生化反应系统的建模与分析

很多细胞行为受细胞内基因表达和蛋白质相互作用等生物化学反应的调控.这些细胞内的生化反应表现出明显的随机性,它成为描述细胞行为的可计算建模中不可忽略的因素.该文是关于计算系统生物学中随机模拟的基本理论和新进展的自洽综述.本综述从生化反应系统的基本假设出发,介绍关于生化反应内部噪声、外部随机扰动和包含时间滞后的反应过程的各种数学描述,包括化学主方程、化学福克尔-普朗克方程、化学速率方程、化学郎之万方程等; 还介绍了相关的数值模拟方法,包括随机模拟算法和τ跳跃算法.     

利用图的圈秩数进行边色数的分类

本文利用最大次顶点的导出子图的圈秩数研究了边色数的分类,得到下面的结果:定理1 设 G 为简单连通图,G_Δ为连通图,G_Δ的圈秩为 l,Δ(G_Δ)≤3,δ(G_Δ)≤2,Δ(G)≥1/2(|V (G)|+3l+1)+2l-1.则 G∈C~2G 含有满子图H,Δ(H)=Δ(G).     

果蝇翅膀器官芽中Dpp 浓度梯度形成的数学模型

 Decapentaplgic(Dpp)是影响果蝇翅膀发育的重要成形素(morphogen)之一. 在果蝇胚胎发育的过程中, Dpp 在翅膀器官芽的前后轴(antero-posterior axis)附近产生, 通过某种未知的机制输运到翅膀器官芽的其他位置, 启动相应的信号转导通路, 控制目标位置细胞的生长发育. 通过反应扩散方程建立成形素通过细胞膜非受体(non-receptor)的协助从其局部合成区域扩散到远程作用区域的数学模型, 研究非受体对成形素浓度梯度形成的影响. 阐明了通过非受体协助的成形素输运机制, 可以形成既有生物学意义又对成形素超表达具有好的鲁棒性的浓度梯度.