计算机辅助解析FTIR定量研究蛋白质构象的应用进展

综述了计算机辅助解析傅里叶变换红外光谱在蛋白质构象定量研究中的应用进展,简要介绍了红外光谱测定及二阶导数谱、去卷积和曲线拟合等计算机数学处理方法.对已有的研究结果进行了分类总结,最后讨论了该领域中存在的问题和发展方向.     

用于蛋白亚细胞定位研究的烟草愈伤组织培养条件优化

使用绿色荧光蛋白作为报告基因来研究目的蛋白的亚细胞定位得到广泛应用.使用稳定表达系统研究蛋白的亚细胞定位比较耗时,但可以先选择愈伤组织进行观察以确保构建的载体能够表达.优化了愈伤组织的培养条件,得到了质地疏松柔软的白色愈伤,不受叶绿体的荧光干扰,便于进行荧光观察.     

血管抑素3A工程蛋白的柱复性与离子交换纯化

由大肠杆菌以包涵体形式表达的一种抗内皮细胞生长工程蛋白(A nti-ang iogen ic agent,简称3A)经变性,Sephacry l S-100 HR柱复性,SP Sepharose FF离子交换吸附纯化,SephadexG-25脱盐,获得复性率为53.47%,HPLC纯度为92.52%的3A活性蛋白。以猪髋动脉内皮细胞为受检细胞,表明纯化蛋白具有抑制内皮细胞生长的特性。     

中华卵索线虫生殖系统发育过程中形态和主要化学物质含量的变化

采用石蜡切片的方法,观察中华卵索线虫寄生期幼线虫、寄生后期幼线虫、成虫期（蜕皮后和交配后）成虫3个时期生殖系统发育的形态特征,并测定其主要化学物质含量的变化．寄生期幼线虫体内滋养物体发育明显,而生殖系统发育不明显;寄生后期幼线虫进行最后一次蜕皮变为成虫、雌雄成虫交配并产卵,在这一过程中线虫的主要生理活动是将滋养物体中贮存的营养用于生殖系统及卵的发育,因此生殖系统发育明显,而滋养物体逐渐被消耗．生殖系统发育不同时期,雌雄虫糖以及脂肪酸的相对含量均显示出显著差异;含水量和含糖量在寄生后期略有下降后明显上升,而蛋白质和脂肪酸相对含量变化不明显．     

翠蓝眼蛱蝶的可溶性蛋白质组成比较

应用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）对翠蓝眼蛱蝶夏型和秋型（♀♂）成虫头部、腹部和胸部的可溶性蛋白质进行测定．结果表明,成虫胸部的电泳蛋白条带最丰富（7～11条）,胸部有分子量为96300、72623、38583等3条共有带,腹部有96300、62153、45968等3条共有带,头部有11658一条共有带．翠蓝眼蛱蝶夏型和秋型（♀♂）成虫胸部电泳蛋白的条数亦有差异,夏型♂有8条,夏型♀有10条,秋型♂有7条,秋型♀有11条,它们在38583～96300之间的蛋白条带数目和位置相近,在13889～29381之间有所差别,夏型和秋型有96300、72623、38583等3条共有带,夏型有112523、51162等2条特征带,秋型在83222处有1条特征带．比较翠蓝眼蛱蝶夏型和秋型（♀♂）成虫胸部蛋白质组成相似性可知夏型♀与秋型♀的差异性较小（相似系数为0．615）,而夏型♂和秋型♂（相似系数为0．250）的差异性较大．♀♂之间差异比夏型、秋型间差异大．由数码凝胶成像与分析系统进行凝胶图谱聚类分析,翠蓝眼蛱蝶按取样的不同部位聚合成头部、腹部和胸部3类．     

俄罗斯鲟配合饲料蛋白质最适水平的研究

研究了配合饲料中不同蛋白质水平对俄罗斯鲟（Acipenser gueldenstaedti Brandt）生长的影响,实验共设5组,其蛋白质水平分别为：34．26％、36．54％、39．25％、42．34％、45．03％．在水温12-24℃（平均水温19．5℃）条件下经过60d的饲养实验,结果得出,在蛋白质水平为39．25％的配合饲料组中,俄罗斯鲟的相对增重率为71.42％、体长相对增长率为19．22％、饵料系数为1．74等指标均为本次实验组中最佳．经回归方程计算分析,俄罗斯鲟成鱼养殖所用的人工配合饲料中最适蛋白质水平应为38％-41％．     

p38丝裂原活化蛋白激酶在小鼠T细胞增殖中的作用

目的:了解p38丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)在ConA刺激下小鼠T细胞增殖中的作用。方法:以活体染料羧基荧光素乙酰乙酸琥珀酰亚胺酯染色,建立了在多克隆刺激剂刀豆蛋白A(ConA)刺激下评价小鼠T细胞增殖的模型,通过流式细胞术分析p38丝裂原活化蛋白激酶的特异性抑制剂SB203580在不同剂量、不同时间对T细胞增殖的作用,并应用CellQuest和SPSS10.0 forW indows软件分析增殖细胞各代所占比例和增殖指数(PI)。结果:羧基荧光素乙酰乙酸琥珀酰亚胺酯染色分析显示,随着SB203580浓度从0.5μmol/L逐渐增至15.0μmol/L,T细胞增殖逐渐减弱,以15.0μmol/L SB203580的抑制作用最为明显,呈剂量依赖关系(r=-0.97,P<0.01);SB203580浓度增加至20.0μmol/L时,细胞大量死亡。选用SB203580最佳浓度(15.0μmol/L),随时间从24 h至72 h递增,SB203580对T细胞增殖的抑制作用逐渐增强,以72 h抑制作用最为明显,84~96 h后,抑制作用逐渐减弱。结论:p38 MAPK在ConA刺激的T细胞增殖中起着重要的作用。     

基于位点特异性打分矩阵的卷积神经网络预测SARS-CoV-2核衣壳蛋白的蛋白质二级结构

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)有4种关键的结构蛋白,而核衣壳蛋白就是其中的1种.本实验从公开数据库NCBI上选取的SARS-CoV-2核衣壳蛋白质序列数据,分析SARS-CoV-2核衣壳蛋白与SARS-CoV核衣壳蛋白的序列相似性,对SARS-CoV-2核衣壳蛋白的理化性质和疏水性进行分析;在此基础上提出基于位点...     

Diversity in enoyl-acyl carrier protein reductases

The enoyl-acyl carrier protein reductase (ENR) is the last enzyme in the fatty acid elongation cycle. Unlike most enzymes in this essential pathway, ENR displays an unusual diversity among organisms. The growing interest in ENRs is mainly due to the fact that a variety of both synthetic and natural antibacterial compounds are shown to specifically target their activity. The primary anti-tuberculosis drug, isoniazid, and the broadly used antibacterial compound, triclosan, both target this enzyme. In this review, we discuss the diversity of ENRs, and their inhibitors in the light of current research progress. Received 3 November 2008; received after revision 5 December 2008; accepted 8 December 2008     

Galectin-3 stabilizes heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q to maintain proliferation of human colon cancer cells

Comparative analysis of proteomes using 5-fluorouracil (5-FU)-resistant human colon cancer cell line revealed that decreased galectin-3 expression was significantly associated with retarded proliferation. However, in the presence of 5-FU proliferation rate of cells with suppressed galectin-3 expression did not differ from that of cells with normal galectin-3 expression, even galectin-3 suppression augmented apoptosis. Mechanism by which galectin-3 regulates cancer cell proliferation has been identified in immunoprecipitates of the anti-galectin-3 antibody. Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q (hnRNP Q) was identified as a protein interacting with galectin-3. Interestingly, while galectin-3 protein was not affected by the hnRNP Q level, its suppression was accompanied by a decrease in hnRNP Q expression. The present study demonstrates that galectin-3 stabilizes hnRNP Q via complex formation, and reduction in the hnRNP Q level leads to slow proliferation and less susceptibility to 5-FU. Electronic supplementary material  The online version of this article (doi:) contains supplementary material, which is available to authorized users. B.C.Yoo; S-H.Hong; These two authors contributed equally to this work. Received 10 September 2008; received after revision 19 October 2008; accepted 07 November 2008