这些特征,我们模拟了两个不同测序平台的ChIP-Seq实验.在控制了模拟实验的可比性后,我们发现当前基于Solexa文库制备方案的ChIP-Seq数据发展的算法,并不能有效地捕获来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征.我们的研究还表明,误用ChIP-seq软件可能是导致部分SOLiD的ChIP-seq实验失败的原因.因此,需要开发一种新的基于二次打断IPedDNA片段的ChIP-Seq分析策略. 相似文献
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随着高通量高分辨率组学技术的发展, 以基因组学、蛋白组学、代谢组学等为代表的海量生命组学数据随之大量产生, 相关的信息挖掘算法和系统生物学研究成了生物信息学发展的新热点. 一方面, 现代生命科学的发展已经越来越离不开信息科学的支撑, 需要信息科学领域的学者参与;另一方面, 现代生物科学, 特别是生命组学, 正在以前所未有的速度发展, 这能够给从事复杂系统的研究人员提供各种高维非结构化高噪声背景的海量数据, 为复杂系统的建模和分析提供了十分难得的研究平台. 《科学通报》“生物信息学”专题在这个时候出版, 具有十分重要的意义...... 相似文献
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东南大学教育部分子与生物分子电子学重点实验室 (吴健雄实验室 )位于六朝古都南京 ,鸡鸣山下玄武湖畔。实验室由我国著名电子学家韦钰院士于1985年建立 ;1992年国际著名物理学家吴健雄博士亲自授名为“吴健雄实验室” ;1993年经教育部批准 ,实验室对外开放 ;1997年作为教育部开放研究实验室参加并通过了国家和部门重点实验室的评估 ;1999年经教育部审定更名为教育部分子与生物分子电子学重点实验室 ;2 0 0 1年获国家自然科学基金委“创新研究群体基金”资助 ;2 0 0 2年再次参加国家和部门重点实验室的评估 ,被评为“优秀”。该实验室所在的… 相似文献
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基因表达模式分析及软件系统 总被引:2,自引:0,他引:2
研究和实现了4种基因表达模式的聚类方法,开发了基因表达模式分析软件系统.该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法,其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析.该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能.对于同一组基因表达数据,可通过不同的聚类算法的组合,提供更多的基因分类信息,为生物体复杂的基因表达模式研究提供了一个重要的综合分析平台. 相似文献
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用于管盖基因芯片荧光图像信息的采集及数据分析系统 总被引:1,自引:0,他引:1
管盖基因芯片是将基因探针固定在特制的Eppendorf管盖内表面, 与内置杂交缓冲液贮液池的Eppendorf管一起构建的基因检测器件. 在这个全封闭的系统内, 可以完成基因扩增、荧光标记、芯片杂交及检测等一系列生物化学操作, 实现多基因高通量并行检测. 报道了用于管盖基因芯片的检测分析系统, 它包括光学检测平台、图像采集系统、图像分析系统及结果报告系统. 光学检测平台利用NIKON显微镜光学系统, 通过电荷耦合器件(CCD)进行图像的采集. 管盖基因芯片杂交后, 经过荧光信号被CCD捕获, 经通用串行总线(USB)传递给计算机. 图像经过旋转、去噪声点、图像分色、杂交信号计算、结果判定、有效性判定及结果输出. 用该系统成功地对呼吸道的10种病毒杂交结果进行了检测. 相似文献