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P-TEFb结构中与Tat蛋白的结合位点是新型抗HIV-1药物设计和虚拟筛选的重要靶标.对含有两个锌指结构的Tat.P-TEFb复合物体系进行了14ns的分子动力学模拟,应用MM-PBSA/GBSA方法计算体系的结合自由能,以及通过基于氨基酸残基的能量分解来探究体系中蛋白质之间的相互作用.结果表明范德华作用能是复合物形成的主要驱动力,Cys261与ZN88之间的配位作用是结合自由能的最大贡献者.根据Tat.P-TEFb体系的动力学结构信息和残基能量分解结果预测了P-TEFb结构中可能的活性位点.位点Ⅰ和位点Ⅱ应可作为基于受体三维结构的抗HIV-1药物分子设计的起始位点.模拟计算的结果可以为进一步指导药物设计奠定基础. 相似文献
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提出了改进的变步长差分法,用于求解固定床反应器作周期性流向切换操作时的温度分布和浓度分布。该方法能根据分布曲线的形状合理分布网格点,并在曲线迁移时自动调整格点分布,从而使格点数显著减少,计算时间大幅度下降。本方法用抛物线分段近似偏微分方程,使之成为三对角矩阵,简化了计算,便于求解。用SO_2氧化反应实验对算法作了验证。 相似文献
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张瑞生 《温州大学学报(自然科学版)》2005,26(2):55-58
介绍了偏振模色散成为光通信领域研究热点的技术背景;重点介绍了偏振模色散的成因、偏振模色散的定义及偏振模色散的偏振主态模型;详细讨论了偏振模色散沿光纤的演化理论. 相似文献
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针对反应产物是最轻或最重组分的可逆反应系统,塔的馏出物仅仅是产物,成为单端出料的全回流催化精馏塔,将该类过程的模拟计算简化为初值问题,提出了快速有效的求解方法。假定转化率,根据全塔物料衡算及化学反应计量方程,确定塔出料端的组成,模型方程就成为边值已知的一组微分方程,可用数值积分法求解。本文提出的操作型计算方法是转化率的单变量迭代过程,用Newton迭代法达到快速收敛。对于设计型计算,转化率是给定的,可直接用积分求解,得到所需催化填料和惰性填料的高度,大大缩短了计算时间。对实际工业系统进行了计算,并作了实验验证,获得了满意的结果。 相似文献
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针对计算化学中异构数据库、大型仪器设备和软件资源的共享问题,提出了基于CGSP的计算化学e-Science(简称e-Chemistry)科研支撑平台的总体架构.CGSP的功能性、可扩展性、健壮性和实用性等性质都为e-Chemistry支撑平台的建立提供可能.e-Chemistry支撑平台将会为化学家提供一个计算化学资源共享和学术交流的虚拟环境,有利于开展e-Science在计算化学领域的应用研究.此研究工作有望填补我国计算化学e-Science研究的空白,具有较好的示范应用和应用前景. 相似文献
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水利工程如泵站厂房、河川大坝等大量应用混凝土的工程,经常会出现少量蜂窝、狗洞及一些裂缝,经过长期的观察并翻阅了大量关于混凝土方面的资料以后,对工程中出现的问题有了更多的了解,据此对混凝土裂缝的产生原因及修补措施提出了一些见解和建议。 相似文献
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基于网格服务发现模型实现在网格中管理各种资源和实现复杂查询,通过讨论网格的资源特点和相关的查询要求,以分布式哈希表为基础架构,利用不同的P2P资源发现技术,在网格中环境解决发现多个资源,并支持动态资源定位和实现资源任意查询。 相似文献
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构建55个药物分子与其血脑屏障通透性(logB)之间的定量结构-性质关系模型,探讨影响药物血脑屏障通透性的结构因素.应用CODESSA软件计算55个化合物的组成、拓扑、几何、静电和量子化学等结构参数,通过启发式方法筛选得到最佳的结构参数,并建立线性回归模型;用所选的4个结构参数作为支持向量机的输入,建立非线性的支持向量机回归模型.预测结果表明:支持向量机回归模型性能(R2=0.89,MSE=0.06)要优于启发式回归模型的性能(R2=0.82,MSE=0.11).描述符HASA2,NO,FPSA3和E(CH)都是影响logB的主要结构因素.支持向量机模型简单快速,在药物设计中可以用来预测候选药物的logB值. 相似文献
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