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为获得鹿茸草的全长转录组信息,挖掘鹿茸草次生代谢化合物生物合成途径相关酶的基因,该文基于单分子测序技术,利用Pacbio高通量测序平台,对鹿茸草进行全长转录组测序,共获得48 005条去冗余的高质量转录本,与NR、Swiss-Prot、GO、KEGG等8个数据库进行BLAST比对,共有45 362个转录本被成功注释,注释率为94.50%.其中有389条转录本被注释到KEGG的10条标准次生代谢生物合成通路中.对转录组数据进一步分析发现：参与鹿茸草苯丙素类生物合成的转录本有194条,参与生物碱类生物合成的转录本有115条,参与类黄酮化合物生物合成的转录本有23条,参与其他次生代谢产物的转录本有57条,参与次生代谢后氧化与糖基化修饰的转录本有204条.鹿茸草全长转录组的获得极大地丰富了鹿茸草的遗传信息,初步揭示了参与鹿茸草次生代谢产物合成相关的基因通路,为深入研究鹿茸草次生代谢产物合成途径关键酶的功能及其调控机制奠定了基础. 相似文献
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长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)是指在基因组序列中长度大于200 nt,没有明显的开放阅读框,并且不具备蛋白编码能力的转录本.早期阶段,lncRNA一度被认为是遗传物质中的“转录噪声”.然而,随着越来越多的研究在不同物种中被报道,以及对lncRNA的功能研究逐渐深入,lncRNA已经逐渐成为基因组学领域的研究热点.该文系统地介绍了lncRNA的分类方法,总结了lncRNA参与调控植物发育与逆境胁迫响应的特征和机制,分析了lncRNA的主要研究技术和策略,并讨论了当前存在的主要问题以及未来的研究方向,旨在为后续的植物lncRNA研究及其在育种领域中的实际运用提供一定的指导依据. 相似文献
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