基于环境DNA的合浦榄根村退化红树林底栖动物多样性的研究

本研究基于环境DNA研究合浦榄根村红树林底栖生物的多样性和生物量,探究因海岸工程造成红树林退化后的底栖生物的变化。实验设置死亡红树林、严重退化红树林（以上合称退化红树林）、尚存活红树林以及对照组红树林4种样地,提取红树林沉积物环境总DNA,并设计特异性引物,利用荧光定量PCR法比较优势物种的相对生物量差异;高通量测序后通过生物信息学分析各样地的物种组成结构。定量实验结果显示,退化红树林中两种甲壳类动物生物量相对较低,两种贝类的生物量在各样地没有显著差异。基于高通量测序的环境DNA揭示死亡红树林、严重退化红树林、尚存活红树林以及对照组红树林的群落结构、优势物种存在差异;退化红树林中,软体动物门丰度减少,环节动物门和刺胞动物门增多。聚类结果显示,尚存活红树林与对照组红树林的群落结构相关性最近,随后是严重退化红树林,死亡红树林的相关性最远。本研究结果反映海岸工程造成退化红树林中底栖动物生物多样性和生物量均产生了变化,同时证明环境DNA是研究红树林大型底栖动物生物多样性和生物量变化的有效手段。     

不同分子量PVP对PCR扩增反应效率的影响

以人为设计的110bp单链DNA为模板,研究不同分子量聚乙烯基吡咯烷酮(Polyvinyl-pyrrolidone,PVP)对聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的影响。实验结果表明:0.5%的PVP K-30、PVP 8000、PVP 58000和PVP 630000均可显著提高PCR效率,并且这4种化合物提高PCR效率的能力,依次为PVP 630000>PVP 58000>PVP K-30和PVP 8000;然而,在相同浓度时,PVP K-40却显著抑制PCR扩增反应;另外,溶解曲线的实验结果显示,0.5%PVP 630000可显著降低PCR产物的Tm值,表明PVP 630000可通过与DNA相互作用,降低DNA结构稳定性,使得模板更易在PCR的变性阶段解链,最终提高PCR效率。上述研究结果表明,不同分子量的PVP对PCR扩增效率的影响不同,与其分子量大小密切相关。     

p53-dependent upregulation of PIG3 transcription by γ-ray irradiation and its interaction with KAP1 in responding to DNA damage

PIG3 (p53-inducible gene 3), originally identified as one of a set of genes induced by p53 before the onset of apoptosis, was assumed to contribute to early cellular response to DNA damage. Here, we studied the relation between p53 status and the increased expression of PIG3 by ionizing radiation (IR), and the related clues regarding the involvement of PIG3 in the cellular response to IR-induced DNA damage signaling. We demonstrated that the pentanucleotide microsatellite sequence was responsible for the p5...     

穿膜肽TAT-PTD的固相合成及其与DNA相互作用的研究

通过N-芴甲氧羰基(N-fluorenylmethoxycarbonyl,Fmoc)作为α-氨基的保护基,以逐个延伸的固相合成法合成TAT-PTD多肽,运用高效液相色谱和质谱鉴定合成多肽的纯度和相对分子质量。通过紫外吸收光谱和琼脂糖凝胶电泳阻滞实验研究合成的TAT-PTD多肽与质粒DNA相互作用,实验表明TAT-PTD多肽与质粒DNA可以通过静电作用相互吸引、靠近并结合,于是为下一步小单孢菌基因工程的细胞转导提供了依据。     

硫堇/聚2,6-吡啶二甲醛膜电极检测DNA及其损伤

在玻碳电极上电聚合2,6-吡啶二甲醛,再共价键合硫堇至聚2,6-吡啶二甲醛膜的表面上制备成修饰电极.用电化学交流阻抗表征了该修饰电极的制备过程.以差示脉冲伏安法研究了该修饰电极对鲱鱼精DNA的作用,发现该修饰电极对dsDNA具有选择性的伏安响应.在优化的实验条件下,修饰电极氧化峰电流与dsDNA浓度的对数在0.10～100mg/L范围内呈现良好的线性关系,检测限为0.06mg/L.将该修饰电极用于检测鲱鱼精DNA的化学损伤,其峰电流与DNA的损伤程度成正比.该修饰电极制备简单、检测快速,5支电极间相对标准偏差小于4.83%.     

一种希夫碱铜配合物与DNA相互作用的研究

设计合成一种希夫碱2-氨基-5-巯基-1,3,4-噻二唑水杨亚胺(L)及其铜的配合物Cu(L),运用红外、紫外、元素分析等方法对其结构进行表征.同时在pH=7.5的三羟甲基氨基甲烷-盐酸缓冲溶液(Tris-HCl)中用荧光光谱法研究了该配合物Cu(L)与DNA的相互作用,结果发现配合物Cu(L)与DNA的作用模式是插入式模式,测得Cu(L)与DNA的结合常数为K=2.0×104mol.L-1,线性相关系数r=0.999 5,并且还用不同的离子强度和不同的浓度[Fe(CN)6]4-对Cu(L)配合物与DNA体系的荧光光谱的影响情况进行研究,从而进一步论证了其相互作用模式是插入式.     

一种基于Propidium Monoazide与PCR结合的选择性检测细菌活细胞的方法

建立了一种PMA与PCR结合的细菌活细胞检测的方法,可有效抑制微生物死细胞DNA的PCR扩增,从而排除死细胞对微生物活细胞检测的影响．结果表明,PMA浓度大于3 μg/ml时可抑制死细胞DNA的PCR扩增,PMA浓度高达50 μg/ml时仍不影响活细胞DNA的PCR扩增;并且得出曝光时间大于3 min可使PMA与死细胞DNA分子共价交联,抑制其PCR扩增;浊度影响PMA交联的结果表明浊度小于10 NTU时,PMA仍能有效地抑制死细胞DNA的PCR扩增,而当浊度大于100 NTU时,PMA失去效果．     

电渗流对DNA穿越纳米孔的影响

控制在电场驱动下的脱氧核糖核酸(DNA)穿越纳米孔的过程有利于实现低成本基因测序.DNA表面的反离子在电场驱动下与DNA反方向运动,形成对DNA的电渗流阻力.该文用力学原理研究电渗流对DNA穿越纳米孔的影响,并用分子动力学模拟的方法验证了理论结果.最后在理论和数字模拟的基础上,提出了控制DNA穿越速度的方法.     

分子生物学方法在木霉菌分类研究中的应用

木霉是一类常见的生防真菌,具有重要的科研价值和广阔的应用前景。对木霉进行准确的分类鉴定具有重要的意义。传统的形态学特征分类方法受条件所制约还存在着一些不足。近年来,随着分子生物学技术的不断发展和广泛应用,人们已经将其与形态学分类方法相结合用于解决木霉属的分类和系统进化,并在木霉鉴定方面获得了巨大的成功。本文综述了包括随机扩增多态性DNA(RAPD)、通用引物PCR(UP-PCR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、ITS序列分析等在内的多种分子生物学技术在木霉鉴定与多样性分析中的应用;此外,我们还在研究中发现了一种新的分子系统发育标记——木霉植酸酶基因,为木霉的分类鉴定提供了新的参考。     

DNA微阵列方法与应用

本文系统扼要介绍了DNA微阵列的技术方法和应用。包括DNA微阵列的制造原理、杂交和检测的方法,数据结果分析方法,DNA微阵列应用范围,优缺点和发展趋势。