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测序技术和计算技术的发展,使得我们所能获得的近缘物种越来越多,近缘物种由于分化时间相对较短,通过全基因组比对能获得大片段的共线性区域,这些被识别的共线性区域被广泛的应用于基因组研究的各个方面,这些研究反过来又推动了共线性的发展．本文主要就共线性的定义、识别以及应用进行了相关的介绍． 相似文献
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利用人类全基因组二代测序数据比较BWA-MEM 和 NovoAlign 总被引：1，自引：0，他引：1
随着测序技术的发展,二代测序数据越来越多,将测序数据准确地比对到参考基因组是后续研究的基础．BWA-MEM和NovoAlign作为2个最常用的DNA序列比对软件,还没有评估其在基因组中不同结构区域的表现．本研究基于真实和模拟数据,对2个软件在人类基因组的低复杂度、片段性重复和其他区域进行了评估．结果显示:BWA-MEM将尽可能多的测序数据比对到基因组,且在低复杂度和片段性重复区域存在过度比对的现象,特别是在片段性重复区域的比对品质较低;而NovoAlign比对到基因组的序列数量低于BWA-MEM,但在片段性重复区域的比对品质较优,因此对于存在较多片段性重复区域的基因组来说,使用NovoAlign比对是一种更好的策略． 相似文献
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