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两个新的粟酒裂殖酵母box H/ACA snoRNA的鉴定、功能分析及进化意义 总被引:2,自引:0,他引:2
通过构建粟酒裂殖酵母核小分子RNA的cDNA文库,发现并鉴定了两个新的非编码RNA,分别命名为Sp15-70和Sp18-61.生物信息学分析揭示这两个RNA均具有典型的box H/ACA snoRNA二级结构特征和与rRNA互补的配对区,推测Sp15-70具有指导25S rRNA中U2401和U2298假尿嘧啶修饰的功能;Sp18-61具有指导18S rRNA中U208和25S rRNA中U2341假尿嘧啶修饰的功能.采用CMC-引物延伸法证实:在粟酒裂殖酵母rRNA中,这4个预测位点确实为假尿嘧啶修饰核苷酸.Sp15-70和Sp18-61均由单拷贝基因编码,分别位于粟酒裂殖酵母染色体工和Ⅲ上蛋白质基因的间隔区,在其5'端上游均发现了典型的TATA box元件,表明它们都是独立转录的基因.比较分析这两个snoRNA在不同生物中的功能性同源分子,发现snoRNA基因在进化的过程中发生了广泛的分子重组和转位. 相似文献
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利用多种在线软件对本实验室克隆测序的南丰蜜橘(Citrus reticulata Blanco var.kinokuni(Tanaka)H.H.Hu)β-胡萝卜素羟化酶(chy,蛋白序列号CAL63739)的理化性质、亲水性、跨膜区及空间结构进行了预测.理化性质分析显示其含311个氨基酸分子量为34 785.4,pI值为9.03.该酶定位于类囊体膜上,TMpred跨膜分析显示它含有4个显著的跨膜螺旋区,这些区域与ProtScale预测的疏水区基本重叠.该酶二级结构以α-螺旋为主,且含多种磷酸化位点.结构域分析显示该酶含β-羟化酶家族的特征结构域PD095142(99~156aa)和PD011050(157~280aa).借助HHpred三级结构预测结果,分析了该酶的结构特征及可能的膜定位方式.本文为进一步研究该酶结构和功能的关系打下了基础. 相似文献
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核仁小分子RNA(snoRNA)是非编码RNA中研究得最多,了解得最详细的成员之一。依据snoRNA保守的序列和结构元件可将其分成三类:box C/D snoRNA,box H/ACA snoRNA以及MRP RNA。它们的主要功能分别为指导rRNA或snRNA中特异位点的2′-O-核糖甲基化修饰、假尿嘧啶化修饰或作为分子伴侣参与靶标RNA高级结构的形成。目前发现的snoRNA基因组织主要有四种形式:独立基因编码的snoRNA、内含子编码的snoRNA、多顺反子snoRNA基因簇和内含子编码的snoRNA基因簇。但是,并不是每种生物都具有这四种基因组织形式。大多数脊椎动物的snoRNA产生于蛋白质基因的内含子中,植物snoRNA基因多以基因簇的形式存在,大部分酵母snoRNA由独立基因编码,锥体虫snoRNA以多顺反子形式存在,果蝇snoRNA基因都位于宿主基因的内含子中。随着对snoRNA研究工作的不断深入,snoRNA基因组织形式也呈现出前所未有的复杂性和多样性。 相似文献
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用硫酸二甲酯诱变解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)野生型菌株,获得了不能在油酸作惟一碳源的培养基上生长的突变株.通过功能互补突变株在含油酸的培养基上的生长,从解脂耶氏酵母基因组文库中克隆了一个基因.同源性比较发现,该基因产物与广泛分布于各种生物体中的亲环素类的肽基脯氨酰顺反异构酶(PPI)有较高的同源性,因此将该基因命名为yPPI.电子显微镜下观察发现,yPPI基因突变株发生了一系列明显的结构变化,在其细胞核的周围出现了许多膜系结构,且细胞内没有过氧化物酶体.免疫荧光分析表明,yPPI基因突变细胞的过氧化物酶体基质蛋白能够正常地合成,但它们不是定位于过氧化物酶体内,而是均匀地分布于细胞质中.这些结果表明yPPI的存在与过氧化物体的形成和过氧化物酶体基质蛋白的正确定位有着密切的关系,证明了亲环素类肽基脯氨酰顺反异构酶对过氧化物酶体的生物合成作用. 相似文献
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以改进CTAB法抽提的中国特有濒危植物穗花杉嫩叶总DNA为模板,进行随机扩增多态性DNA(RAPD)最佳条件优化,结果表明:RAPD分析最佳反应体系为10×Buffer缓冲液2μL,模板70ng,Mg2+2.0mmol/L,dNTPs0.2mmol/L,引物0.60μmol/L,Taq酶1.5U,PCR反应体积为20μL.最佳扩增程序为94℃5min,1个循环;94℃1min、37℃1min、72℃2min,40个循环;72℃10min,1个循环. 相似文献