一支产纤维素酶菌株的鉴定及产酶特性初步研究

本文对从皖南地区采集的森林腐木样本中,筛选获得TZT-01菌株进行鉴定.通过培养,观察菌落和个体染色形态,对其进行16SrDNA序列同源性分析,鉴定为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis sp.）.对添加诱导物产纤维素酶的特性进行初步研究.     

3株果实采后葡萄孢属真菌ITS区rDNA序列与碳源代谢指纹图谱分析

从采后贮藏过程中发病的草莓、蓝莓和樱桃果实中分离到3株丝状真菌138#、233#和366#。综合形态学特征观察与ITS区rDNA序列分析结果,可确定3株真菌均为葡萄孢属病原菌(Botrytis)。分子鉴定进化树和碳源代谢聚类分析结果,都得到菌株138#与366#在一个大的分支上,而菌株233#在一个分支上。菌株138#鉴定结果与Botrytis cinerea (KJ937044.1)在同一分支上亲缘性达100%,且与366#亲缘性达99%;菌株233#鉴定结果与Botrytis elliptica(EU519207.1) 在同一分支上且亲缘性达100%。95种碳源代谢指纹图谱分析的结果表明,3株葡萄孢属病原菌对吐温80、N-乙酰-D-半乳糖胺、N-乙酰-D-葡萄糖胺和苦杏仁苷等67种碳源的代谢能力相同,包括56种最适碳源、1种可利用碳源和10种不可利用碳源,Biolog系统中鉴定出3株丝状真菌均与B. cinerea Pers.BGA相近,其中菌株233#与B. cinerea的代谢指纹图谱最为相近。     

高良姜与混淆品rDNA ITS序列的分析与鉴别

用PCR直接测序法测定和分析不同产地野生和种植品种的高良姜(Alpinia officinarum Hance),以及山姜（A. japonica（Thunb.） Miq.）、华山姜（A. chinensis (Retz.) Rosc.）和大高良姜(A. galanga (L.) Willd )等三种混淆品的rDNA ITS区序列,为高良姜种质资源研究和真伪鉴别提供分子数据。经测序、比对和排序得到812bp序列,包括18S3’端部分序列,ITS1、5.8S、ITS2全部序列和26S5’端部分序列。序列分析结果显示,高良姜种内序列高度一致,同源性达100%,测序结果中发现杂合位点,而广西样品杂合位点的两个碱基各占的比例与其它地方样品的不同,显示了高良姜种内rDNA ITS序列的细微差异。高良姜和混淆品的812bp序列中共有61个变异位点,60个是信息位点,同源性达96.32%,其中ITS1和ITS2中的11个位点在高良姜和混淆品中差别明显,可以鉴别高良姜和混淆品,因此rDNA ITS序列是高良姜真伪辨别的有效标记。基于DNA序列的高良姜和混淆品的系统分类结果与形态学的分类结果不完全一致,有待进一步的研究探讨。     

基于rDNA ITS序列的何首乌PCR-RFLP分子鉴别

为建立何首乌(Fallopia multiflora)DNA分子鉴别技术,对何首乌及其常见混淆品的rDNA ITS（核糖体DNA内转录间隔区）序列进行了扩增和测序,运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果表明：何首乌与毛脉蓼（F. multiflora var.cilliinervis）、翼蓼（Pteroxygonum giraldii）及耳叶牛皮消（Cynanchum auriculatum）在ITS1区的差异率分别为6.9%、18.1%、42.0%,在ITS2 区的差异率分别为10.0%、19.4%、43.9%,而何首乌种内各居群间ITS1 和ITS2 区的差异分别为0%～2.13% 和0%～1.03%．进一步利用premer premier 5 找出了一个位于ITS2间区的何首乌特征性NsbI酶切位点,将何首乌rDNA ITS 序列PCR扩增产物用NsbI酶切后可得到得一个含约531 bp和109bp的二片段PCR－RFLP图谱, 而其混淆品rDNA ITS 序列PCR扩增产物不能被NsbI酶切,图谱呈单一条带.建立的PCR－RFLP方法简单易行,可用于何首乌原植物的鉴别．     

Subtyping of type A influenza by sequencing the variable regions of HA gene specifically amplified with RT-PCR

The outbreak of a novel influenza A （H1N1） virus across the globe poses a threat to human health. It is of paramount importance to develop a rapid, reliable and inexpensive diagnostic procedure. Based on the bioinformatic information from public database, primers specific for influenza A virus surface protein haemagglutinin （HA） of several subtypes （including H1, H2, H3, H5, H7 and H9） were designed. Primer-specific PCR products were subiected to sequencing for accurately distinguishing H1 and H3 subtypes from others. This sequencing-based detection method will not only be applied to rapid detection and simultaneous subtype identification of new influenza A virus H1N1, but also provide the strategies to monitor other new types of influenza virus with explosive potential.     

Mining rice new germplasm containing S5n gene by functional molecular marker and sequencing

Inter-subspecific hybrids between indica and japonica varieties yield strong biological heterosis, but it is difficult to utilize the hybrids directly in commercial production due to sterility of F1. A special gene S5^n may overcome the hybrids sterility, which is caused by the interaction between S5 loci. Recently, S5^n had been cloned, and it was revealed containing a large DNA deletion sequence that made the gene nonfunctional, compared to S5^i or S5^j. We designed a pair of primers flanking the deletion sequence of Ssn, and then applied to distinguish the varieties with S5^n or non-S5^n, convincing result suggested that the primers could be served as functional molecular marker to efficiently identify the new germplasm with S5^n, Using the functional marker, we surveyed 197 varieties from China National Micro-core Rice Collection, and found ten of which represented S5^n including following varieties： Haobuka, Sanbangqishiluo, Mubanggu, Xiaohonggu, Mowanggu＇neiza, Laozaogu, Fanhaopi, Feie＇nu02, Baoxie-7B, Teqingxuanhui. Among them, two varieties Sanbangqishiluo and Laozaogu was previously reported to contain S5^n gene. Further sequence analysis on the DNA sequence covering both sides of deletion in S5^n of the 10 varieties confirmed that the detected sequences in above varieties was identical with those of varieties containing S5^n, such as 02428 and Linglun. These results suggested that the gene in S5 locus of the ten varieties was also nonfunctional and it proved the presence of S5^n gene.     

基于多重长PCR靶向捕获测序技术的高同源SNP鉴定

为建立一种高同源区段的单核苷酸多态性(SNP)基因分型技术,通过构建本地Blast对SNP所在的200和400 bp区段进行同源性评估,并筛选出高同源区段的SNP。利用第一轮多重长PCR(polymerase chain reaction)捕获329个样本的9个高同源区段SNP所在的长片段,使用纯化后的第一轮PCR产物作为模板进行扩增子建库测序,检测样本共得2 928个SNP位点信息,测序成功率高达98.885 6%。利用Hardy-Weinberg(HWE)法则计算试验研究的9个高同源区段SNP位点的基因频率(p值均大于0.05,符合HWE法则),并与NCBI(national center for biotechnology information)中千人基因组数据库中获取的基因频率相比对,发现二者单碱基基因频率一致(误差限<0.15)。研究表明,利用多重长PCR靶向捕获技术结合二代测序技术为高同源区段的SNP分型提供一个准确、快速、大样本检测方案。     

神经退行性致病蛋白分子的化学生物学

人类基因测序工程的完成,启动了对生命本质的认识,也标志着大规模研究蛋白质生物学时代的到来。人类基因组测序工程尚不能在蛋白分子水平解释和解决疾病的发病机制,因而无法通过灵活主动地发展和有效利用基因技术来治疗遗传性疾病和控制衰老等。最近在脑神经退行性疾病研究中提出的“蛋白质化学病变”之观点,将化学生物学方法与物理有机化学相结合,可能为人类基因组测序工程后的蛋白质组学研究和破译各种基因的功能提供有效的新手段,从而为揭示从基因、蛋白到生命和疾病的关系,提供新的研究思路和途径。     

大肠杆菌甜菜碱醛脱氢酶基因的测序及对烟草的转化

对利用聚合酶链式反应所克隆的大肠杆菌ｂｅｔＢ基因进行了序列测定,结果证实获得了该基因的克隆ｐＸＹ０１,ｐＸＹ０５以及亚克隆ｐＸＹ１１。将该基因置于ＣａＭＶ３５Ｓ启动子调控下,导入根癌农杆菌ＬＢＡ４４０４中,叶盘法转化烟草,在含卡那霉素的选择培养基上筛选抗性芽,并进一步诱导小植株的再生。利用ＰＣＲ技术检测基因整合到烟草基因组中。     

中国基因之梦

几代科学家的基因之梦,一波三折,终成现实北京中关村,伫立着一座金光闪闪的现代雕塑——DNA(脱氧核糖核酸)双螺旋模型,仿佛昭示着中国人对破解生命之谜的憧憬、渴望与历史追求。可是,对于中国科学家来说,基因曾经是一个遥不可及的梦。在一段特殊的历史中,我们拒绝承认基因的存在,拒绝承认 DNA 是基因的实体,导致了两代人不知道基因为何物。在年轻人中,能够说清楚基因是什么的,屈指可数。1986年,诺贝尔奖获得者杜伯克教授在《科学》上发表的一篇短文《肿瘤研究的转折点:人类基因组测序》中指出:“如果我们想更多地了解肿瘤,我们从现在起必须关注细胞的基因组,我认为从细胞基因组测序入手是非常有用的。”“这一计划