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采用生物信息学方法开发了一个预测病毒miRNA的计算机程序MiRfilter,通过提取已知的病毒miRNA的生物学特征,规定参数及参数范围,并以此为筛选标准,预测潜在的病毒miRNA.用EBV和RLCV两种病毒的正负样本对MiRfilter的预测精度进行检测.MiRfilter从39个EBV已知的miRNA中正确识别了30个,从116个负数据中检测到9个假阳性数据;从20个RLCV的miRNA中正确识别了15个,从108个负数据中检测到2个假阳性数据.用取自果蝇和线虫预测区域的186个负数据检测MiRfilter的特异性,在186个负数据中没有预测出假阳性序列. 相似文献
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基于离散小波变换的膜蛋白跨膜螺旋区段预测 总被引:1,自引:0,他引:1
基因组计划所产生的大量蛋白质序列迫切需要从理论上预测跨膜螺旋区段。文中采用基于离散小波变换的方法预测膜蛋白跨膜螺旋区段的数目和位置。以PDB 代码为1KQG的膜蛋白为例,描述了该方法对跨膜螺旋区段的数目和位置的预测分析过程。从最新的MPtopo数据库中随机抽取80条三维结构已知的膜蛋白序列作为测试集 (含325个跨膜螺旋区),采用该方法对跨膜螺旋区段进行预测,其中312个跨膜螺旋区被准确预测到,预测准确率为96.6%。并将预测结果与7种常用预测方法的主要预测结果进行了比较。结果表明,本文提出的方法具有较高的预测准确度。 相似文献
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MicroRNA(miRNA)是一类内源性的长约21~24 nucleotide(nt)的非编码小分子RNA,能够调节其它基因的表达活性,在生物体的发育过程中发挥重要的作用.每种生物体中miRNA的基因总数还未知,生物信息学分析手段为发现新的miRNA基因提供了有效的方法.作者开发了一个预测与搜寻miRNA基因的完全自动化系统“MiRdetector”.MiRdetector系统是基于计算机比对和miRNA前体茎环结构判断的.用水稻miRNA基因对系统的预测精度进行了检验,系统正确识别了155个样本中的140个,预测精度达到90.32%,并且搜寻到了95个可能的水稻miRNA基因.由于系统的假阳性率较低,因此能够为进一步证实miRNA基因的实验研究提供高质量的数据集. 相似文献
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利用Delaunay单纯形理论,对以LiCl为代表的熔盐系的动力学模拟构型进行了众多参数的实现及其统计.重点分析了熔化过程中Delaunay单纯形体积、面积、四面体系数及其Kirie单纯形随温度变化的趋势.借助逾渗理论和染色方法,熔化的过程可以认为是大面积Delaunay单纯形出现、成串直至逾渗的过程,而液体流动性的根源则是大体积Delaunay单纯形的出现和增加.同时,四面体系数的分布进一步证实Kirie单纯形的变化趋势. 相似文献
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运用小波的降噪性建立一种基于肿瘤基因表达谱的聚类分析模型,采用小波变换、信息抽取、双向聚类的方法对基因表达谱进行有效的分析.通过这种模型,可以降低基因表达谱的噪音以及样本错聚率.最后,将该方法应用于结肠癌基因表达谱的分析. 相似文献
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蛋白质折叠的计算机模拟 总被引:8,自引:2,他引:6
介绍了计算机模拟蛋白质折叠问题的背景、模型和意义。在对模型问题采用Monte-Carlo方法和单纯遗传算法得到能量最小构象的基础上,提出了适用的混合遗传算法,并通过计算机模拟试验对三种方法作了比较。 相似文献