蛋白质二级结构中同义密码子与氨基酸上下文关联的偏好型

通过对人(Homo sapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(E．coli)的87个蛋白质的统计分析，发现mRNA序列中的同义密码子与氨基酸的上下文关联是和蛋白质二级结构有关的，并给出了各二级结构中有意义的上下文关联型．讨论了该结果对蛋白质结构预测的改进意义及其在基因工程领域可能的应用。     

基于小波方法的蛋白质非规则二级结构预测

蛋白质的二级结构可以分为两类：规则二级结构和非规则二级结构，α螺旋和β折叠是典型的规则二级结构，它们的残基具有重复的主链转角，而且它们的N－H和C－O基团以氨键形式周期分布。相比之下，剩余的部分没有可重复转角，称之为非规则二级结构，对蛋白质氨基酸序列做了广泛的分析，结果表明，用连续小波变换可以对蛋白质氨基酸序列中的非规则二级结构进行有效的预测。     

相互作用三原子环的非线性动力学研究

利用数值方法研究了三个相互作用的二能级原子构成的环的非线性动力学行为。计算结果表明，对不同的非线性参数，系统呈现出丰富的非线性动力学行为。特别是当非线性相互作用参数比较大时，三个原子之间的能量交换往往以不规则的方式进行。这也说明，几个原子的系统也可以出现非常复杂的动力学行为。     

同义密码子用语与蛋白质二级结构信息

对人体117个蛋白质和大肠杆菌的185个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的同义密码子与氨基酸上下文关联熵、蛋白质序列中氨基酸与氨基酸上下文关联熵作了统计分析，发现密码子关联确实比氨基酸关联对蛋白质二级结构提供的信息量大，而且人蛋白质中同义密码子提供的二级结构信息比大肠杆菌中多．同时，证明了在相对信息剩余大于等于30％的情况下，Adzhubei给出的九种氨基酸中的八种其同义密码子在某些二级结构中明显的携带结构信息；此外A，N，D，R，H，C，Y这几种氨基酸的同义密码子在某些二级结构中也明显地携带结构信息．     

密码子上下文关联与蛋白质二级结构

对人(Homo sapiens)117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析，发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好，对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好．与密码子和单碱基关联的结果比较，说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构．     

几种N-亚硝胺类化学致癌物的分子轨道法研究

N-亚硝胺是一类具有很强致癌性与致突变性的物质,化学上叫做N-亚硝基化合物。近年来许多证据表明N-亚硝胺是一类很重要的环境致癌物,而且与多种类型的人类癌症都有关系。这样就急需了解其致癌机制。     

组件式GIS在成矿预测软件开发中的应用研究

组件式GIS二次开发可以简化GIS软件的开发流程、减少开发工作量,为专用GIS开发提供一种简便开发方法,利用它可以方便快捷地开发出高聚合、低耦合的专用GIS软件.基于MapGIS K9平台利用证据权法成矿预测理论对DPIS软件进行了移植开发,新的DPIS软件基于VS2008加MapGIS K9开发平台模式,充分利用数据中心系统组件库提供的组件、控件功能进行开发,依证据权成矿预测流程设计所需的子程序,并集成到通用GIS平台上,快速实现成矿预测功能.     

与对称性相关的蛋白质序列-结构关系

蛋白质的氨基酸序列如何编码它的三级结构是一个极具挑战性的问题[1~3].虽然蛋白质的氨基酸序列看起来非常不规则,但它编码的三级结构表现出明显的规则性.例如,许多蛋白质具有对称的三级结构,但它们的氨基酸序列看起来象随机序列.因此人们对蛋白质序列关联性进行了大量的研究[4~8],希望确定蛋白质序列是否是随机的.然而,这些研究给出了相反的结果,一些研究表明蛋白质序列与随机序列不可分,而另外一些研究认为蛋白质序列不是随机的.本文将研究3种小的α类蛋白质结构域.这些是具有对称三级结构的最简单的蛋白质结构域.我们将说明这些结构域的…     

氨基酸残基侧链对蛋白质能带结构的影响——晶体轨道法研究

蛋白质中能量和电荷迁移不仅在它的生物学功能中起着重要的作用,而且也展现了美好的应用前景(如有机半导体、有机超导体等等)。为了描述这种能量和电荷迁移,Szent-Gygyi在1941年提出了开拓性的思想,认为蛋白质分子和半导体一样,存在非局域的电子和空穴。到目前,为了确定蛋白质的能带结构和电子非局域化的可能途径已经进行了一些理论研究。这些结果说明蛋白质是良绝缘体而不是半导体。然而,上述研究采用的模型都是比较简     

多维尺度分析中的算法研究

提出一种新的多维尺度分析算法。该算法是对 Ｋｒｕｓｋａｌ算法进行了实质性的修改而获得的，从而在理论上首次证明了算法的收敛性。所做的数值实验表明文中所提出的算法仍具有良好的实际计算效果。