胜利油田水驱油藏内源微生物群落结构及分布规律

根据胜利油田的油藏特点,在温度(55 ～ 91℃)、矿化度(3 000～20 000 mg/L)及渗透率((207～6900) ×10-3 μm2)等油藏条件下,利用16S rDNA克隆测序技术研究了10个水驱油藏的内源微生物种群及分布规律.结果显示,油藏内源微生物由种类丰富的细菌和古菌组成.其中,细菌以变形杆菌门为主(其中Gammaproteobacteria数量占总菌数的41.4％,Betaproteobacteria数量占总菌数的25.0％),共计114个属;另外,古菌共计14个属.整体上涵盖了烃降解、产生物表面活性物质、产甲烷等多种驱油功能微生物,其中,石油烃降解菌Achromobacter、Arcobacter几乎分布于所有研究区块.群落结构受到油藏温度、矿化度、渗透率、水驱时间等因素的影响.较高温度的油藏中古菌种类以及细菌中Thermus、Thermincola、Thermanaeromonas等嗜热菌含量均显著提升.其中:90℃油藏的嗜热细菌数量占总菌数的23％,并出现了极端嗜热古菌Geoglobus;矿化度10 000 mg/L以上的区块,耐盐菌数量占总菌数的30％左右,约为该矿化度以下油藏的2倍,而较高矿化度下的严格厌氧、反硝化等代谢形式未形成优势;油藏渗透率提高和水驱时间的延长会显著提高微生物多样性,种属数量增幅可达1倍以上.以上结果表明:研究的各水驱油藏普遍具有实施内源微生物驱油的生物基础;不同的油藏环境导致微生物群落结构存在明显差异,微生物驱油的激活配方及注入工艺需进行针对性的设计和优化.     

高粱全基因组测序完成

由澳大利亚昆士兰大学、华大基因等单位的科学家对高梁进行了全基因组测序及分析,发现高梁基因组中存在大量的遗传变异,为高梁及其它粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源。8月28日,最新研究结果在《自然·通讯》杂志上发表。     

禽类多瘤病毒APV-1的cDNA病毒突变体构建

为进一步研究禽类多瘤病毒晚期基因多顺反子翻译调控的分子机制,设计和构建了与野生型病毒APV-1相同的在AUG位点有agno-1a突变区和7个插入氨基酸的新型重组病毒.用碱裂解法提取了APV-1 cDNA克隆pHL1003,全长线性目的片段由Acc I部分酶切后回收,再用T4连接酶将合成的agno插入片段磷酸化后与目的片段连接得到了重组质粒,最后转化至E.coli DH10b感受态细胞中筛选阳性克隆.经PCR,PAGE和DNA测序验证获得了APV-1突变cDNA克隆.     

一株鸭源恶臭假单胞菌16S rDNA的序列测定与分析

从病鸭翅静脉无菌采集抗凝血,直接镜检和姬姆萨染色镜检,微生物感染呈阳性．从血液中分离出该微生物,用细菌16SrDNA通用引物扩增出约1500bp的条带,经DNA测序得到一条长1499bp的16SrDNA序列,与GeneBank已提交的序列进行BLAST相似性搜索表明该微生物应归属于假单胞菌属（Pseudomonas）,并用DNAStar进行同源性分析并构建系统进化树,显示与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）同源性最近,首次发现恶臭假单胞菌可能感染家鸭．     

柑橘小叶病植原体的分子检测及鉴定

对自然表现小叶的柑橘植株,利用植原体16S rRNA基因通用引物进行巢式PCR检测,得到1.2 kb的特异片段,证明此感病植株是由植原体引起.将此特异片段与pGEM-T Easy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定、序列测定及同源性比较分析,结果表明此株系与属于16SrI-B亚组的苜蓿丛枝植原体株系(Lucerne witches′-broom phytoplasma strain,LuWB)同源率达98.88%,故认为该植原体株系属植原体16SrI-B亚组中的成员.     

核糖体DNA内转录间隔区序列标记在寄生虫学中的应用

目的：介绍核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）序列的结构特征和在寄生虫学研究应用中的最新研究进展。方法：检索有关文献进行综合分析。结果：rDNA ITS1和ITS2序列为寄生虫的鉴定提供了非常有价值的遗传标记。结论：核糖体DNA上的ITS域序列的进化速度较其它区域快,具有高变异性,可以从中获得大量的遗传信息,已成为在种和亚种水平上对寄生虫进行分类鉴定的有效手段。     

3株果实采后葡萄孢属真菌ITS区rDNA序列与碳源代谢指纹图谱分析

从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区rDNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#与366#在一个大的分支上,而菌株233#在一个分支上。菌株138#鉴定结果与Botrytis cinerea (KJ937044.1)在同一分支上亲缘性达100%,且与366#亲缘性达99%;菌株233#鉴定结果与Botrytis elliptica(EU519207.1) 在同一分支上且亲缘性达100%。95种碳源代谢指纹图谱分析的结果表明,3株葡萄孢属病原菌对吐温80、N-乙酰-D-半乳糖胺、N-乙酰-D-葡萄糖胺和苦杏仁苷等67种碳源的代谢能力相同,包括56种最适碳源、1种可利用碳源和10种不可利用碳源,Biolog系统中鉴定出3株丝状真菌均与B. cinerea Pers.BGA相近,其中菌株233#与B. cinerea的代谢指纹图谱最为相近。     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

Mining rice new germplasm containing S5n gene by functional molecular marker and sequencing

Inter-subspecific hybrids between indica and japonica varieties yield strong biological heterosis, but it is difficult to utilize the hybrids directly in commercial production due to sterility of F1. A special gene S5^n may overcome the hybrids sterility, which is caused by the interaction between S5 loci. Recently, S5^n had been cloned, and it was revealed containing a large DNA deletion sequence that made the gene nonfunctional, compared to S5^i or S5^j. We designed a pair of primers flanking the deletion sequence of Ssn, and then applied to distinguish the varieties with S5^n or non-S5^n, convincing result suggested that the primers could be served as functional molecular marker to efficiently identify the new germplasm with S5^n, Using the functional marker, we surveyed 197 varieties from China National Micro-core Rice Collection, and found ten of which represented S5^n including following varieties： Haobuka, Sanbangqishiluo, Mubanggu, Xiaohonggu, Mowanggu＇neiza, Laozaogu, Fanhaopi, Feie＇nu02, Baoxie-7B, Teqingxuanhui. Among them, two varieties Sanbangqishiluo and Laozaogu was previously reported to contain S5^n gene. Further sequence analysis on the DNA sequence covering both sides of deletion in S5^n of the 10 varieties confirmed that the detected sequences in above varieties was identical with those of varieties containing S5^n, such as 02428 and Linglun. These results suggested that the gene in S5 locus of the ten varieties was also nonfunctional and it proved the presence of S5^n gene.     

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。