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为寻找Hank’s平衡盐溶液(HBSS)诱导细胞自噬的调控蛋白,对HBSS诱导大鼠肾上皮(NRK)细胞株的细胞自噬现象进行转录组分析和实验验证.用HBSS分别处理细胞不同时长,结合LC3B-Ⅱ蛋白表达量和细胞存活率确定最佳诱导时间.根据最佳诱导时间制作细胞样品,进行转录组测序(RNA-seq),原始数据质控过滤后进行注释和分析.选取表达差异变化排序靠前的基因进行敲降实验,筛选具有潜在调控功能的蛋白质,接着用荧光定量PCR实验对该蛋白质的上游基因表达情况进行辅助验证.结果发现,HBSS诱导细胞自噬的最佳诱导时间为3 h;在转录组结果中共鉴定到32 305个基因,477个差异表达基因,差异基因的GO和KEGG富集分析结果显示这些基因主要参与代谢底物分解、氨基酸转运以及蛋白质修饰调控等信号调控通路;免疫印迹结果表明干扰基因Sat1的表达可以降低细胞内LC3B-Ⅱ的表达水平.本研究围绕HBSS诱导细胞自噬进行转录组学测序分析,并通过实验发现了影响LC3B-Ⅱ表达的潜在功能调控基因Sat1.综合考虑所有实验结果,Sat1可能通过GO和KEGG显著富集的信号通路影响HBSS诱导的细胞自噬,这些发现... 相似文献
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长棘海星(Acanthaster planci)是热带和亚热带海域珊瑚礁的主要破坏者,体内外有丰富的共附生微生物。该文对采自南海三亚珊瑚礁保护区的一个长棘海星样品的共附生真菌,利用3种培养基进行分离纯化得到近200株真菌菌株。采用通用引物ITS1和ITS4扩增其中16株真菌的ITS-r DNA片段序列,并进行测序,测试结果提交Gen Bank,登录号为KF999808-KF999822以及KJ723458。利用邻接法构建系统发育树及简单分析该长棘海星共附生真菌的种群多样性。序列分析显示,16株真菌分别属于Ascomycota门4目(Hypocreales、Eurotiales、Pleosporales、Microascales),5属(Trichoderma、Penicillium、Neosartorya、Leptosphaerulina、Pseudallescheria),以及Deuteromycota门1目(Meliolales),1属(Fusarium,有性型Gibberella),并聚为8类。多样性分析的结果显示,菌体的个体数在镰刀属上(10株)表现为高度富集,群落的均匀度比较低。 相似文献
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