Screening and denitrification characteristics of a slight halophilic heterotrophic nitrobacteria

A slight halophilic heterotrophic nitrobacteria named gs1 was separated from the matured activated sludge. According to the morphological observation,physiological biochemical tests and sequence analysis of the 16S rDNA,strain gs1 was identified to be as Pseudomonas sp. Sodium acetate and ammonium chloride were used as carbon and nitrogen sources,respectively,to investi-gate the characteristics of the bacterium. When cultured for 24 h under aerobic conditions,with the removal rates of the NH4+-N and COD being 82.2% and 74.73%,respectively,strain gs1 will have a nitrification function of producing NO2--N. When cultured for 24 h under aerobic conditions in nitrite medium,the removal rate of the NO2--N became 100%,and when cultured for 24 h under aerobic conditions in nitrate medium,the removal rate of the NO3--N became 97%. The result shows that this strain functions for either nitrification or denitrification,i.e.,it can complete the full process of biological deoxidation.     

PCR-DGGE解析好氧-沉淀-厌氧工艺微生物群落多样性

为研究好氧-沉淀-厌氧(OSA)污泥减量工艺微生物群落结构和多样性,以及运行条件对微生物群落的影响,使用16S rDNA的PCR-DG-DGGE图谱分析方法结合条带割胶回收DNA序列比对,对OSA工艺微生物群落特征进行分析。DG-DGGE图谱聚类分析和多样性指数分析表明,OSA工艺微生物群落多样性比传统活性污泥工艺更加丰富。增加Ns和提高废水水质的复杂性,都能使Shannon指数略有提高,微生物多样性增加,但优势微生物种群基本不受影响。DG-DGGE图谱中优势条带序列分析表明,OSA工艺中的回收到的11个优势菌与α-proteobacte-ria,β-proteobacteria,CFB-group bacteria种属的微生物有很近的亲缘关系,β-proteobacteria约占63.6%。其中6个优势菌与强化生物除磷系统、反硝化系统中出现的微生物同源性非常高,证实了在OSA系统中存在的慢速生长微生物-反硝化菌和聚磷菌。     

基于二次打断IPed DNA片段ChIP-Seq的模拟分析

ChIP-Seq是在全基因组水平上研究活体细胞中蛋白质和DNA相互作用谱的有效手段.近年来,随着高通量短序列DNA测序技术的快速发展,研究基于新一代DNA测序方法的ChIP-Seq分析算法已经成为热点之一.然而,目前报道的分析方法主要是基于对免疫共沉淀获得的DNA片段进行片段大小选择后的ChIP-Seq数据,也就是主要针对Solexa系统获得的数据进行分析的算法.SOLiD系统是目前测序通量最高的新一代DNA测序系统.在SOLiD系统的DNA测序文库制备过程中,采用对免疫共沉淀获得的DNA片段进行二次超声打断可以满足ePCR对序列长度的要求,因此SOLiD测序文库中的DNA测序片段较短.到目前为止,基于SOLiD系统测序特点的ChIP-Seq研究很少报道.本文旨在研究测序文库中DNA片段的长度对ChIP-Seq分析的影响.通过真实的ChIP-seq数据和模拟产生的ChIP-Seq数据,对目前3种主要的ChIP-Seq分析方法(CisGenome,SISSRs以及MACS)的特点进行研究.有报道表明来自Solexa系统的ChIP-Seq数据局部有明显的正负链双峰特征,而通过对真实的来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征的挖掘,我们发现单个峰局部无明显的正负链双峰特征,并且峰的局部的序列分布大部分符合正态分布.基于这些特征,我们模拟了两个不同测序平台的ChIP-Seq实验.在控制了模拟实验的可比性后,我们发现当前基于Solexa文库制备方案的ChIP-Seq数据发展的算法,并不能有效地捕获来自SOLiD系统的ChIP-Seq数据特征.我们的研究还表明,误用ChIP-seq软件可能是导致部分SOLiD的ChIP-seq实验失败的原因.因此,需要开发一种新的基于二次打断IPedDNA片段的ChIP-Seq分析策略.     

基因组学和生命科学新世纪

正2013年是全球纪念人类基因组计划正式完成10周年和DNA双螺旋结构的发现60周年。由人类基因组计划完成作为标志的新世纪不仅是生命科学世纪,而且开创了基因组学研究的新时代。20多年前,人类基因组计划(Human Genome Project,HGP)被认为是"不可能完成的任务"。有人称:"我们永远不可能知道人类基因组序列……我可以保证,300年内不可能知道!"但是经过包括中国在内的全世界科学家十多年的工作,我们现在可以自豪地说,我们共同努力完成了这     

Chinese scientist led the first international pear genome sequencing project to decipher the genetic code

Led by Prof. Zhang Shaoling of Nanjing Agricultural University, the International Pear Genome Pro- ject supported by NSFC completed the first fine mapping of pear genome in May, 2012. The results were recently published in the international authoritative journal of Genome Research （2013, 23：396--408）, en- titled ＂The genome of pear＂.     

新生儿基因测序的双重考验

通过一项耗资2500万美元的项目,数百个美国婴儿将成为基因组医学领域的“先锋者”。科学家们会在这些婴儿出生后不久立刻为他们测序基因。基因组测序和新生儿疾病筛查研究项目的支持者公开表示,对于那些在孩子一出生便想了解其全面基因构成以及整个童年时期情况的父母而言,相关项目将测试它到底多有用以及是否合乎伦殚。     

科学需要创新

这一次,美国人又创新了一把。首次把商业飞船引入了空间发射的新时代;无独有偶,把全球最大射电望远镜分别建在两个国家尽管是一种妥协,但从某种意义上而言,也不失为一种创新,一项尝试。[JP3]在科学研究的道路上,一旦遇到此路不通,不妨动动脑筋,给科学也做个“搭桥手术”,或许一切就会迎刃而解,达到“柳暗花明又一村”的效果。     

一株拮抗芽孢杆菌的分离鉴定及其β-1,4-葡聚糖酶基因的克隆

 植物真菌病害是影响农业生产的主要因素之一,连作栽培导致病害逐年加重,为获得能够抑制病原真菌的生防菌以解决真菌病害防治难题,通过平板对峙实验及分子鉴定、抑菌活性物质分析、葡聚糖酶基因克隆及分析,获得一株对多种植物病原真菌具有显著抑制作用的芽孢杆菌,菌株编号为L103。16S rDNA及看家基因序列分析表明,该菌株为巨大芽孢杆菌,羧甲基纤维素钠平板筛选及刚果红染色实验发现该菌具有很强的产纤维素酶(CMC酶)的能力,根据GenBank中巨大芽孢杆菌内切葡聚糖酶基因(HM130670.1)序列设计引物,将扩增得到的1482bp大小的片段克隆到载体pMD18-T上,测序并通过GenBank数据库BLAST分析显示该序列与一株Bacillus sp. HB102的内切β-1,4-葡聚糖酶基因序列一致性达到95%,而与Bacillus subtilis的β-1,4-内切葡聚糖酶基因一致性为85%,进一步分析该菌株产生的抗病活性物质并对其进行改良将为该菌在今后的真菌病害防治应用中提供理论基础。     

二倍体棉花雷蒙德氏棉的基因组草图

中国农业科学院棉花研究所棉花生物学国家重点实验室喻树迅研究组、华大基因研究院王俊研究组和北京大学蛋白质工程与植物基因工程国家重点实验室朱玉贤研究组等合作,完成对二倍体棉花雷蒙德氏棉基因组测序,并组装出其基因组草图。超过73%的组装序列被锚定在雷蒙德氏棉的13条染色体上。基因组包括了40976个蛋白质编码基因,其中92.2%得到了转录组学数据的证实。     

丹江口水库上下游古菌优势菌群落结构特征分析

采用16S rRNA Illumina Miseq高通量测序技术, 分析丹江口水库库区及汉江下游古菌物种组成, 并对大坝上、下游水体与沉积物中占优势的氨氧化古菌(Ammonia-oxidizing archaea, AOA)和产甲烷古菌(Methanogenic archaea)群落结构进行分析。结果表明, 优势种群落结构组成受到水体与沉积物样本差异的影响, 可由氨氧化古菌的好氧特性与产甲烷古菌的厌氧特性合理地解释。网络图分析表明, 丹江口水库上游氨氧化古菌与产甲烷古菌具有显著的相关关系。受丹江口水库运行的影响, 大坝下游水体及沉积物中氨氧化古菌丰度皆比大坝上游少, 而沉积物中产甲烷古菌丰度较高, 二者间相关性不明显。