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用cpDNA matK基因和nrDNA ITS区序列确定我国特有植物四棱草属的系统位置 总被引:1,自引:0,他引:1
测定了我国特有植物四棱草属以及马鞭草科6属和唇形科13属共27个代表种的叶绿体DNA matK基因和核核糖体DNA ITS区序列.应用相对表观衍征分析方法(RASA)对所测DNA序列的系统发育信号及所选择外类群的有效性进行了统计评价.应用最大简约法(MP)、邻接法(NJ)和最大似然法 (ML)对matK和ITS序列进行了独立的和联合的分子系统发育分析.结果表明,四棱草与三花莸为姐妹群;Contino等提出的莸属复合群不构成单系类群,莸属4种具有复系演化关系;Contino系统中的筋骨草亚科形成一个单系分支.此外,本文结果支持马鞭草科与唇形科构成复系类群以及白骨壤属从马鞭草科中独立的观点.RASA分析和多基因联合分析为确定复杂类群间的系统发育关系提供了有效的途径. 相似文献
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表皮葡萄球菌双组分调控系统的生物信息学分析 总被引:1,自引:0,他引:1
应用序列同源性比较及功能域分析等生物信息学手段, 从表皮葡萄球菌全基因组序列中发现16对双组分调控系统以及2个相对保守的功能域(HATPase_c和REC). 通过与金黄色葡萄球菌和枯草杆菌中的双组分调控系统基因比较, 预测表皮葡萄球菌中同源双组分调控系统基因可能具有参与调控细菌生长、生物膜形成、毒力因子表达等重要生物学功能. 对16对双组分调控系统基因的2个保守性功能域进行空间结构模建, 获得4个相似的组氨酸蛋白激酶HATPase_c功能域模拟结构以及13个相似的反应调节蛋白REC功能域模拟结构, 其中HATPase_c结构在AMP-PNP的结合部位形成袋状结构, 而REC结构中均包含3个天冬氨酸活性位点. 初步实验结果表明表皮葡萄球菌双组分调控系统保守性功能域的生物信息学分析可以为进一步开发相关治疗药物提供潜在的靶标. 相似文献
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基于有限差分软件,对湖南沅水特大桥主梁0#、1#块施工托架进行了空间受力分析,获得了其应力分布特点,指出其薄弱环节。并结合施工监测结果,对托架结构的安全与稳定性进行了评价。研究结果表明:托架系统的牛腿根部、贝雷梁、腹板和横隔板处的脚手架受力最为不利,同时由于施工方法的局限性,施工过程中易出现应力不均匀、局部应力和变形过大等问题,因此托架安装过程中,应尽量保证托架各组成部分的平整度,消除施工过程中的不均匀受力;0#、1#段截面高度较大时,混凝土应分期浇筑,以减小托架系统承受的后浇注混凝土质量和托架的弹性变形、模板系的非弹性变形;同时在保证托架系统承载力的情况下,应尽量减少1期和2期混凝土浇筑的时间间隔,以减少混凝土的收缩徐变差,确保结构质量。 相似文献
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用叶绿体和核糖体DNA序列探讨中国特有植物斑子麻黄的系统位置 总被引:2,自引:0,他引:2
测定了我国特有植物斑子麻黄的叶绿体matK和rbcL基因以及核糖体18S基因和ITS区的序列, 选取麻黄属15个物种的16个类群(含旧大陆8种和新大陆7种)进行分子系统发育分析, 探讨斑子麻黄的系统位置. 基于最大简约法(MP)、邻接法(NJ)、最小进化法(ME)和最大似然法(ML)的独立与联合分析均表明斑子麻黄与木贼麻黄关系最近. 根据相对速率检验结果, 结合前人所建立的麻黄属rbcL基因进化速率估计斑子麻黄与木贼麻黄的分歧时间约为10.85±2.44 Ma. 相似文献
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钟扬桂 《徐州师范大学学报(自然科学版)》1990,(3)
本文利用波带片通光孔的半径与半波带数、焦距及波长的关系ρ_k=(Kf′λ)~(1/2)简单扼要地分析了在波带片主轴上,除了与波带片距离为f′这个主焦点外,与它距离为f′/3,f′/5,…等各点为什么是波带片的弱焦点,而在主轴上距波带片为nf′(n=2,3,…)的相应系列点为什么不是波带片焦点之原因。 相似文献
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Circos软件是一款功能强大的用于基因组比较分析数据可视化的图形生成软件,但是该软件需要使用者自己编程提取所需数据,因此如何将基因组注释和比较分析结果与该软件衔接是个非常实际的问题.这里,我们开发了一个能够将基因组数据快速与Circos~([1])软件衔接的工具一Geno2Cir.这个工具可以处理对位排列好的基因组数据,进行物种间序列差异的比较,得到能够直接用于生成Circos图像的文件.本工具不仅可以进行基因组之间的两两比较,也可以进行多个基因组之间的同时比较.前者利用窗口步移法进行序列之间的直接比较,后者利用K2P(Kimura-2-parameter)方法先计算两两序列之间的距离,然后得到所有序列之间的距离矩阵之后再计算总体的差异.这一工具可以应用于裸子植物松属物种的叶绿体基因组,以及亲缘关系较远但是序列差异较小的凤蝶总科线粒体基因组的比较. 相似文献
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SQUAMOSA(SQUA)类基因是MADS-box基因家族中参与花被发生发育的重要基因.测定了麻竹的SQUA基因序列并分析了被子植物中SQUA类基因的系统发育式样;采用相对速率检验、同义与非同义置换位点统计以及似然比检验方法,分析了单子叶和真双子叶植物最近共同祖先中SQUA基因发生基因重复后的进化速率与适应机制.结果表明:真双子叶植物分支中SQUA类基因的相对速率和同义与非同义置换位点均显著高于单子叶植物分支;同时, dN/dS值表明真双子叶植物分支中可能存在正选择压力. 相似文献
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用核糖体DNA的ITS序列探讨滇桐属的系统学位置 总被引:1,自引:0,他引:1
采用PCR直接测序方法 ,对来自椴树科、梧桐科、木棉科 17属的 33个种和作为外类群的锦葵科 2属4个种的核糖体DNAITS区 (含 5 8S区 )序列进行了分析。结果表明 ,滇桐属 (Craigia)与椴树属为姐妹群关系 ,二者构成单系类群 ,因而将滇桐属置于椴树科中较为合理 ;刺果藤属和翅子树属有较近的亲缘关系 ,并与蚬木属和柄翅果属构成一个单系类群 ,二者可能与椴树科有更近的亲缘关系 ;榴莲属与椴树科的破布叶属构成单系类群 ;山芝麻属与椴树科、梧桐科和木棉科构成并系关系 ;因此 ,这些属的系统位置尚需进一步确定。综合分析的结果支持将椴树科、梧桐科和木棉科归并到锦葵科中的观点。 相似文献