天然胰岛素及其突变二聚体对盐浓度和pH值的依赖性

基于形式电荷（formal charge）参数设置,用有限差分泊松－玻尔兹曼方法（FDPB）来预测蛋白质结构的稳定性,以人的2Zn天然胰岛素及其速效突变体B9D（B9Ser→Asp）,B9E（B9Ser→Glu）,B9EB10D（B9Ser→Glu,B10His→Asp）和B10D（B10His→Asp）为研究对象,研究了溶液中不同pH值及盐离子浓度对天然胰岛素和突变体稳定性的影响,阐明了这些突变体具有速效特性的结构和理论基础。计算结果与实验相吻合。     

边界元法与广义Langevin动力学相结合的模拟方法

提出了将水化力加到广义Ｌａｎｇｅｖｉｎ方程中的新的模拟方法（ＧＬＤＢＥＭ）。水化力通过边界元方法（ＢＥＭ）求出,包括溶质分子与表面诱导电荷的Ｃｏｕｌｏｍｂ相互作用和溶剂对分子表面的压力,摩擦记忆函数采用指数模型。以环苞霉素Ａ（ＣＰＡ）为研究对象,并将ＧＬＤＢＥＭ模拟结果与分子动力学（ＭＤ）模拟和通常的随机动力学（ＳＤ）模拟结果作了比较。结果表明ＧＬＤＢＥＭ模拟方法对研究分子的结构和动力学性质均比Ｓ     

双极器件LPNP辐照损伤效应的并行有限元数值模拟

在基于漂移扩散模型的半导体器件仿真模拟中,采用Zlamal有限元方法进行数值离散,结合提出的电离损伤耦合模型,对横向PNP(LPNP)双极晶体管(BJT,bipolarjunction transistors)的电离损伤效应进行模拟。基于三维并行自适应有限元软件平台PHG(Parallel Hierarchical Grid)实现了模型和算法,并通过数值计算的方式成功模拟出了LPNP受电离辐射影响后出现的基极电流增大及电流增益退化的现象。进行了网格规模达1亿单元、并行规模达1024进程的大规模数值实验,展示了算法良好的并行可扩展性。