宏基因组学技术与微生物群落多样性分析方法

从宏基因组学的2个主要技术——扩增子测序与宏基因组测序出发,对其在微生物群落检测中的基本分析流程进行了介绍.概述了微生物群落多样性的概念、相关的统计分析原理以及相关分析结果的解析方法等.提出利用正处于蓬勃发展时期的大数据分析技术与手段来克服宏基因组学数据解析,并将分析结果用更易理解的形式展现出来是未来研究的重点和难点,...     

胜利油田水驱油藏内源微生物群落结构及分布规律

根据胜利油田的油藏特点,在温度(55 ～ 91℃)、矿化度(3 000～20 000 mg/L)及渗透率((207～6900) ×10-3 μm2)等油藏条件下,利用16S rDNA克隆测序技术研究了10个水驱油藏的内源微生物种群及分布规律.结果显示,油藏内源微生物由种类丰富的细菌和古菌组成.其中,细菌以变形杆菌门为主(其中Gammaproteobacteria数量占总菌数的41.4％,Betaproteobacteria数量占总菌数的25.0％),共计114个属;另外,古菌共计14个属.整体上涵盖了烃降解、产生物表面活性物质、产甲烷等多种驱油功能微生物,其中,石油烃降解菌Achromobacter、Arcobacter几乎分布于所有研究区块.群落结构受到油藏温度、矿化度、渗透率、水驱时间等因素的影响.较高温度的油藏中古菌种类以及细菌中Thermus、Thermincola、Thermanaeromonas等嗜热菌含量均显著提升.其中:90℃油藏的嗜热细菌数量占总菌数的23％,并出现了极端嗜热古菌Geoglobus;矿化度10 000 mg/L以上的区块,耐盐菌数量占总菌数的30％左右,约为该矿化度以下油藏的2倍,而较高矿化度下的严格厌氧、反硝化等代谢形式未形成优势;油藏渗透率提高和水驱时间的延长会显著提高微生物多样性,种属数量增幅可达1倍以上.以上结果表明:研究的各水驱油藏普遍具有实施内源微生物驱油的生物基础;不同的油藏环境导致微生物群落结构存在明显差异,微生物驱油的激活配方及注入工艺需进行针对性的设计和优化.     

基于线粒体16S rRNA基因徂徕林蛙(R.culaiensis)与镇海林蛙(R.zhenhaiensis)的物种分化

目前对徂徕林蛙的描述仅限形态学分析,对其与近缘物种的分化及物种有效性尚缺乏分子生物学研究。笔者对徂徕林蛙所属长肢林蛙种组物种及其他林蛙属物种的线粒体16SrRNA基因部分序列进行分析,得到序列长度521bp。遗传变异分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙以及峨眉林蛙遗传距离很近(均为0.9%),表明徂徕林蛙在进化过程中是一个紧密连接镇海林蛙与峨眉林蛙的物种。系统发育树分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙构成姐妹群,徂徕林蛙与镇海林蛙处于物种分化过程中的并系阶段,其物种分化还未完全完成。     

高粱全基因组测序完成

由澳大利亚昆士兰大学、华大基因等单位的科学家对高梁进行了全基因组测序及分析,发现高梁基因组中存在大量的遗传变异,为高梁及其它粮食作物的育种改良提供了宝贵的遗传资源。8月28日,最新研究结果在《自然·通讯》杂志上发表。     

禽类多瘤病毒APV-1的cDNA病毒突变体构建

为进一步研究禽类多瘤病毒晚期基因多顺反子翻译调控的分子机制,设计和构建了与野生型病毒APV-1相同的在AUG位点有agno-1a突变区和7个插入氨基酸的新型重组病毒.用碱裂解法提取了APV-1 cDNA克隆pHL1003,全长线性目的片段由Acc I部分酶切后回收,再用T4连接酶将合成的agno插入片段磷酸化后与目的片段连接得到了重组质粒,最后转化至E.coli DH10b感受态细胞中筛选阳性克隆.经PCR,PAGE和DNA测序验证获得了APV-1突变cDNA克隆.     

一株鸭源恶臭假单胞菌16S rDNA的序列测定与分析

从病鸭翅静脉无菌采集抗凝血,直接镜检和姬姆萨染色镜检,微生物感染呈阳性．从血液中分离出该微生物,用细菌16SrDNA通用引物扩增出约1500bp的条带,经DNA测序得到一条长1499bp的16SrDNA序列,与GeneBank已提交的序列进行BLAST相似性搜索表明该微生物应归属于假单胞菌属（Pseudomonas）,并用DNAStar进行同源性分析并构建系统进化树,显示与恶臭假单胞菌（Pseudomonas putida）同源性最近,首次发现恶臭假单胞菌可能感染家鸭．     

珍稀濒危鸟类褐马鸡mtDNA的分子克隆及序列分析

利用改进的SDS裂解、氯仿:异戊醇抽提的方法提 取了褐马鸡肌肉基因组DNA,通过PCR扩增的方法特异性扩增了褐马鸡线粒体(mtDNA)控制区(D-loop)全序列片段,PCR产物经凝胶回收纯化后与载体pGEM-T Easy相连,然后转化感受 态细胞DH-5α,在含X-gal、IPTG的氨苄LB平板上筛选阳性克隆,重组质粒经PCR和琼脂糖 凝胶电泳检测后,对目的片段进行测序.结果表明,经PCR特异性扩增出的褐马鸡线粒体控制区全序列碱基数为1 237 bp,用Blast程序进行检索比较表明此扩增序列与GeneBank中发表的褐马鸡线粒体控制区序列同源性高达99%,且具有鸟类线粒体的标志性序列.     

柑橘小叶病植原体的分子检测及鉴定

对自然表现小叶的柑橘植株,利用植原体16S rRNA基因通用引物进行巢式PCR检测,得到1.2 kb的特异片段,证明此感病植株是由植原体引起.将此特异片段与pGEM-T Easy载体连接并转化到大肠杆菌JM109感受态细胞中,通过PCR鉴定、序列测定及同源性比较分析,结果表明此株系与属于16SrI-B亚组的苜蓿丛枝植原体株系(Lucerne witches′-broom phytoplasma strain,LuWB)同源率达98.88%,故认为该植原体株系属植原体16SrI-B亚组中的成员.     

核糖体DNA内转录间隔区序列标记在寄生虫学中的应用

目的：介绍核糖体DNA（rDNA）的内转录间隔区（ITS）序列的结构特征和在寄生虫学研究应用中的最新研究进展。方法：检索有关文献进行综合分析。结果：rDNA ITS1和ITS2序列为寄生虫的鉴定提供了非常有价值的遗传标记。结论：核糖体DNA上的ITS域序列的进化速度较其它区域快,具有高变异性,可以从中获得大量的遗传信息,已成为在种和亚种水平上对寄生虫进行分类鉴定的有效手段。     

一支产纤维素酶菌株的鉴定及产酶特性初步研究

本文对从皖南地区采集的森林腐木样本中,筛选获得TZT-01菌株进行鉴定.通过培养,观察菌落和个体染色形态,对其进行16SrDNA序列同源性分析,鉴定为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis sp.）.对添加诱导物产纤维素酶的特性进行初步研究.